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- PDB-3bon: Structure of the C. botulinum neurotoxin serotype A with Zn2+ cof... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bon
タイトルStructure of the C. botulinum neurotoxin serotype A with Zn2+ cofactor bound
要素Neurotoxin A
キーワードTOXIN / botulinum / neurotoxin / metalloprotease
機能・相同性
機能・相同性情報


bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding ...bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding ...Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Silvaggi, N.R. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Catalytic features of the botulinum neurotoxin A light chain revealed by high resolution structure of an inhibitory peptide complex.
著者: Silvaggi, N.R. / Wilson, D. / Tzipori, S. / Allen, K.N.
履歴
登録2007年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurotoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8592
ポリマ－48,7931
非ポリマー651
水12,142674
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.500, 66.600, 65.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Neurotoxin A


分子量: 48793.094 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT-CHAIN (residues 1-425) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: BOTA, ATX, BNA / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: A2I2U2, UniProt: P0DPI1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M AMMONIUM TARTRATE, pH 6.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月12日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 131111 / Num. obs: 125605 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 0.838 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 11383 / Χ2: 0.69 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CBASSデータ収集
精密化開始モデル: PDB ID 3BOK

3bok


解像度: 1.2→19.691 Å / FOM work R set: 0.928 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Riding hydrogen atoms were used in the refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16 6333 5.05 %RANDOM
Rwork0.132 ---
all0.132 125580 --
obs0.133 125605 95.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.809 Å2 / ksol: 0.466 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 55.85 Å2 / Biso mean: 15.75 Å2 / Biso min: 1.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.579 Å2-0 Å22.395 Å2
2---3.237 Å2-0 Å2
3----2.342 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→19.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3495 0 1 674 4170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0891
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0961
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5041
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined3.7561
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2-1.2140.2031680.1643284345296.55
1.214-1.2280.2091970.163730392796.55
1.228-1.2430.1972150.1543886410196.53
1.243-1.2590.1832170.1463920413796.83
1.259-1.2750.1922260.1453896412296.89
1.275-1.2930.1771850.1353932411796.8
1.293-1.3110.1592270.1263950417797.21
1.311-1.3310.1542130.1193984419797.24
1.331-1.3520.1642090.1143927413697.29
1.352-1.3740.1612150.1143998421397.24
1.374-1.3970.1562170.113961417897.71
1.397-1.4230.1562250.1033978420397.75
1.423-1.450.1432150.1034008422397.68
1.45-1.480.1382260.0963983420997.7
1.48-1.5120.1211850.0964024420997.73
1.512-1.5470.1282110.0954025423698.22
1.547-1.5860.1412140.0913995420998.18
1.586-1.6280.1372330.0894025425898.42
1.628-1.6760.132300.094017424798.01
1.676-1.730.1312040.094058426298.77
1.73-1.7920.1422250.0974034425998.38
1.792-1.8640.1392070.1014071427899.07
1.864-1.9490.1221710.1094097426898.86
1.949-2.0510.1452470.1094080432798.94
2.051-2.180.1462080.1144101430999.1
2.18-2.3480.1432150.1184119433499.07
2.348-2.5840.1512060.1354116432299.05
2.584-2.9560.1922160.1464134435097.84
2.956-3.7210.1552070.1514036424392.58
3.721-19.6940.1761990.1653630382982.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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