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- PDB-3brx: Crystal Structure of calcium-bound cotton annexin Gh1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3brx
タイトルCrystal Structure of calcium-bound cotton annexin Gh1
要素Annexin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / calcium binding / membrane binding / Annexin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellulose biosynthetic process / fruit ripening / protein trimerization / exocytic vesicle / secretion by cell / calcium-ion regulated exocytosis / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylserine binding / response to oxidative stress / calcium ion binding ...regulation of cellulose biosynthetic process / fruit ripening / protein trimerization / exocytic vesicle / secretion by cell / calcium-ion regulated exocytosis / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylserine binding / response to oxidative stress / calcium ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin D, plant / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin D, plant / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Annexin Gh1
類似検索 - 構成要素
生物種Gossypium hirsutum (ケブカワタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hu, N.-J. / Hofmann, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of calcium-bound annexin Gh1 from Gossypium hirsutum and its implications for membrane binding mechanisms of plant annexins.
著者: Hu, N.-J. / Yusof, A.M. / Winter, A. / Osman, A. / Reeve, A.K. / Hofmann, A.
履歴
登録2007年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Annexin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7509
ポリマ－36,1551
非ポリマー5958
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Annexin
ヘテロ分子

A: Annexin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,50018
ポリマ－72,3102
非ポリマー1,19016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
Buried area4550 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area28630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.663, 132.663, 61.338
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Annexin / Annexin Gh1


分子量: 36154.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gossypium hirsutum (ケブカワタ) / 遺伝子: AnnGh1 / プラスミド: pRSET_6d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P93157
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.46 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: KH2PO4/Na2HPO4, CaCl2, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2006年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→114.89 Å / Num. obs: 21804 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.645.50.3971.81729131420.397100
2.64-2.85.50.3012.51663230060.301100
2.8-2.995.60.2253.31549827790.225100
2.99-3.235.60.14751477426330.147100
3.23-3.545.60.1096.71339223990.109100
3.54-3.955.60.0847.81225221950.084100
3.95-4.565.60.0728.51084319430.072100
4.56-5.595.60.05710.5920816590.057100
5.59-7.915.40.04414.4704312930.044100
7.91-66.3750.02816.937957550.02899.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.59 Å54.11 Å
Translation2.59 Å54.11 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→35.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 7.116 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1116 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.196 21788 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.322 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2543 0 28 261 2832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6411.9723529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.9715316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64823.937127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.14515473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4141522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2310.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.21411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21790
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1610.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7371.51614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33722545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.80431094
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8164.5984
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 85 -
Rwork0.267 1522 -
all-1607 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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