PDB-3blh: Crystal Structure of Human CDK9/cyclinT1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3blh

タイトル

Crystal Structure of Human CDK9/cyclinT1

要素

Cell division protein kinase 9
Cyclin-T1

キーワード

TRANSCRIPTION / transcriptional CDK-cyclin complex / phosphorylated / Alternative splicing / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Serine/threonine-protein kinase / Transcription regulation / Transferase / Acetylation / Cell cycle / Cell division / Coiled coil / Host-virus interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of protein localization to chromatin / regulation of mRNA 3'-end processing / nucleus localization / transcription elongation factor activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity ...P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of protein localization to chromatin / regulation of mRNA 3'-end processing / nucleus localization / transcription elongation factor activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / positive regulation by host of viral transcription / RNA polymerase binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of protein localization to chromatin / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / replication fork processing / cellular response to cytokine stimulus / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / cyclin-dependent kinase / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA repair / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / transcription elongation factor complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / molecular condensate scaffold activity / transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / PML body / transcription coactivator binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / kinase activity / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / cell population proliferation / regulation of cell cycle / transcription cis-regulatory region binding / protein kinase activity / response to xenobiotic stimulus / protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Baumli, S. / Lolli, G. / Lowe, E.D. / Johnson, L.N.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: The structure of P-TEFb (CDK9/cyclin T1), its complex with flavopiridol and regulation by phosphorylation
著者: Baumli, S. / Lolli, G. / Lowe, E.D. / Troiani, S. / Rusconi, L. / Bullock, A.N. / Debreczeni, J.E. / Knapp, S. / Johnson, L.N.

履歴

登録	2007年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3blh.ent.gz	196.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3blh_validation.pdf.gz	465.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3blh_full_validation.pdf.gz	475.4 KB	表示
XML形式データ	3blh_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	3blh_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/3blh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/3blh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ivxC 3blqC 3blrC 1qmzS 2pk2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tnh-d 3blq-d 4f7s-d 3mia-d 4bcg-d 6b3e-2 6v7z-1 5cei-d 2y4i-d 3rgf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (6) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (11) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (5) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (3) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (2) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (6)
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低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
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TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
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シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
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Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
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p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cell division protein kinase 9

B: Cyclin-T1

ヘテロ分子

68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.920, 172.920, 95.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Cell division protein kinase 9 / Cyclin-dependent kinase 9 / Serine/threonine-protein kinase PITALRE / C-2K / Cell division cycle 2- ...Cyclin-dependent kinase 9 / Serine/threonine-protein kinase PITALRE / C-2K / Cell division cycle 2-like protein kinase 4 分子量: 38054.082 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 2-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK9 / プラスミド: pVL1392 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 参照: UniProt: P50750, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質	Cyclin-T1 / CycT1 / Cyclin-T 分子量: 30119.426 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 2-259 / Mutation: Q77R, E96G, F241L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNT1 / プラスミド: pVL1392 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: O60563
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris, 20% PEG 1000, 0.5M NaCl, 4mM TCEP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月29日

放射

モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9756 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.48→86.46 Å / Num. obs: 37491 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.48-2.61	2.8	0.472	1.6	15467	5534	0.472	100
2.61-2.77	2.8	0.3	2.5	14609	5239	0.3	100
2.77-2.96	2.8	0.166	4.5	13705	4914	0.166	100
2.96-3.2	2.8	0.102	7.2	12722	4575	0.102	100
3.2-3.51	2.8	0.064	10	11593	4183	0.064	100
3.51-3.92	2.8	0.053	10.9	10524	3812	0.053	99.9
3.92-4.53	2.7	0.049	12.1	9188	3351	0.049	99.9
4.53-5.55	2.7	0.049	12.4	7671	2823	0.049	99.4
5.55-7.84	2.6	0.046	11.9	5530	2144	0.046	98.1
7.84-48.74	2.6	0.044	14.1	2350	916	0.044	76.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	48.73 Å
Translation	2.5 Å	48.73 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
ProDC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QMZ FOR CHAIN A, PDB ENTRY 2PK2 FOR CHAIN B

1qmz

2pk2

解像度: 2.48→48.726 Å / FOM work R set: 0.859 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ml

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	3600	4.98 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
obs	-	37490	95.5 %	-

溶媒の処理

B_sol: 80.734 Å² / k_sol: 0.366 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 196.83 Å² / B_iso mean: 74.79 Å² / B_iso min: 27.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.896 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.896 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.793 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→48.726 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4454	0	8	139	4601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.646	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.293	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.062	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.48-2.486	0.299	494	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.486-2.492	0.31	532	X-RAY DIFFRACTION	137	90
2.492-2.498	0.284	469	X-RAY DIFFRACTION	137	90
2.498-2.505	0.32	521	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.505-2.511	0.288	487	X-RAY DIFFRACTION	137	90
2.511-2.517	0.292	490	X-RAY DIFFRACTION	137	88
2.517-2.524	0.273	509	X-RAY DIFFRACTION	137	90
2.524-2.53	0.282	516	X-RAY DIFFRACTION	137	93
2.53-2.537	0.274	477	X-RAY DIFFRACTION	137	90
2.537-2.543	0.271	519	X-RAY DIFFRACTION	137	93
2.543-2.55	0.271	487	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.55-2.557	0.269	581	X-RAY DIFFRACTION	137	94
2.557-2.564	0.269	462	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.564-2.571	0.26	539	X-RAY DIFFRACTION	137	93
2.571-2.578	0.25	523	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.578-2.585	0.267	507	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.585-2.592	0.261	447	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.592-2.599	0.252	538	X-RAY DIFFRACTION	137	94
2.599-2.606	0.264	513	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.606-2.614	0.241	531	X-RAY DIFFRACTION	137	93
2.614-2.621	0.25	504	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.621-2.629	0.246	518	X-RAY DIFFRACTION	137	93
2.629-2.637	0.242	534	X-RAY DIFFRACTION	137	91
2.637-2.644	0.241	450	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.644-2.652	0.244	500	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.652-2.66	0.251	621	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.66-2.668	0.261	390	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.668-2.676	0.218	503	X-RAY DIFFRACTION	137	90
2.676-2.685	0.216	551	X-RAY DIFFRACTION	137	94
2.685-2.693	0.228	543	X-RAY DIFFRACTION	137	93
2.693-2.701	0.238	500	X-RAY DIFFRACTION	137	93
2.701-2.71	0.236	457	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.71-2.719	0.23	506	X-RAY DIFFRACTION	137	91
2.719-2.727	0.237	500	X-RAY DIFFRACTION	137	91
2.727-2.736	0.211	480	X-RAY DIFFRACTION	137	90
2.736-2.745	0.221	614	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.745-2.754	0.229	475	X-RAY DIFFRACTION	137	94
2.754-2.764	0.235	475	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.764-2.773	0.197	516	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.773-2.783	0.217	537	X-RAY DIFFRACTION	137	94
2.783-2.792	0.191	438	X-RAY DIFFRACTION	137	90
2.792-2.802	0.228	538	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.802-2.812	0.213	505	X-RAY DIFFRACTION	137	91
2.812-2.822	0.202	527	X-RAY DIFFRACTION	137	91
2.822-2.832	0.178	526	X-RAY DIFFRACTION	137	90
2.832-2.842	0.204	470	X-RAY DIFFRACTION	137	94
2.842-2.853	0.188	463	X-RAY DIFFRACTION	137	89
2.853-2.863	0.204	526	X-RAY DIFFRACTION	137	93
2.863-2.874	0.202	494	X-RAY DIFFRACTION	137	94
2.874-2.885	0.211	553	X-RAY DIFFRACTION	137	94
2.885-2.896	0.219	550	X-RAY DIFFRACTION	137	93
2.896-2.908	0.174	504	X-RAY DIFFRACTION	137	93
2.908-2.919	0.183	480	X-RAY DIFFRACTION	137	91
2.919-2.931	0.192	517	X-RAY DIFFRACTION	137	93
2.931-2.943	0.188	488	X-RAY DIFFRACTION	137	89
2.943-2.955	0.168	517	X-RAY DIFFRACTION	137	90
2.955-2.967	0.2	519	X-RAY DIFFRACTION	137	91
2.967-2.98	0.187	470	X-RAY DIFFRACTION	137	94
2.98-2.992	0.205	587	X-RAY DIFFRACTION	137	92
2.992-3.005	0.181	450	X-RAY DIFFRACTION	137	90
3.005-3.018	0.194	477	X-RAY DIFFRACTION	137	95
3.018-3.032	0.178	512	X-RAY DIFFRACTION	137	90
3.032-3.045	0.19	531	X-RAY DIFFRACTION	137	93
3.045-3.059	0.196	517	X-RAY DIFFRACTION	137	93
3.059-3.073	0.176	508	X-RAY DIFFRACTION	137	91
3.073-3.087	0.183	576	X-RAY DIFFRACTION	137	91
3.087-3.102	0.179	410	X-RAY DIFFRACTION	137	91
3.102-3.117	0.19	568	X-RAY DIFFRACTION	137	93
3.117-3.132	0.182	446	X-RAY DIFFRACTION	137	90
3.132-3.148	0.176	499	X-RAY DIFFRACTION	137	92
3.148-3.163	0.175	526	X-RAY DIFFRACTION	137	94
3.163-3.18	0.186	579	X-RAY DIFFRACTION	137	92
3.18-3.196	0.17	500	X-RAY DIFFRACTION	137	90
3.196-3.213	0.184	439	X-RAY DIFFRACTION	137	93
3.213-3.23	0.189	529	X-RAY DIFFRACTION	137	92
3.23-3.248	0.178	502	X-RAY DIFFRACTION	137	93
3.248-3.266	0.169	549	X-RAY DIFFRACTION	137	94
3.266-3.284	0.158	542	X-RAY DIFFRACTION	137	94
3.284-3.303	0.173	478	X-RAY DIFFRACTION	137	92
3.303-3.322	0.191	491	X-RAY DIFFRACTION	137	92
3.322-3.342	0.177	482	X-RAY DIFFRACTION	137	92
3.342-3.362	0.172	540	X-RAY DIFFRACTION	137	92
3.362-3.382	0.185	513	X-RAY DIFFRACTION	137	91
3.382-3.403	0.186	475	X-RAY DIFFRACTION	137	92
3.403-3.425	0.171	504	X-RAY DIFFRACTION	137	95
3.425-3.447	0.19	526	X-RAY DIFFRACTION	137	92
3.447-3.47	0.191	534	X-RAY DIFFRACTION	137	93
3.47-3.493	0.175	540	X-RAY DIFFRACTION	137	91
3.493-3.518	0.164	457	X-RAY DIFFRACTION	137	89
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3.568-3.594	0.174	542	X-RAY DIFFRACTION	137	94
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3.946-3.985	0.163	438	X-RAY DIFFRACTION	137	89
3.985-4.026	0.137	545	X-RAY DIFFRACTION	137	91
4.026-4.069	0.144	470	X-RAY DIFFRACTION	137	91
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4.431-4.495	0.117	532	X-RAY DIFFRACTION	137	90
4.495-4.562	0.124	519	X-RAY DIFFRACTION	137	92
4.562-4.633	0.109	470	X-RAY DIFFRACTION	137	89
4.633-4.709	0.13	490	X-RAY DIFFRACTION	137	89
4.709-4.79	0.119	513	X-RAY DIFFRACTION	137	92
4.79-4.877	0.124	482	X-RAY DIFFRACTION	137	91
4.877-4.971	0.123	514	X-RAY DIFFRACTION	137	89
4.971-5.072	0.132	515	X-RAY DIFFRACTION	137	91
5.072-5.182	0.133	475	X-RAY DIFFRACTION	137	90
5.182-5.302	0.137	517	X-RAY DIFFRACTION	137	93
5.302-5.435	0.15	506	X-RAY DIFFRACTION	137	92
5.435-5.582	0.159	511	X-RAY DIFFRACTION	137	90
5.582-5.746	0.157	466	X-RAY DIFFRACTION	137	91
5.746-5.931	0.159	511	X-RAY DIFFRACTION	137	87
5.931-6.142	0.176	483	X-RAY DIFFRACTION	137	87
6.142-6.388	0.163	464	X-RAY DIFFRACTION	137	88
6.388-6.678	0.172	450	X-RAY DIFFRACTION	137	79
6.678-7.029	0.173	449	X-RAY DIFFRACTION	137	81
7.029-7.468	0.154	523	X-RAY DIFFRACTION	137	94
7.468-8.042	0.151	491	X-RAY DIFFRACTION	137	91
8.042-8.847	0.158	469	X-RAY DIFFRACTION	137	85
8.847-10.117	0.159	408	X-RAY DIFFRACTION	137	74
10.117-12.709	0.187	325	X-RAY DIFFRACTION	137	59
12.709-48.736	0.291	281	X-RAY DIFFRACTION	137	50

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3115	0.1496	0.224	1.5077	0.1354	2.8666	0.2524	0.0581	-0.5822	0.3049	-0.0961	-0.2574	0.6474	0.124	-0.1515	0.3749	-0.0163	-0.1239	0.2108	0.0601	0.5929	46.9601	-17.2911	-0.505
2	2.5213	-0.5501	-0.3321	1.3274	0.28	1.0365	0.0568	0.0801	0.1997	0.0196	0.0315	-0.3054	-0.0459	0.042	-0.0915	0.2758	-0.0089	-0.0076	0.363	-0.0408	0.3137	21.7809	3.3575	-20.2161

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	8 - 325
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	5 - 259

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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