PDB-3blc: Crystal structure of the periplasmic domain of the Escherichia Co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3blc

タイトル

Crystal structure of the periplasmic domain of the Escherichia Coli YIDC

要素

Inner membrane protein oxaA

キーワード

CHAPERONE / PROTEIN TRANSPORT / YidC / membrane assembly facilitator / periplasmic domain / Inner membrane / Transmembrane / OXAA

機能・相同性

機能・相同性情報

protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / protein insertion into membrane / protein folding / protein-containing complex assembly / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Paetzel, M. / Oliver, D.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of the Major Periplasmic Domain of the Bacterial Membrane Protein Assembly Facilitator YidC.
著者: Oliver, D.C. / Paetzel, M.

履歴

登録	2007年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3blc.cif.gz	121.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3blc.ent.gz	95.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3blc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/3blc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/3blc	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6hdv-2 6hdv-3 2yt0-d 4obm-d 2vfx-8 3elf-d 2vfx-5 5a7i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inner membrane protein oxaA

B: Inner membrane protein oxaA

71.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Inner membrane protein oxaA

登録者が定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Inner membrane protein oxaA

登録者が定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Inner membrane protein oxaA

B: Inner membrane protein oxaA

A: Inner membrane protein oxaA

B: Inner membrane protein oxaA

ソフトウェアが定義した集合体
144 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	126.127, 126.127, 288.459
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Inner membrane protein oxaA 分子量: 35963.898 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-340 / 変異: E228A, K229A, E231A, K232A, K234A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: oxaA, yidC / プラスミド: pET20b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25714
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.15 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.1 詳細: 0.1 M glycine, 0.2 M ammonium sulfate, 13% PEG3350, pH 3.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月2日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 40327 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.079 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 44.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3687 / R_sym value: 0.379 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 13.891 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24897	2021	5 %	RANDOM
R_work	0.21165	-	-	-
obs	0.2135	38278	98.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.447 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4291	0	0	80	4371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4401
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.515	1.953	6020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.994	5	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.488	25.764	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.498	15	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.166	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.174	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.665	1.5	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.018	2	4472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.819	3	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.62	4.5	1548

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	134	-
R_work	0.294	2497	-
obs	-	-	88.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7191	-2.0615	2.399	1.6002	-2.3787	9.6655	0.2858	0.7492	-0.178	-0.705	-0.3479	0.1126	1.1987	-0.3445	0.0621	0.6075	-0.2735	-0.0676	0.3094	-0.0367	0.0733	71.6229	39.7348	109.0839
2	1.462	-0.0956	-2.719	3.5009	-2.4498	11.0971	-0.1346	0.208	-0.1688	-0.3878	-0.0312	-0.1114	1.086	0.5218	0.1657	0.3455	-0.1682	0.0285	0.0974	0.011	-0.0143	82.4099	39.2771	118.6429
3	0.758	0.1308	1.3918	3.1496	0.2786	4.8001	-0.0214	0.2113	-0.2173	-0.2178	0.1395	0.2403	1.0646	-0.4777	-0.1181	0.7002	-0.3752	-0.0415	0.3895	0.0484	0.1498	69.7797	33.1063	125.0179
4	1.8099	0.2625	-0.4255	1.672	-0.0787	4.4848	0.0761	-0.2209	-0.2469	-0.0114	-0.0243	0.3462	0.7467	-0.5832	-0.0518	0.2664	-0.2283	0.0285	0.0967	-0.0096	0.0065	75.3224	41.4402	125.8398
5	6.2586	-3.6031	-2.7255	9.1175	0.7624	1.2793	0.2384	0.8395	-0.4324	-1.5811	-0.4007	0.2296	-0.7738	-1.2131	0.1623	0.1918	-0.1105	0.0888	0.1418	0.0199	0.0131	85.3236	53.4979	110.2363
6	5.0929	-3.0241	-1.9338	3.249	-0.0189	4.8025	0.1589	-0.0445	0.0829	-0.0874	-0.1077	-0.1395	0.5433	-0.0869	-0.0511	0.1205	-0.0817	0.1012	-0.0693	0.0186	-0.1114	88.9358	55.6644	120.6851
7	3.4075	0.1936	-0.6624	2.4771	-0.917	5.3498	0.239	0.0676	0.0441	-0.2551	-0.1296	0.1575	0.1913	-0.1988	-0.1094	0.1878	-0.1456	0.0359	-0.0968	-0.0222	-0.125	83.0844	50.0516	119.8052
8	0.5455	1.5712	-2.3818	4.528	-7.0188	20.5083	0.2071	0.2588	0.0993	-0.335	0.2721	0.2817	0.5254	-0.2485	-0.4793	0.146	-0.1228	-0.0145	0.1045	0.0773	-0.0542	79.7543	43.7326	138.4469
9	2.3313	2.4782	-3.9473	3.0468	-6.3717	18.1605	0.5665	-0.3397	-0.4084	0.3227	0.1736	0.2636	0.0122	0.2445	-0.7401	0.4011	-0.2342	0.0574	0.2802	-0.0127	0.0539	72.2024	45.7354	128.0671
10	11.4365	2.7236	-11.9164	4.2107	4.2737	26.6144	1.1243	-0.8052	1.7016	0.7983	-0.1048	0.9481	-1.6223	0.3312	-1.0194	0.5578	-0.1383	0.1865	0.4511	-0.0321	0.3959	71.6179	59.1838	116.9065
11	9.9502	1.0332	-8.0836	1.6835	0.6711	9.933	0.1853	0.8198	0.413	-0.0268	0.0717	0.091	-0.0368	-0.9181	-0.2569	0.0123	0.0421	0.0713	-0.0089	0.0541	-0.0292	90.9651	64.146	104.0225
12	7.3976	1.571	-0.2149	0.8137	1.1239	2.8556	-0.1974	0.2796	-0.2165	-0.602	0.8894	1.0672	0.1264	-1.5077	-0.6921	0.2707	-0.2167	0.0702	0.785	0.0158	0.2292	71.9835	70.4366	79.4987
13	6.8925	1.0253	0.8902	8.8408	-4.9784	9.6088	-0.1117	0.0144	-0.7017	0.4259	1.0123	1.0384	0.2312	-1.9231	-0.9006	0.0852	-0.0578	0.0906	0.5131	0.115	0.2475	72.5087	69.0321	89.9758
14	2.27	3.6367	-5.3401	6.6713	-6.952	15.604	0.4928	0.9313	0.866	0.5611	0.6399	0.8031	-1.0066	-1.4233	-1.1326	0.0828	0.1573	0.1353	0.4465	0.2686	0.2487	76.0197	84.3723	84.7152
15	4.5559	-0.003	1.3448	7.7014	-1.7172	4.6996	-0.0246	0.9169	-0.1027	-0.9523	0.2014	0.3229	0.3832	-0.8849	-0.1768	0.2389	-0.1433	0.1054	0.9295	0.0658	0.1574	76.2216	73.7244	74.2076
16	4.7319	-12.8729	5.3186	36.2001	-15.825	7.6239	-0.2779	1.0199	0.361	-0.8402	0.4497	-0.4139	0.5703	-1.2383	-0.1718	0.2912	-0.2058	0.0116	1.0421	0.1141	0.1705	78.8233	76.5694	70.1741
17	2.5585	1.5275	-1.9258	1.9017	-2.2167	5.0828	-0.1289	0.9949	0.1492	-0.6415	0.362	0.0862	0.0424	-0.694	-0.2331	0.1441	-0.0406	0.0803	0.4771	0.1084	0.1031	84.429	80.3726	74.9682
18	39.1464	-3.3512	9.94	0.9341	0.6741	6.1172	0.9539	-3.2547	-3.1744	0.7088	0.1902	0.4666	0.3241	-1.9787	-1.1441	0.4565	0.0228	0.2066	0.7281	0.3288	0.5445	72.7084	78.1827	102.8511
19	10.141	-3.0679	-3.7338	6.0993	-0.6009	8.0219	0.3549	-0.2126	1.0063	0.2247	0.0663	0.2269	-0.9711	-0.2266	-0.4212	0.2373	0.0395	0.1589	0.0183	0.0185	0.0388	87.902	87.6388	98.9502
20	0.8359	0.4047	0.4646	5.7542	-1.2433	2.7611	0.1577	0.3026	0.1895	0.198	0.0907	0.3839	-0.5285	-0.3936	-0.2485	0.0463	0.0394	0.118	0.0982	0.0814	-0.0318	85.9911	82.3913	91.8269
21	3.0315	1.5512	-1.9198	2.5252	-4.84	9.8109	0.1423	0.668	0.1147	-0.1768	0.2203	0.1919	0.1307	-0.1193	-0.3626	0.2393	0.0267	0.1265	0.3185	0.153	0.1006	91.3941	88.3578	73.3765
22	1.7967	0.3722	0.5863	1.7328	0.0651	7.4961	0.0207	0.1377	-0.002	0.1754	0.1143	0.0732	0.3383	-0.658	-0.1349	0.007	0.0205	0.1228	0.0291	0.0234	0.0855	88.7556	72.2833	100.4115

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	57 - 98	33 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	99 - 121	75 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	122 - 160	98 - 136
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	161 - 203	137 - 179
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	204 - 226	180 - 202
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	227 - 255	203 - 231
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	256 - 287	232 - 263
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	288 - 298	264 - 274
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	299 - 309	275 - 285
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	310 - 324	286 - 300
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	325 - 346	301 - 322
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	56 - 67	32 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	68 - 101	44 - 77
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	102 - 121	78 - 97
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	122 - 146	98 - 122
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	147 - 155	123 - 131
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	156 - 197	132 - 173
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	198 - 220	174 - 196
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	221 - 246	197 - 222
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	247 - 286	223 - 262
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	287 - 301	263 - 277
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	302 - 343	278 - 319

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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