PDB-3bnv: Crystal structure of Cj0977, a sigma28-regulated virulence protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bnv

タイトル

Crystal structure of Cj0977, a sigma28-regulated virulence protein from Campylobacter jejuni.

要素

Cj0977

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / virulence factor / hot-dog fold / Campylobacter jejuni / flagella

機能・相同性

Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / Cj0977

機能・相同性情報

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Yokoyama, T. / Yeo, H.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of a sigma28-regulated nonflagellar virulence protein from Campylobacter jejuni.
著者: Yokoyama, T. / Paek, S. / Ewing, C.P. / Guerry, P. / Yeo, H.J.

履歴

登録	2007年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3bnv_full_validation.pdf.gz	535 KB	表示
XML形式データ	3bnv_validation.xml.gz	48.8 KB	表示
CIF形式データ	3bnv_validation.cif.gz	63.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/3bnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/3bnv	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1ctu-d 5gto-d 3os3-d 6d0p-3 6nyu-1 5u41-2 2piv-d 7bq3-d 5n51-d 6mbg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cj0977

B: Cj0977

C: Cj0977

D: Cj0977

E: Cj0977

F: Cj0977

G: Cj0977

H: Cj0977

137 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Cj0977

B: Cj0977

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Cj0977

D: Cj0977

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Cj0977

F: Cj0977

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Cj0977

H: Cj0977

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.876, 94.533, 81.818
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	THR	THR	5	A	A	13 - 31	9 - 27
2	1	GLU	GLU	THR	THR	5	B	B	14 - 31	10 - 27
3	1	LEU	LEU	THR	THR	5	C	C	13 - 31	9 - 27
4	1	GLN	GLN	THR	THR	5	D	D	12 - 31	8 - 27
5	1	LEU	LEU	THR	THR	5	E	E	13 - 31	9 - 27
6	1	LEU	LEU	THR	THR	5	F	F	13 - 31	9 - 27
7	1	VAL	VAL	THR	THR	5	G	G	25 - 31	21 - 27
8	1	ARG	ARG	THR	THR	5	H	H	24 - 31	20 - 27
9	2	CYS	CYS	VAL	VAL	2	A	A	32 - 146	28 - 142
10	2	CYS	CYS	VAL	VAL	2	B	B	32 - 146	28 - 142
11	2	CYS	CYS	VAL	VAL	2	C	C	32 - 146	28 - 142
12	2	CYS	CYS	VAL	VAL	2	D	D	32 - 146	28 - 142
13	2	CYS	CYS	VAL	VAL	2	E	E	32 - 146	28 - 142
14	2	CYS	CYS	VAL	VAL	2	F	F	32 - 146	28 - 142
15	2	CYS	CYS	VAL	VAL	2	G	G	32 - 146	28 - 142
16	2	CYS	CYS	VAL	VAL	2	H	H	32 - 146	28 - 142
17	3	SER	SER	LYS	LYS	5	A	A	147 - 154	143 - 150
18	3	SER	SER	LEU	LEU	5	B	B	147 - 155	143 - 151
19	3	SER	SER	LYS	LYS	5	C	C	147 - 154	143 - 150
20	3	SER	SER	LYS	LYS	5	D	D	147 - 154	143 - 150
21	3	SER	SER	LYS	LYS	5	E	E	147 - 154	143 - 150
22	3	SER	SER	LYS	LYS	5	F	F	147 - 154	143 - 150
23	3	SER	SER	LYS	LYS	5	G	G	147 - 154	143 - 150
24	3	SER	SER	PHE	PHE	5	H	H	147 - 153	143 - 149

#1: タンパク質	Cj0977 分子量: 17103.100 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: 81-176 / 遺伝子: cj0977 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q0R4E3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 26% PEG4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97929,0.979450,0.971620

検出器

タイプ: SBC3 3k X 3k CCD / 検出器: CCD

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97929	1
2	0.97945	1
3	0.97162	1

反射

解像度: 2.6→37.93 Å / Num. obs: 36505 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.43 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.339 / Num. unique all: 2586 / % possible all: 68.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.6→37.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / SU B: 26.079 / SU ML: 0.27 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26925	1790	5 %	RANDOM
R_work	0.21306	-	-	-
obs	0.21589	34092	96.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.898 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0.72 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8609	0	0	111	8720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	8748
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.433	1.963	11809
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.071	5	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.653	25.505	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.675	15	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.263	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.275	0.3	3901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.337	0.5	6179
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.5	572
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.33	0.3	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.282	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.459	1.5	5587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.658	2	8861
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.448	3	3438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.103	4.5	2948
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	440	tight positional	0.05	0.05
2	B	440	tight positional	0.05	0.05
3	C	440	tight positional	0.05	0.05
4	D	440	tight positional	0.05	0.05
5	E	440	tight positional	0.05	0.05
6	F	440	tight positional	0.05	0.05
7	G	440	tight positional	0.04	0.05
8	H	440	tight positional	0.05	0.05
1	A	460	medium positional	0.65	0.5
2	B	460	medium positional	0.73	0.5
3	C	460	medium positional	0.79	0.5
4	D	460	medium positional	0.7	0.5
5	E	460	medium positional	0.77	0.5
6	F	460	medium positional	0.72	0.5
7	G	460	medium positional	0.83	0.5
8	H	460	medium positional	0.81	0.5
1	A	58	loose positional	1.39	5
2	B	58	loose positional	1.23	5
3	C	58	loose positional	1.21	5
4	D	58	loose positional	1.08	5
5	E	58	loose positional	1.6	5
6	F	58	loose positional	1.25	5
7	G	58	loose positional	1.53	5
8	H	58	loose positional	2.85	5
1	A	440	tight thermal	0.09	0.5
2	B	440	tight thermal	0.09	0.5
3	C	440	tight thermal	0.08	0.5
4	D	440	tight thermal	0.09	0.5
5	E	440	tight thermal	0.07	0.5
6	F	440	tight thermal	0.08	0.5
7	G	440	tight thermal	0.06	0.5
8	H	440	tight thermal	0.08	0.5
1	A	460	medium thermal	0.71	2
2	B	460	medium thermal	0.69	2
3	C	460	medium thermal	0.59	2
4	D	460	medium thermal	0.82	2
5	E	460	medium thermal	0.56	2
6	F	460	medium thermal	0.56	2
7	G	460	medium thermal	0.51	2
8	H	460	medium thermal	0.6	2
1	A	58	loose thermal	2.03	10
2	B	58	loose thermal	2.46	10
3	C	58	loose thermal	1.26	10
4	D	58	loose thermal	2.85	10
5	E	58	loose thermal	1.35	10
6	F	58	loose thermal	1.29	10
7	G	58	loose thermal	1.76	10
8	H	58	loose thermal	2.02	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.455	90	-
R_work	0.418	1940	-
obs	-	-	74.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6509	-0.3764	-2.214	2.6723	0.2915	3.3754	0.2406	-0.7517	0.4367	0.1325	0.0269	0.1585	-0.1971	0.2172	-0.2675	-0.2193	-0.0195	-0.0207	-0.1893	-0.0666	-0.2121	13.8675	7.6759	29.9336
2	6.9488	0.0651	-1.7704	2.4443	0.334	2.832	-0.3444	0.1541	-1.5012	-0.1323	0.0252	0.1064	0.58	0.0583	0.3191	-0.0861	-0.0001	-0.0173	-0.2236	-0.0684	0.0604	18.3918	-9.839	19.5682
3	5.2623	-0.4241	3.0471	2.8909	-0.1744	6.5983	0.3511	0.1303	-0.9144	0.0736	0.0312	-0.2897	1.3268	0.8579	-0.3823	0.047	0.2424	-0.0337	-0.0515	-0.006	-0.1005	15.4101	14.6615	65.8215
4	4.5008	-0.3994	1.922	2.6867	-0.4065	5.2623	-0.2911	0.1186	0.3613	-0.0019	0.0334	0.1111	-0.3299	0.0885	0.2577	-0.1986	-0.0245	-0.0426	-0.2161	0.0416	-0.2827	4.2612	31.6493	60.187
5	6.3123	-2.3221	-2.142	6.3035	1.3678	2.9846	0.1229	-0.0551	1.0815	-0.1755	0.3324	-0.6542	-0.8264	0.1741	-0.4553	0.0748	-0.0323	0.0623	-0.1589	-0.0233	-0.0114	3.9996	48.227	98.5085
6	7.1499	-2.8921	-1.9873	6.2955	1.0887	2.6999	-0.3135	0.2745	-1.1424	0.2469	0.1013	1.3509	0.0338	-0.281	0.2122	-0.1846	0.0039	0.0956	-0.1425	0.0468	0.123	-6.5732	29.9995	98.2783
7	4.3177	0.2519	0.7773	5.0537	0.2124	5.364	-0.1072	-0.2668	1.5461	0.2847	0.3153	0.4698	-1.3353	-0.5787	-0.2081	0.2683	0.2432	0.1648	0.0251	-0.0371	0.6242	12.2364	70.9146	61.7903
8	5.3544	0.7817	5.3644	3.6552	1.0281	13.4344	0.0519	0.1277	0.4524	-0.229	0.2156	0.0621	-0.1516	-0.3199	-0.2675	-0.215	0.0372	0.021	-0.1461	0.0923	-0.0628	15.1096	54.2386	52.4011

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	13 - 154	9 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	14 - 155	10 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	13 - 154	9 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	12 - 154	8 - 150
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	13 - 154	9 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	13 - 154	9 - 150
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	25 - 154	21 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	24 - 153	20 - 149

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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