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- PDB-3bkd: High resolution Crystal structure of Transmembrane domain of M2 p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bkd
タイトルHigh resolution Crystal structure of Transmembrane domain of M2 protein
要素Transmembrane Domain of Matrix protein M2
キーワードVIRAL PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / Proton channel / M2TM / Influenza A virus M2 Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host autophagy / proton transmembrane transporter activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2)
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Matrix protein 2
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Stouffer, A.L. / Acharya, R. / Salom, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural basis for the function and inhibition of an influenza virus proton channel
著者: Stouffer, A.L. / Acharya, R. / Salom, D. / Levine, A.S. / Di Costanzo, L. / Soto, C.S. / Tereshko, V. / Nanda, V. / Stayrook, S. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2007年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
B: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
C: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
D: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
E: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
F: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
G: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
H: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,80822
ポリマ－22,3468
非ポリマー2,46214
水70339
1
E: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
F: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
G: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
H: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,29810
ポリマ－11,1734
非ポリマー1,1256
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area7710 Å2
手法PISA
2
A: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
B: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
C: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
D: Transmembrane Domain of Matrix protein M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,51012
ポリマ－11,1734
非ポリマー1,3378
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area7470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.753, 56.557, 56.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12B
22F
13C
23G
14D
24H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: NH2 / End label comp-ID: NH2 / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 22 - 47 / Label seq-ID: 1 - 26

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21EE
12BB
22FF
13CC
23GG
14DD
24HH

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Transmembrane Domain of Matrix protein M2


分子量: 2793.236 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 22-46 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized; Transmembrane domain of M2 protein from Influenza A virus
参照: UniProt: Q9Q0P0
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: Protein solution: 0.8mM protein, 32mM n-octyl-beta-D-glucopyranoside and 5%v/v xylitol. Reservoir solution: 50mM Tris-Hcl, 500mM MgCl2, 21% PEG 350 MME, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月1日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 15355 / Num. obs: 14567 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 777 / % possible all: 75.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Amantandine-bound M2TM; G34A mutant

解像度: 2.05→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 9.819 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26871 747 5 %RANDOM
Rwork0.21908 ---
all0.244 ---
obs0.22158 14047 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å2-0.04 Å2
2--2.17 Å20 Å2
3----2.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1544 0 164 39 1747
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221741
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3482.0812328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4245192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1952240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.96615294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.918158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.4990.232
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8871.51058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14721618
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6623799
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2894.5710
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A190loose positional0.275
2B193loose positional0.375
3C189loose positional0.295
4D189loose positional0.325
1A190loose thermal2.7610
2B193loose thermal1.2910
3C189loose thermal0.8710
4D189loose thermal1.3410
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 53 -
Rwork0.217 992 -
obs--96.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1613-0.2459-0.51970.9080.55491.78010.0721-0.0472-0.01380.09510.0106-0.0882-0.10840.0771-0.08260-0.010.0017-0.013-0.00150.0320.147915.7169-0.9902
20.2352-0.101-0.67261.0747-0.47432.48810.0279-0.039-0.0272-0.0490.00320.04770.1355-0.0729-0.0311-0.00180.0143-0.01890.03210.0073-0.01267.024311.4201-28.1435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA22 - 461 - 25
2X-RAY DIFFRACTION1BB22 - 461 - 25
3X-RAY DIFFRACTION1CC22 - 461 - 25
4X-RAY DIFFRACTION1DD22 - 461 - 25
5X-RAY DIFFRACTION2EE22 - 461 - 25
6X-RAY DIFFRACTION2FF22 - 461 - 25
7X-RAY DIFFRACTION2GG22 - 461 - 25
8X-RAY DIFFRACTION2HH22 - 461 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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