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万見
- PDB-3bm3: Restriction endonuclease PspGI-substrate DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bm3
タイトルRestriction endonuclease PspGI-substrate DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*T)-3')
  • PspGI restriction endonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / ENDONUCLEASE-DNA COMPLEX / RESTRICTION ENZYME / PSPGI / BASE FLIPPING / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction Endonuclease - #80 / Restriction endonuclease, type II, EcoRII, C-terminal / EcoRII, C-terminal domain superfamily / EcoRII C terminal / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DNA / DNA (> 10) / PspGI restriction endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus sp. GI-H (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Szczepanowski, R.H. / Carpenter, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Siksnys, V. / Bhagwat, A. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: A direct crystallographic demonstration that Type II restriction endonuclease PspGI flips nucleotides
著者: Szczepanowski, R.H. / Carpenter, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Siksnys, V. / Bhagwat, A. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Nucleotide flipping by restriction enzymes analyzed by 2-aminopurine steady-state fluorescence.
著者: Tamulaitis, G. / Zaremba, M. / Szczepanowski, R.H. / Bochtler, M. / Siksnys, V.
#2: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Sequence-dependent enhancement of hydrolytic deamination of cytosines in DNA by the restriction enzyme PspGI.
著者: Carpenter, M. / Divvela, P. / Pingoud, V. / Bujnicki, J. / Bhagwat, A.S.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: PspGI, a type II restriction endonuclease from the extreme thermophile Pyrococcus sp.: structural and functional studies to investigate an evolutionary relationship with several ...タイトル: PspGI, a type II restriction endonuclease from the extreme thermophile Pyrococcus sp.: structural and functional studies to investigate an evolutionary relationship with several mesophilic restriction enzymes.
著者: Pingoud, V. / Conzelmann, C. / Kinzebach, S. / Sudina, A. / Metelev, V. / Kubareva, E. / Bujnicki, J.M. / Lurz, R. / Luder, G. / Xu, S.Y. / Pingoud, A.
#4: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 1998
タイトル: Characterization of an extremely thermostable restriction enzyme, PspGI, from a Pyrococcus strain and cloning of the PspGI restriction-modification system in Escherichia coli.
著者: Morgan, R. / Xiao, J. / Xu, S.
履歴
登録2007年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*T)-3')
A: PspGI restriction endonuclease
B: PspGI restriction endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3305
ポリマ－71,1384
非ポリマー1921
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.884, 96.060, 127.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE TETRAMER (ACCORDING TO PDB CONVENTIONS) IS A COMPLEX OF THE DIMERIC RESTRICTION ENZYME WITH ITS SUBSTRATE, DOUBLE STRANDED DNA.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3318.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*T)-3')


分子量: 3389.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PspGI restriction endonuclease


分子量: 32215.279 Da / 分子数: 2 / Mutation: D138A, A146T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus sp. GI-H (古細菌) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: O93646
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.84 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 20% MPD, 0.1 M citric acid, 0.1 M cobalt (II) chloride as an additive, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2citric acid11
3cobalt (II) chloride11
4MPD12
5citric acid12
6cobalt (II) chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月16日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 63138 / Num. obs: 63138 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.72 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2460 / Rsym value: 0.254 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化解像度: 1.7→19.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: CNS HAS BEEN USED FOR DNA REFINEMENT. NO CONSTRAINTS FOR SUGAR PUCKER WERE APPLIED. RESIDUES AT THE ENDS OF THE DNA DUPLEX ( 5 AND 5 IN CHAIN C AND -6 AND -5 IN CHAIN D) HAVE POOR DENSITY. ...詳細: CNS HAS BEEN USED FOR DNA REFINEMENT. NO CONSTRAINTS FOR SUGAR PUCKER WERE APPLIED. RESIDUES AT THE ENDS OF THE DNA DUPLEX ( 5 AND 5 IN CHAIN C AND -6 AND -5 IN CHAIN D) HAVE POOR DENSITY. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT HAS BEEN USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1924 3230 5.1 %RANDOM
Rwork0.1698 ---
all0.171 63135 --
obs0.171 63135 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å20 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3---1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4319 445 13 293 5070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3692.0777083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.85238607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0865567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.03724.024251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.78615898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0831542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021058
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2520.24044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1990.22669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1030.22557
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7851.52739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.51092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41724496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34432428
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6864.52587
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 236 -
Rwork0.202 4290 -
obs-4290 97.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.33690.11640.11812.61921.16570.68450.0236-0.1015-0.00250.1321-0.07480.16230.1026-0.03260.0512-0.023-0.02210.021-0.0076-0.0091-0.026410.6244.30126.535
20.823-0.0817-0.27440.163-0.14080.85650.0373-0.07060.1169-0.0013-0.00980.0106-0.04630.0266-0.0275-0.0079-0.00780.0011-0.0378-0.0241-0.01325.14664.23821.342
30.16890.2793-0.29220.548-0.41170.7019-0.0153-0.012-0.0669-0.05470.0478-0.06480.06940.0104-0.03250.02330.01150.0194-0.0263-0.006-0.020936.14831.1285.715
40.4988-0.1151-0.04340.5720.27780.7173-0.01430.0350.0697-0.05980.0386-0.0603-0.02360.0405-0.0243-0.0018-0.02050.0139-0.02620.0073-0.022837.29755.8661.265
50.5332-0.2184-0.45520.7940.01420.4988-0.0244-0.01620.04210.01620.0122-0.05090.02010.03640.01220.0051-0.00240.0033-0.0158-0.0006-0.017926.443.83514.765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2A117 - 260
3X-RAY DIFFRACTION3B3 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4B117 - 260
5X-RAY DIFFRACTION5C-5 - 5
6X-RAY DIFFRACTION5D-6 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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