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- PDB-3bs1: Structure of the Staphylococcus aureus AgrA LytTR Domain Bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bs1
タイトルStructure of the Staphylococcus aureus AgrA LytTR Domain Bound to DNA Reveals a Beta Fold with a Novel Mode of Binding
要素
  • Accessory gene regulator protein A
  • DNA (5'-D(*DAP*DAP*(BRU)P*DAP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DGP*DTP*DTP*DAP*DA)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DAP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*(BRU)P*DAP*DT)-3')
キーワードtranscription regulator / LytTR / AgrA / response regulator / DNA binding domain / Activator / Cytoplasm / DNA-binding / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LytTr DNA-binding domain / : / LytTr DNA-binding domain / LytTr DNA-binding domain / LytTR DNA-binding domain / LytTR-type HTH domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...LytTr DNA-binding domain / : / LytTr DNA-binding domain / LytTr DNA-binding domain / LytTR DNA-binding domain / LytTR-type HTH domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Accessory gene regulator protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sidote, D.J. / Barbieri, C. / Wu, T. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structure of the Staphylococcus aureus AgrA LytTR Domain Bound to DNA Reveals a Beta Fold with an Unusual Mode of Binding.
著者: Sidote, D.J. / Barbieri, C.M. / Wu, T. / Stock, A.M.
履歴
登録2007年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*DTP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DAP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*(BRU)P*DAP*DT)-3')
C: DNA (5'-D(*DAP*DAP*(BRU)P*DAP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DGP*DTP*DTP*DAP*DA)-3')
A: Accessory gene regulator protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3285
ポリマ－22,2793
非ポリマー492
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-12.5 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.938, 47.938, 100.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DAP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*(BRU)P*DAP*DT)-3')


分子量: 4976.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Staphylococcus aureus
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DAP*(BRU)P*DAP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DGP*DTP*DTP*DAP*DA)-3')


分子量: 4945.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Staphylococcus aureus
#3: タンパク質 Accessory gene regulator protein A


分子量: 12357.919 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal domain, residues 137-238 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: DB / 遺伝子: agrA, agr / プラスミド: pET9a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A0I7
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 40% PEG 400, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2Bis-Tris11
3PEG 40012
4Bis-Tris12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9204 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9204 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→17.3 Å / Num. all: 29714 / Num. obs: 29714 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→17.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.717 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.091
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22066 1485 5.1 %RANDOM
Rwork0.19534 ---
all0.1961 29714 --
obs0.19659 27747 98.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.945 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→17.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数872 650 2 223 1747
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0211617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3812.4452313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9985104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.56423.65452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.46115169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.397158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021019
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21021
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3740.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0230.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7681.5532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2162839
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.36431440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9964.51473
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 112 -
Rwork0.213 1983 -
obs--97.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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