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万見
- PDB-3bl9: Synthetic Gene Encoded DcpS bound to inhibitor DG157493 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bl9
タイトルSynthetic Gene Encoded DcpS bound to inhibitor DG157493
要素Scavenger mRNA-decapping enzyme DcpS
キーワードHYDROLASE / MRNA DECAPPING ENZYME / DCPS / LIGAND COMPLEX / Cytoplasm / Nonsense-mediated mRNA decay / Nucleus / Polymorphism / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / RNA exonuclease activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body ...mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / RNA exonuclease activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold / mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like ...mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold / mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DD2 / m7GpppX diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Staker, B.L. / Christensen, J. / Stewart, L. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D)
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: DcpS as a therapeutic target for spinal muscular atrophy.
著者: Singh, J. / Salcius, M. / Liu, S.W. / Staker, B.L. / Mishra, R. / Thurmond, J. / Michaud, G. / Mattoon, D.R. / Printen, J. / Christensen, J. / Bjornsson, J.M. / Pollok, B.A. / Kiledjian, M. / ...著者: Singh, J. / Salcius, M. / Liu, S.W. / Staker, B.L. / Mishra, R. / Thurmond, J. / Michaud, G. / Mattoon, D.R. / Printen, J. / Christensen, J. / Bjornsson, J.M. / Pollok, B.A. / Kiledjian, M. / Stewart, L. / Jarecki, J. / Gurney, M.E.
履歴
登録2007年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Scavenger mRNA-decapping enzyme DcpS
B: Scavenger mRNA-decapping enzyme DcpS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2163
ポリマ－69,7832
非ポリマー4321
水10,034557
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.406, 56.867, 59.504
Angle α, β, γ (deg.)62.350, 77.930, 79.540
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Scavenger mRNA-decapping enzyme DcpS / DCS-1 / Hint- related 7meGMP-directed hydrolase / Histidine triad protein member 5 / HINT-5


分子量: 34891.613 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 38-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SMT3 FUSION PROTEIN / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCPS, DCS1, HINT5 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96C86, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-DD2 / 5-{[1-(2,3-dichlorobenzyl)piperidin-4-yl]methoxy}quinazoline-2,4-diamine


分子量: 432.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23Cl2N5O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350, Ammonium Formate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月26日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 20.8 / 数: 220144 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 2.4 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 47420 / % possible obs: 91.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.885098.610.0323.0185.9
3.083.8897.310.0442.7135.9
2.693.0896.110.0652.6755.9
2.442.6995.110.0782.3725.6
2.272.4494.310.0892.1835.3
2.132.2793.410.1062.1675.2
2.032.1392.510.1321.9784.9
1.942.038810.1551.7683.3
1.861.9482.910.171.4521.8
1.81.8677.510.231.4061.5
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 47420 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 2.397 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.861.50.2340291.40677.5
1.86-1.941.80.1742641.45282.9
1.94-2.033.30.15545881.76888
2.03-2.134.90.13247881.97892.5
2.13-2.275.20.10648312.16793.4
2.27-2.445.30.08948732.18394.3
2.44-2.695.60.07849182.37295.1
2.69-3.085.90.06549902.67596.1
3.08-3.885.90.04450332.71397.3
3.88-505.90.03251063.01898.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ST0

1st0


解像度: 1.8→33.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.217 / WRfactor Rwork: 0.171 / SU B: 2.796 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2418 5.1 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 47411 91.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.248 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20.36 Å20.07 Å2
2---0.13 Å20.2 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4755 0 29 557 5341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224899
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.9746650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91838204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2415571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98323.541257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14415852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8711543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021015
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2937
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.23647
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.22283
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22554
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0891.53768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1971.51138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23224676
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03532327
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9564.51974
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8470.2881540.212811384877.053
1.847-1.8970.2061570.1962873376780.435
1.897-1.9520.2461540.1922883359884.408
1.952-2.0120.2471600.1852924352087.614
2.012-2.0780.2591740.1782957340791.899
2.078-2.1510.2281590.1732940333093.063
2.151-2.2320.2181490.1712820317993.394
2.232-2.3230.2171550.172707305193.805
2.323-2.4260.2331410.1742634293694.516
2.426-2.5440.2371350.182529280994.838
2.544-2.6810.2381230.1792426267795.219
2.681-2.8440.2371270.1872329255896.013
2.844-3.0390.2531150.182142234396.329
3.039-3.2820.2051010.1752054222496.897
3.282-3.5940.194970.171896205097.22
3.594-4.0150.203870.1611715184397.775
4.015-4.6320.183700.1381506160498.254
4.632-5.6620.229690.1611294138298.625
5.662-7.9610.248570.215988105399.24
7.961-52.20.161340.16356560798.682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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