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万見
- PDB-3bn6: Crystal Structure of the C2 Domain of Bovine Lactadherin at 1.67 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bn6
タイトルCrystal Structure of the C2 Domain of Bovine Lactadherin at 1.67 Angstrom Resolution
要素Lactadherin
キーワードBLOOD CLOTTING / CELL ADHESION / anticoagulation / anti-coagulation / anticoagulant / anti-coagulant / membrane binding / phosphatidyl-serine binding / phosphatidylserine binding / Blood coagulation Factor V C2 homologue / Blood coagulation Factor VIII C2 homologue / milk fat globule / apoptosis / discoidin domain / FA58C / F5_F8_type_C / Alternative splicing / EGF-like domain / Fertilization / Glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


acrosomal membrane / single fertilization / angiogenesis / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / EGF-like domain / Galactose-binding domain-like / Epidermal growth factor-like domain. ...: / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / EGF-like domain / Galactose-binding domain-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Shao, C. / Novakovic, V.A. / Head, J.F. / Seaton, B.A. / Gilbert, G.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of lactadherin C2 domain at 1.7A resolution with mutational and computational analyses of its membrane-binding motif.
著者: Shao, C. / Novakovic, V.A. / Head, J.F. / Seaton, B.A. / Gilbert, G.E.
履歴
登録2007年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactadherin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9961
ポリマ－17,9961
非ポリマー00
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.909, 56.033, 79.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lactadherin / Milk fat globule-EGF factor 8 / MFG-E8 / MGP57/53 / PAS-6/PAS-7 glycoprotein / MFGM / Sperm surface ...Milk fat globule-EGF factor 8 / MFG-E8 / MGP57/53 / PAS-6/PAS-7 glycoprotein / MFGM / Sperm surface protein SP47 / BP47 / Components 15/16


分子量: 17996.102 Da / 分子数: 1 / 断片: F5/8 type C 2, C2, residues 270-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: MFGE8 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95114
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.84 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% (w/v) PEG4000, 0.1 M Hepes, pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 10% isopropanol, micro-seeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 17121 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.29 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.67-1.7240.33412861.65898.9
1.72-1.774.30.28313091.6199.3
1.77-1.824.20.2112711.54198.8
1.82-1.894.30.1713091.57399.2
1.89-1.964.40.1412761.49898.8
1.96-2.054.50.11113041.38199.2
2.05-2.164.50.0912981.19698.7
2.16-2.34.50.07613151.19299.1
2.3-2.474.60.06613191.0999.6
2.47-2.724.80.05313251.0199.7
2.72-3.124.80.04513461.06299.5
3.12-3.934.70.03813491.14298.8
3.93-504.50.03414141.03496.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.323 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.746
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CZT

1czt


解像度: 1.67→50 Å / FOM work R set: 0.865 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 1322 7.7 %
Rwork0.19 --
obs-16784 97.4 %
溶媒の処理Bsol: 45.56 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 21.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.637 Å20 Å20 Å2
2--1.301 Å20 Å2
3---2.337 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1274 0 0 233 1507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9592
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8912.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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