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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bt8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mutant Cyclophilin (R147A) from Leishmania donovani | ||||||
要素 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / CYCLOPHILIN / ROTAMASE / PROLINE / CIS-TRANS / PROTOZOA / LEISHMANIA / DONOVANI / KALA-AZAR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / intracellular membrane-bounded organelle / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Venugopal, V. / Sen, B. / Datta, A.K. / Banerjee, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Mutant Cyclophilin from Leishmania Donovani 著者: Venugopal, V. / Sen, B. / Datta, A.K. / Banerjee, R. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Structure of cyclophilin from Leishmania donovani at 1.97 A resolution 著者: Venugopal, V. / Sen, B. / Datta, A.K. / Banerjee, R. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: Amino acid residues of Leishmania donovani cyclophilin key to interaction with its adenosine kinase: biological implications 著者: Sen, B. / Venugopal, V. / Chakraborty, A. / Datta, R. / Dolai, S. / Banerjee, R. / Datta, A.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bt8.cif.gz | 46 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bt8.ent.gz | 31.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bt8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3bt8_validation.pdf.gz | 421.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3bt8_full_validation.pdf.gz | 424.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3bt8_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3bt8_validation.cif.gz | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/3bt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/3bt8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2haqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19004.426 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-187 / 変異: R147A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) プラスミド: pQE32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q9U9R3, peptidylprolyl isomerase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.01M TRIS, 10.0% PEG 3350, 0.02% AZIDE, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月1日 / 詳細: OSMIC MAXFLUX CONFOCAL MULTILAYER MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 5450 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.15 % / Biso Wilson estimate: 4.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.17 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2HAQ 解像度: 2.7→17.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→17.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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