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万見
- PDB-3brc: Crystal structure of a conserved protein of unknown function from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3brc
タイトルCrystal structure of a conserved protein of unknown function from Methanobacterium thermoautotrophicum
要素Conserved protein of unknown function
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Conserved protein / Methanobacterium thermoautotrophicum / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Helix hairpin bin / PUA domain profile. / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Helix hairpin bin / PUA domain profile. / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Conserved protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, R. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a conserved protein of unknown function from Methanobacterium thermoautotrophicum.
著者: Zhang, R. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Conserved protein of unknown function
B: Conserved protein of unknown function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0725
ポリマ－35,7872
非ポリマー2853
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
手法PISA
2
A: Conserved protein of unknown function
B: Conserved protein of unknown function
ヘテロ分子

A: Conserved protein of unknown function
B: Conserved protein of unknown function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,14410
ポリマ－71,5744
非ポリマー5706
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area12650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.894, 48.916, 63.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-212-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Conserved protein of unknown function


分子量: 17893.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: Delta H / 遺伝子: MTH1144, GI:2622249 / プラスミド: pDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O27213
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Ammonium phosphate, 16% PEG 3350, 2% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月3日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→88.52 Å / Num. all: 36473 / Num. obs: 32286 / % possible obs: 88.52 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 27.05
反射 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique all: 2852 / % possible all: 40.92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→56.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.177 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.116
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23669 1703 5 %RANDOM
Rwork0.18324 ---
all0.18586 32286 --
obs0.18586 32286 88.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.697 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20 Å21.07 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→56.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2437 0 15 226 2678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212483
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.9713346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92434227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0535308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.66821.795117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.15415456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7621537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.2584
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.21954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21188
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21439
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9491.51904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.551.5626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93222468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.58231021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.734.5878
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 58 -
Rwork0.223 1109 -
obs-1167 40.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.0672 Å / Origin y: 1.8108 Å / Origin z: 12.2825 Å
111213212223313233
T-0.0328 Å20.0104 Å2-0.0123 Å2--0.038 Å2-0.0073 Å2---0.0458 Å2
L0.8782 °20.0415 °2-0.3779 °2-0.87 °2-0.0214 °2--0.8725 °2
S-0.0347 Å °-0.0544 Å °0.0219 Å °0.1405 Å °0.0162 Å °-0.0359 Å °0.0271 Å °0.0851 Å °0.0184 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 501 - 50
2X-RAY DIFFRACTION1AA51 - 10051 - 100
3X-RAY DIFFRACTION1AA101 - 155101 - 155
4X-RAY DIFFRACTION1BB2 - 502 - 50
5X-RAY DIFFRACTION1BB51 - 10051 - 100
6X-RAY DIFFRACTION1BB101 - 156101 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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