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- PDB-3bq0: Pre-insertion binary complex of Dbh DNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bq0
タイトルPre-insertion binary complex of Dbh DNA polymerase
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DAP*DAP*DGP*DCP*DCP*DGP*DGP*DCP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(*DT*DTP*DCP*DCP*DGP*DCP*DCP*DCP*DGP*DGP*DCP*DTP*DTP*DCP*DC)-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / Y-family / lesion bypass / single-base deletion / -1 frameshift / DNA damage / DNA repair / DNA replication / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / Magnesium / Metal-binding / Mutator protein / Nucleotidyltransferase / Transferase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Pata, J.D. / Wilson, R.C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Structural insights into the generation of single-base deletions by the Y family DNA polymerase dbh.
著者: Wilson, R.C. / Pata, J.D.
履歴
登録2007年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
P: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DAP*DGP*DCP*DCP*DGP*DGP*DCP*DG)-3')
T: DNA (5'-D(*DT*DTP*DCP*DCP*DGP*DCP*DCP*DCP*DGP*DGP*DCP*DTP*DTP*DCP*DC)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6544
ポリマ－47,6143
非ポリマー401
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-26.3 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.416, 119.416, 68.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

21A-411-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / 2.7.7.7 / Pol IV / Dbh


分子量: 40045.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: dbh / プラスミド: pKKT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q4JB80, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DAP*DAP*DGP*DCP*DCP*DGP*DGP*DCP*DG)-3')


分子量: 3095.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: primer / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DT*DTP*DCP*DCP*DGP*DCP*DCP*DCP*DGP*DGP*DCP*DTP*DTP*DCP*DC)-3')


分子量: 4472.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: template / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG-3350, calcium acetate, glycerol, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1calcium acetate11
2calcium acetate12
3glycerol11
4glycerol12
5HEPES11
6HEPES12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 14027 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 35.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 81.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1IM4 and 1K1Q

1im4

1k1q


解像度: 2.6→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 33.501 / SU ML: 0.338 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 9.365 / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27904 679 4.9 %RANDOM
Rwork0.21387 ---
obs0.21711 13125 88.15 %-
all-13804 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.826 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.07 Å20 Å20 Å2
2--3.07 Å20 Å2
3----6.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2704 462 1 110 3277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223259
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2462.1724489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5325339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.5624.783115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.77715542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7581517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21543
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2030.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3981.51749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69822760
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.85931849
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4664.51729
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 41 -
Rwork0.324 847 -
obs--79.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6406-0.79852.98851.6048-0.95876.7841-0.08510.16650.07920.09410.1154-0.1651-0.1961-0.0867-0.0303-0.27610.2083-0.0064-0.1548-0.0236-0.17732.360221.7902-14.5178
23.29420.735-1.36223.1867-0.85912.5527-0.56420.4422-1.21180.56150.28340.58951.1664-0.63480.28080.42180.10850.12580.2582-0.10290.372325.67395.67015.4727
37.25915.00316.504714.683717.98630.3723-0.02570.5177-0.68660.39111.0223-1.09531.87590.7688-0.99660.11350.00960.0516-0.0887-0.10820.192344.2809-4.5618-25.6681
46.2679-1.4424-1.626511.75360.57024.42570.34250.85460.7875-0.9029-0.57361.0504-0.3454-0.45520.23110.56030.1968-0.24280.03140.05690.310426.8331-4.9383-14.212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC1 - 1681 - 168
2X-RAY DIFFRACTION2AC169 - 240169 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3AC241 - 344241 - 344
4X-RAY DIFFRACTION4PA1 - 101 - 10
5X-RAY DIFFRACTION4TB2 - 142 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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