PDB-3bp9: Structure of B-tropic MLV capsid N-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bp9

タイトル

Structure of B-tropic MLV capsid N-terminal domain

要素

Gag protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Capsid / Hexamer / MLV / Metal-binding / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

virion assembly / viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / host cell plasma membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Gulnahar, M.B. / Dodding, M.P. / Goldstone, D.C. / Haire, L.F. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of B-MLV capsid amino-terminal domain reveals key features of viral tropism, gag assembly and core formation
著者: Mortuza, G.B. / Dodding, M.P. / Goldstone, D.C. / Haire, L.F. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A.

履歴

登録	2007年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bp9.cif.gz	587.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bp9.ent.gz	487.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/3bp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/3bp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u7kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1u7k-d 2gid-2 2gid-1 2gia-d 3fbn-3 5xty-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gag protein

B: Gag protein

C: Gag protein

D: Gag protein

E: Gag protein

F: Gag protein

G: Gag protein

H: Gag protein

I: Gag protein

J: Gag protein

K: Gag protein

L: Gag protein

M: Gag protein

N: Gag protein

O: Gag protein

P: Gag protein

Q: Gag protein

R: Gag protein

S: Gag protein

T: Gag protein

U: Gag protein

V: Gag protein

X: Gag protein

Y: Gag protein

ヘテロ分子

384 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gag protein

B: Gag protein

C: Gag protein

D: Gag protein

E: Gag protein

F: Gag protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
96.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Gag protein

H: Gag protein

I: Gag protein

J: Gag protein

K: Gag protein

L: Gag protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
96.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

M: Gag protein

N: Gag protein

O: Gag protein

P: Gag protein

Q: Gag protein

R: Gag protein

登録者が定義した集合体
95.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

S: Gag protein

T: Gag protein

U: Gag protein

V: Gag protein

X: Gag protein

Y: Gag protein

登録者が定義した集合体
95.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.264, 86.832, 152.360
Angle α, β, γ (deg.)	89.120, 90.040, 60.260
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	1 - 4	1 - 4
2	1	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	1 - 4	1 - 4
3	1	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	1 - 4	1 - 4
4	1	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	1 - 4	1 - 4
5	1	PRO	PRO	LEU	LEU	E	E	1 - 4	1 - 4
6	1	PRO	PRO	LEU	LEU	F	F	1 - 4	1 - 4
7	1	PRO	PRO	LEU	LEU	G	G	1 - 4	1 - 4
8	1	PRO	PRO	LEU	LEU	H	H	1 - 4	1 - 4
9	1	PRO	PRO	LEU	LEU	I	I	1 - 4	1 - 4
10	1	PRO	PRO	LEU	LEU	J	J	1 - 4	1 - 4
11	1	PRO	PRO	LEU	LEU	K	K	1 - 4	1 - 4
12	1	PRO	PRO	LEU	LEU	L	L	1 - 4	1 - 4
13	1	PRO	PRO	LEU	LEU	M	M	1 - 4	1 - 4
14	1	PRO	PRO	LEU	LEU	N	N	1 - 4	1 - 4
15	1	PRO	PRO	LEU	LEU	O	O	1 - 4	1 - 4
16	1	PRO	PRO	LEU	LEU	P	P	1 - 4	1 - 4
17	1	PRO	PRO	LEU	LEU	Q	Q	1 - 4	1 - 4
18	1	PRO	PRO	LEU	LEU	R	R	1 - 4	1 - 4
19	1	PRO	PRO	LEU	LEU	S	S	1 - 4	1 - 4
20	1	PRO	PRO	LEU	LEU	T	T	1 - 4	1 - 4
21	1	PRO	PRO	LEU	LEU	U	U	1 - 4	1 - 4
22	1	PRO	PRO	LEU	LEU	V	V	1 - 4	1 - 4
23	1	PRO	PRO	LEU	LEU	X	W	1 - 4	1 - 4
24	1	PRO	PRO	LEU	LEU	Y	X	1 - 4	1 - 4
25	2	PHE	PHE	ARG	ARG	A	A	15 - 80	15 - 80
26	2	PHE	PHE	ARG	ARG	B	B	15 - 80	15 - 80
27	2	PHE	PHE	ARG	ARG	C	C	15 - 80	15 - 80
28	2	PHE	PHE	ARG	ARG	D	D	15 - 80	15 - 80
29	2	PHE	PHE	ARG	ARG	E	E	15 - 80	15 - 80
30	2	PHE	PHE	ARG	ARG	F	F	15 - 80	15 - 80
31	2	PHE	PHE	ARG	ARG	G	G	15 - 80	15 - 80
32	2	PHE	PHE	ARG	ARG	H	H	15 - 80	15 - 80
33	2	PHE	PHE	ARG	ARG	I	I	15 - 80	15 - 80
34	2	PHE	PHE	ARG	ARG	J	J	15 - 80	15 - 80
35	2	PHE	PHE	ARG	ARG	K	K	15 - 80	15 - 80
36	2	PHE	PHE	ARG	ARG	L	L	15 - 80	15 - 80
37	2	PHE	PHE	ARG	ARG	M	M	15 - 80	15 - 80
38	2	PHE	PHE	ARG	ARG	N	N	15 - 80	15 - 80
39	2	PHE	PHE	VAL	VAL	O	O	15 - 79	15 - 79
40	2	PHE	PHE	ARG	ARG	P	P	15 - 80	15 - 80
41	2	PHE	PHE	ARG	ARG	Q	Q	15 - 80	15 - 80
42	2	PHE	PHE	VAL	VAL	R	R	15 - 79	15 - 79
43	2	PHE	PHE	ARG	ARG	S	S	15 - 80	15 - 80
44	2	PHE	PHE	ARG	ARG	T	T	15 - 80	15 - 80
45	2	PHE	PHE	ARG	ARG	U	U	15 - 80	15 - 80
46	2	PHE	PHE	VAL	VAL	V	V	15 - 79	15 - 79
47	2	PHE	PHE	ARG	ARG	X	W	15 - 80	15 - 80
48	2	PHE	PHE	VAL	VAL	Y	X	15 - 79	15 - 79
49	3	PRO	PRO	ARG	ARG	A	A	90 - 131	90 - 131
50	3	PRO	PRO	ARG	ARG	B	B	90 - 131	90 - 131
51	3	PRO	PRO	ARG	ARG	C	C	90 - 131	90 - 131
52	3	PRO	PRO	ARG	ARG	D	D	90 - 131	90 - 131
53	3	PRO	PRO	ARG	ARG	E	E	90 - 131	90 - 131
54	3	PRO	PRO	ARG	ARG	F	F	90 - 131	90 - 131
55	3	PRO	PRO	ARG	ARG	G	G	90 - 131	90 - 131
56	3	PRO	PRO	ARG	ARG	H	H	90 - 131	90 - 131
57	3	PRO	PRO	ARG	ARG	I	I	90 - 131	90 - 131
58	3	PRO	PRO	ARG	ARG	J	J	90 - 131	90 - 131
59	3	PRO	PRO	ARG	ARG	K	K	90 - 131	90 - 131
60	3	PRO	PRO	ARG	ARG	L	L	90 - 131	90 - 131
61	3	PRO	PRO	ARG	ARG	M	M	90 - 131	90 - 131
62	3	PRO	PRO	ARG	ARG	N	N	90 - 131	90 - 131
63	3	PRO	PRO	ARG	ARG	O	O	90 - 131	90 - 131
64	3	PRO	PRO	ARG	ARG	P	P	90 - 131	90 - 131
65	3	PRO	PRO	ARG	ARG	Q	Q	90 - 131	90 - 131
66	3	PRO	PRO	ARG	ARG	R	R	90 - 131	90 - 131
67	3	PRO	PRO	ARG	ARG	S	S	90 - 131	90 - 131
68	3	PRO	PRO	ARG	ARG	T	T	90 - 131	90 - 131
69	3	GLU	GLU	ARG	ARG	U	U	92 - 131	92 - 131
70	3	GLU	GLU	ARG	ARG	V	V	92 - 131	92 - 131
71	3	PRO	PRO	ARG	ARG	X	W	90 - 131	90 - 131
72	3	PRO	PRO	ARG	ARG	Y	X	90 - 131	90 - 131

#1: タンパク質	... Gag protein 分子量: 15977.679 Da / 分子数: 24 / 断片: UNP residues 215-346 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Murine leukemia virus (ネズミ白血病ウイルス) 属: Gammaretrovirus / 遺伝子: Gag / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WHV6, UniProt: P03336*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 13-16% PEG 3350, 100mM sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 114996

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U7K

1u7k

解像度: 2.6→17.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 13.26 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.935 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.292	5709	5 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
obs	0.226	113995	96.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.957 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0.03 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.02 Å²	0.14 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→17.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24197	0	56	289	24542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	24864
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	16720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.431	1.961	33901
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.96	3	40664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.442	5	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.699	24.749	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.428	15	3915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.475	15	173
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	27850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4859
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	6684
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	16845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	11908
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	12893
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	821
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.317	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.691	1.5	15587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.125	1.5	6209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.225	2	24448
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.504	3	10665
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.371	4.5	9449

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1327 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
2	B	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
3	C	LOOSE POSITIONAL	0.65	5
4	D	LOOSE POSITIONAL	0.44	5
5	E	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
6	F	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
7	G	LOOSE POSITIONAL	0.56	5
8	H	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
9	I	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
10	J	LOOSE POSITIONAL	0.43	5
11	K	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
12	L	LOOSE POSITIONAL	0.42	5
13	M	LOOSE POSITIONAL	0.51	5
14	N	LOOSE POSITIONAL	0.52	5
15	O	LOOSE POSITIONAL	0.58	5
16	P	LOOSE POSITIONAL	0.62	5
17	Q	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
18	R	LOOSE POSITIONAL	0.68	5
19	S	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
20	T	LOOSE POSITIONAL	0.54	5
21	U	LOOSE POSITIONAL	0.59	5
22	V	LOOSE POSITIONAL	0.61	5
23	X	LOOSE POSITIONAL	0.54	5
24	Y	LOOSE POSITIONAL	0.58	5
1	A	LOOSE THERMAL	3.37	10
2	B	LOOSE THERMAL	9.38	10
3	C	LOOSE THERMAL	9.48	10
4	D	LOOSE THERMAL	9.44	10
5	E	LOOSE THERMAL	7.29	10
6	F	LOOSE THERMAL	9.25	10
7	G	LOOSE THERMAL	3.12	10
8	H	LOOSE THERMAL	9.59	10
9	I	LOOSE THERMAL	10.08	10
10	J	LOOSE THERMAL	9.45	10
11	K	LOOSE THERMAL	7.2	10
12	L	LOOSE THERMAL	9.54	10
13	M	LOOSE THERMAL	4.6	10
14	N	LOOSE THERMAL	5.03	10
15	O	LOOSE THERMAL	9.92	10
16	P	LOOSE THERMAL	9.37	10
17	Q	LOOSE THERMAL	7.47	10
18	R	LOOSE THERMAL	9.51	10
19	S	LOOSE THERMAL	4.88	10
20	T	LOOSE THERMAL	5.35	10
21	U	LOOSE THERMAL	9.92	10
22	V	LOOSE THERMAL	9.49	10
23	X	LOOSE THERMAL	7.28	10
24	Y	LOOSE THERMAL	9.87	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	424	-
R_work	0.288	7877	-
all	-	8301	-
obs	-	-	95.52 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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