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万見
- PDB-3bqa: Crystal Structure of an E.coli PhoQ Sensor Domain Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bqa
タイトルCrystal Structure of an E.coli PhoQ Sensor Domain Mutant
要素Sensor protein phoQ
キーワードsignaling protein / transferase / histidine kinase sensor domain / ATP-binding / Inner membrane / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transmembrane / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to magnesium starvation / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / kinase activity / signal transduction / ATP binding ...cellular response to magnesium starvation / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / kinase activity / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PhoQ sensor domain / PhoQ Sensor / PhoQ Sensor superfamily / PhoQ Sensor / : / HAMP domain profile. / HAMP domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain ...PhoQ sensor domain / PhoQ Sensor / PhoQ Sensor superfamily / PhoQ Sensor / : / HAMP domain profile. / HAMP domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor protein PhoQ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cheung, J. / Hendrickson, W.A. / Waldburger, C.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of a Functional Dimer of the PhoQ Sensor Domain.
著者: Cheung, J. / Bingman, C.A. / Reyngold, M. / Hendrickson, W.A. / Waldburger, C.D.
履歴
登録2007年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein phoQ
B: Sensor protein phoQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3393
ポリマ－34,2432
非ポリマー961
水6,053336
1
A: Sensor protein phoQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2172
ポリマ－17,1211
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sensor protein phoQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1211
ポリマ－17,1211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.417, 44.417, 151.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein phoQ


分子量: 17121.355 Da / 分子数: 2 / 変異: E148Q, D149N, D150N, D151N, D152N, E154Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: phoQ / プラスミド: pSC101-derived plasmid / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23837, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 %
結晶化手法: 蒸気拡散法
詳細: PEG4000, sodium acetate, ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 19615 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Num. unique all: 1936 / Χ2: 1.044 / % possible all: 99.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1348977.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 999 5.1 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs-19573 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.358 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2486 0 5 336 2827
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.12.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 180 5.6 %
Rwork0.182 3054 -
all-3234 -
obs--98.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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