PDB-3bjx: Structure of a Group I haloacid dehalogenase from Pseudomonas put...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bjx

タイトル

Structure of a Group I haloacid dehalogenase from Pseudomonas putida strain PP3

要素

Halocarboxylic acid dehalogenase DehI

キーワード

HYDROLASE / Plasmid

機能・相同性

2-haloacid dehalogenase, DehI / Halocarboxylic acid dehydrogenase DehI / hydrolase activity, acting on acid halide bonds, in C-halide compounds / Halocarboxylic acid dehalogenase DehI

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Schmidberger, J.W. / Wilce, M.C.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of DehI reveals a new alpha-haloacid dehalogenase fold and active-site mechanism
著者: Schmidberger, J.W. / Wilce, J.A. / Weightman, A.J. / Whisstock, J.C. / Wilce, M.C.J.

履歴

登録	2007年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

Remark 40

MOLPROBITY STRUCTURE VALIDATION PROGRAMS : MOLPROBITY (KING, REDUCE, AND PROBE) AUTHORS : I.W. ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bjx.cif.gz	247.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bjx.ent.gz	208.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bjx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bjx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bjx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5v9h-1 3sqc-1 5v95-d 4ywb-2 6g8f-d 5v9h-2 3sqc-3 3avs-d 3sqc-2 1sqc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Halocarboxylic acid dehalogenase DehI

B: Halocarboxylic acid dehalogenase DehI

C: Halocarboxylic acid dehalogenase DehI

D: Halocarboxylic acid dehalogenase DehI

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Halocarboxylic acid dehalogenase DehI

B: Halocarboxylic acid dehalogenase DehI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Halocarboxylic acid dehalogenase DehI

D: Halocarboxylic acid dehalogenase DehI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.323, 111.864, 75.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.710, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Halocarboxylic acid dehalogenase DehI 分子量: 34866.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: PP3 / 遺伝子: dehI / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nova Blue / 参照: UniProt: Q8GJ84, (S)-2-haloacid dehalogenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE PUBLISHED SEQUENCE FOR DEHI WITH ASSESSION CODE Q8GJ84 IS WRONG FOR RESIDUE 229. A PROLINE IS ...THE PUBLISHED SEQUENCE FOR DEHI WITH ASSESSION CODE Q8GJ84 IS WRONG FOR RESIDUE 229. A PROLINE IS REPORTED FOR THIS RESIDUE BUT IS IN FACT AN ARGININE AS REPORTED IN THIS STRUCTURE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% PEG 3350 w/v, 0.4M Li2SO4, 0.1M Bis-Tris pH 6.0, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU	1	1.5418	1.5418
シンクロトロン	SSRL	BL9-1		2		0.97929, 0.97925, 0.91837

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU RAXIS	1	IMAGE PLATE	2006年2月20日	Mirrors
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2006年2月20日	Vertical focusing mirror

放射

ID	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	MAD	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.97929	1
3	0.97925	1
4	0.91837	1

反射

解像度: 2.3→75.024 Å / Num. obs: 48240 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.118 / R_sym value: 0.118 / Net I/σ(I): 6.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.3-2.42	2	0.454	1.6	11547	5900	0.454	81
2.42-2.57	2.5	0.409	1.8	16896	6847	0.409	99.1
2.57-2.75	2.5	0.322	2.3	16376	6462	0.322	99.8
2.75-2.97	2.6	0.232	3.2	15435	6045	0.232	99.7
2.97-3.25	2.6	0.165	4.5	14186	5520	0.165	99.4
3.25-3.64	2.6	0.101	7.3	12923	4997	0.101	99.2
3.64-4.2	2.6	0.064	10.8	11453	4392	0.064	98.8
4.2-5.14	2.6	0.046	15.2	9749	3706	0.046	98.3
5.14-7.27	2.7	0.054	13.4	7538	2838	0.054	97.1
7.27-44.81	2.7	0.03	19.3	4071	1533	0.03	93.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.979	3.47	-10.63
1	3 wavelength	2	0.918	3.4	-1.8
1	3 wavelength	3	0.979	5.72	-8.22

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	44.43	0.911	0.315	0.651	0.667
2	Se	35.346	0.676	0.357	0.932	0.55
3	Se	20.395	0.468	0.403	0.076	0.558
4	Se	33.162	0.907	0.135	0.337	0.498
5	Se	30.877	0.084	0.269	0.481	0.612
6	Se	26.527	0.512	0.484	0.087	0.476
7	Se	39.123	0.629	0.483	0.018	0.49
8	Se	58.075	0.026	0.126	0.662	0.595
9	Se	29.55	0.094	0.188	0.517	0.523
10	Se	60	0.674	0.545	0.04	0.677
11	Se	51.539	0.004	0.19	0.619	0.636
12	Se	60	0.911	0.333	0.414	0.735
13	Se	60	0.778	0.139	0.903	0.585
14	Se	52.062	0.127	0.426	0.743	0.522
15	Se	60	0.322	0.34	0.995	0.621
16	Se	60	0.009	0.332	0.336	0.549
17	Se	54.978	0.332	0.536	0.901	0.589
18	Se	60	0.696	0.454	0.904	0.429
19	Se	60	0.412	0.341	0.915	0.522
20	Se	60	0.329	0.341	0.892	0.55
21	Se	60	0.872	0.535	0.746	0.55
22	Se	60	0.867	0.23	0.327	0.371
23	Se	60	0.894	0.328	0.341	0.472
24	Se	45.788	0.99	0.264	0.38	0.529
25	Se	48.007	0.755	0.247	0.138	0.493
26	Se	51.155	0.364	0.408	0.983	0.568
27	Se	47.322	0.315	0.438	0.864	0.377
28	Se	60	0.877	0.213	0.673	0.496
29	Se	60	0.921	0.124	0.622	0.559
30	Se	1	0.009	0.499	0.963	0.002
31	Se	60	0.636	0.545	0.951	0.451

Phasing dm

FOM : 0.65 / FOM acentric: 0.66 / FOM centric: 0.6 / 反射: 27694 / Reflection acentric: 26674 / Reflection centric: 1020

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8-74.682	0.94	0.94	0.86	1229	1106	123
5-8	0.86	0.87	0.74	3709	3515	194
4-5	0.85	0.86	0.68	4633	4454	179
3.5-4	0.77	0.77	0.69	4695	4539	156
3-3.5	0.56	0.56	0.46	8311	8080	231
2.8-3	0.31	0.31	0.17	5117	4980	137

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE	2.12	位相決定
RESOLVE	2.12	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
CrystalClear		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→38.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 7.727 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25018	2457	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18117	-	-	-
obs	0.18463	45759	96.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.182 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0.06 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9435	0	80	449	9964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	9717
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.447	1.99	13219
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.219	5	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.176	22.926	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.329	15	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.57	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	4876
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	6680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.217	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.482	2	6233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.215	3	9759
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.52	2	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.234	3	3460
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	141	-
R_work	0.23	2676	-
obs	-	-	76.01 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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