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- PDB-3bpu: Crystal structure of the 3rd PDZ domain of human membrane associa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bpu
タイトルCrystal structure of the 3rd PDZ domain of human membrane associated guanylate kinase, C677S and C709S double mutant
要素Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
キーワードTRANSFERASE / PDZ / MEMBRANE ASSOCIATED GUANYLATE KINASE / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / ATP-binding / Cell junction / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Tight junction
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell-cell adhesion / endothelial cell morphogenesis / alpha-actinin binding / bicellular tight junction / cell periphery / cell projection / adherens junction / cell junction / cell-cell junction / protein-containing complex assembly ...positive regulation of cell-cell adhesion / endothelial cell morphogenesis / alpha-actinin binding / bicellular tight junction / cell periphery / cell projection / adherens junction / cell junction / cell-cell junction / protein-containing complex assembly / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / nucleolus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Unstructured region on MAGI / Unstructured region on MAGI / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / WW domain ...Unstructured region on MAGI / Unstructured region on MAGI / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Pilka, E.S. / Hozjan, V. / Cooper, C. / Pike, A.C.W. / Elkins, J. / Doyle, D.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. ...Pilka, E.S. / Hozjan, V. / Cooper, C. / Pike, A.C.W. / Elkins, J. / Doyle, D.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the 3rd PDZ domain of human membrane associated guanylate kinase, C677S and C709S double mutant.
著者: Pilka, E.S. / Hozjan, V. / Cooper, C. / Pike, A.C.W. / Elkins, J. / Doyle, D.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Oppermann, U.
履歴
登録2007年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6813
ポリマ－9,5501
非ポリマー1312
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.472, 61.578, 80.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-902-

ZN

21A-15-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1 / BAI1-associated protein 1 / BAP-1 / Membrane-associated guanylate kinase inverted 1 / MAGI-1 / ...BAI1-associated protein 1 / BAP-1 / Membrane-associated guanylate kinase inverted 1 / MAGI-1 / Atrophin-1-interacting protein 3 / AIP3 / WW domain-containing protein 3 / WWP3 / Trinucleotide repeat-containing gene 19 protein


分子量: 9550.030 Da / 分子数: 1 / 断片: 3rd PDZ domain: Residues 640-721 / 変異: C677S, C709S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Brain / 遺伝子: MAGI1, BAIAP1, BAP1, TNRC19 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q96QZ7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.05M Zn acetate pH 6.2, 30% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月8日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.06 Å / Num. all: 10994 / Num. obs: 10446 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.03 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.898 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1571 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1UJV, 1G9O

1ujv

1g9o


解像度: 1.6→28.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.335 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25112 515 4.7 %RANDOM
Rwork0.20202 ---
obs0.20418 10446 99.96 %-
all-10446 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.883 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.32 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----2.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数630 0 2 72 704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022641
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02420
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.975865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91631043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.983584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.3892625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.72315116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.265153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5923423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0843178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8625680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.9538218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.17811185
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 43 -
Rwork0.296 753 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.0599-7.68871.73969.0591-1.23922.43420.04770.59040.50580.0334-0.2552-0.3474-0.38680.14130.20750.0749-0.04410.00680.1190.02740.0747-6.542811.8708-18.1926
23.6776-4.2509-2.98085.1342.15210.0068-0.4186-0.0760.16930.06450.233-0.2096-0.44370.80750.18560.073-0.048-0.14940.0820.01680.0161-0.75933.8055-5.1144
37.51570.58670.13218.91240.01494.32180.40380.1469-0.05531.4289-0.2165-0.3523-0.33060.2911-0.18720.3334-0.033-0.075-0.00390.0024-0.0522-9.387212.3012-5.6034
42.75440.63120.99116.38261.70933.9391-0.0234-0.00410.03250.1250.1256-0.4539-0.18210.273-0.10220.033-0.0077-0.00340.12230.00290.0707-8.927310.1601-13.3678
51.3416-0.25240.01170.9555-0.99943.1776-0.02980.05820.04290.04970.031-0.10990.00020.12-0.00120.0548-0.0047-0.00390.0934-0.00140.0532-10.81585.4284-10.812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA638 - 6471 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2AA648 - 65611 - 19
3X-RAY DIFFRACTION3AA657 - 67720 - 40
4X-RAY DIFFRACTION4AA678 - 69141 - 54
5X-RAY DIFFRACTION5AA692 - 72555 - 88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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