PDB-3bje: Crystal structure of Trypanosoma brucei nucleoside phosphorylase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bje

タイトル

Crystal structure of Trypanosoma brucei nucleoside phosphorylase shows uridine phosphorylase activity

要素

Nucleoside phosphorylase, putative

キーワード

TRANSFERASE / nucleoside phosphorylase / uridine phosphorylase / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / MSGPP / Trypanosoma / brucei / sleeping sickness / Glycosyltransferase / PSI-2 / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

uridine catabolic process / nucleoside metabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / ciliary plasm / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The Crystal Structure and Activity of a Putative Trypanosomal Nucleoside Phosphorylase Reveal It to be a Homodimeric Uridine Phosphorylase
著者: Larson, E.T. / Mudeppa, D.G. / Gillespie, J.R. / Mueller, N. / Napuli, A.J. / Arif, J.A. / Ross, J. / Arakaki, T.L. / Lauricella, A. / Detitta, G. / Luft, J. / Zucker, F. / Verlinde, C.L. / ...

履歴

登録	2007年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / software / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 600

HETEROGEN THE FORMATION OF A COMPLEX WITH URACIL AND RIBOSE-1-PHOSPHATE RESULTS FROM ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3bje.ent.gz	119.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bje	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3eri-d 4ajs-d 1xiu-d 2wmi-1 4d6d-d 1ai2-d 4aja-d 1idc-d 6bmt-d 2wmj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Tbru017883AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside phosphorylase, putative

B: Nucleoside phosphorylase, putative

ヘテロ分子

76.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.015, 95.387, 63.483
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.910, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Nucleoside phosphorylase, putative

分子量: 38004.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
株: GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.8.4430 / プラスミド: BG1861 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q57VZ2, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

#2: 糖

ChemComp-R1P / 1-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / RIBOSE-1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-phosphono-D-ribose / 1-O-phosphono-ribose / α-D-リボフラノ-ス1-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₁O₈P

#3: 化合物

ChemComp-URA / URACIL / ウラシル

分子量: 112.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄N₂O₂

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.05 % 解説: The Blu-ice software package was used for data collection. The reference is: McPhillips T.M., McPhillips S.E., Chiu H.J., Cohen A.E., Deacon A.M., Ellis P.J., Garman E., Gonzalez A., Sauter N. ...解説: The Blu-ice software package was used for data collection. The reference is: McPhillips T.M., McPhillips S.E., Chiu H.J., Cohen A.E., Deacon A.M., Ellis P.J., Garman E., Gonzalez A., Sauter N.K., Phizackerley R.P., Soltis S.M., Kuhn P., Blu-Ice and the Distributed Control System: software for data acquisition and instrument control at macromolecular crystallography beamlines. J Synchrotron Radiat. 2002 Nov 1, 9(Pt 6):401-6. Epub 2002 Nov 1. PMID: 12409628.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 39% PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.1 M Sodium phosphate monobasic, 10 mM Uridine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
解説: The Blu-ice software package was used for data collection. The reference is: McPhillips T.M., McPhillips S.E., Chiu H.J., Cohen A.E., Deacon A.M., Ellis P.J., Garman E., Gonzalez A., Sauter N. ...

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 39% PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.1 M Sodium phosphate monobasic, 10 mM Uridine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91724, 0.97910, 0.91160

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月28日 / 詳細: Mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91724	1
2	0.9791	1
3	0.9116	1

Reflection

冗長度: 3.3 % / Av σ(I) over netI: 8.1 / 数: 104235 / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 1.2 / D res high: 2.27 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31735 / % possible obs: 95.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.89	50	99.9	1	0.071	2.519	3.4
3.88	4.89	100	1	0.065	1.668	3.4
3.39	3.88	100	1	0.079	1.191	3.4
3.08	3.39	100	1	0.113	1.057	3.4
2.86	3.08	100	1	0.169	0.924	3.4
2.69	2.86	100	1	0.223	0.901	3.4
2.56	2.69	96.8	1	0.24	0.853	3.2
2.45	2.56	91.3	1	0.256	0.852	3.1
2.35	2.45	84.5	1	0.295	0.813	3
2.27	2.35	77.8	1	0.3	0.809	3

反射

解像度: 1.44→40 Å / Num. all: 123263 / Num. obs: 123263 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.033 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度: 1.44→1.5 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 9430 / Χ²: 1.03 / % possible all: 73.4

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2

Phasing MAD

D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.23 / 反射: 27846

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	2 wavelength	1	0.9791	6.34	-8.45
1	2 wavelength	2	0.9116	3.3	-1.7

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	1.985	0.729	0.501	0.196	0.48
2	Se	39.559	0.092	0.437	0.471	0.881
3	Se	39.315	0.746	0.54	0.225	0.277
4	Se	18.255	0.773	0.54	0.166	0.788
5	Se	20.304	0.768	0.527	0.39	0.772
6	Se	31.658	0.407	0.603	0.089	0.833
7	Se	10.763	0.864	0.385	0.134	0.52
8	Se	1	0.553	0.543	0.445	0.219
9	Se	5.768	0.616	0.695	0.091	0.506
10	Se	59.701	0.877	0.619	0.108	1.091
11	Se	32.581	0.155	0.549	0.237	0.642
12	Se	33.324	0.067	0.6	0.42	0.723
13	Se	14.588	0.816	0.695	0.409	0.604
14	Se	22.25	0.783	0.579	0.391	0.614
15	Se	1	0.131	0.545	0.294	0.172
16	Se	40.3	0.854	0.679	0.468	0.636
17	Se	1	0.831	0.625	0.056	0.151
18	Se	46.016	0.176	0.58	0.275	0.359
19	Se	1	0.54	0.004	0.062	0.209
20	Se	1.977	0.933	0.133	0.397	0.219
21	Se	40.298	0.545	0.765	0.286	0.579
22	Se	1	0.123	0.733	0.495	0.01

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.32-50	0.46	1488
5.24-8.32	0.44	2591
4.09-5.24	0.39	3328
3.47-4.09	0.3	3896
3.06-3.47	0.21	4155
2.77-3.06	0.14	4321
2.55-2.77	0.11	4208
2.37-2.55	0.08	3859

Phasing dm

FOM : 0.66 / FOM acentric: 0.66 / FOM centric: 0.7 / 反射: 28486 / Reflection acentric: 27669 / Reflection centric: 817

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.5-38.094	0.9	0.91	0.81	1469	1337	132
4.1-6.5	0.88	0.88	0.82	4404	4203	201
3.2-4.1	0.82	0.83	0.73	5458	5282	176
2.8-3.2	0.68	0.68	0.72	5145	5032	113
2.4-2.8	0.51	0.51	0.47	8049	7905	144
2.3-2.4	0.39	0.39	0.41	3961	3910	51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.1	位相決定
RESOLVE	2.1	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.44→35.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.283 / SU ML: 0.044 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	6191	5 %	RANDOM
R_work	0.155	-	-	-
all	0.156	123193	-	-
obs	0.156	123193	94.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.915 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.92 Å²	0 Å²	-0.62 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→35.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4984	0	45	501	5530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.325	1.972	7017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.867	3	8649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.856	5	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.398	23.425	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.651	15	916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.468	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	989
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	439
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.048	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.072	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.227	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.095	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.722	4	3407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.477	4	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.267	6	5287
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.948	6	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.3	10	1718

LS精密化シェル

解像度: 1.44→1.478 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	290	-
R_work	0.268	5846	-
all	-	6136	-
obs	-	9605	63.883 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5867	0.6047	-0.2584	1.1134	-0.1202	0.4108	-0.0751	0.1084	-0.2521	-0.131	-0.0273	0.0893	0.0724	-0.0455	0.1024	-0.014	0.004	-0.0102	-0.0105	-0.0372	0.0166	-4.434	-6.6596	10.8574
2	0.6822	0.432	-0.229	0.6918	0.1624	0.3657	0.0141	0.0306	-0.1278	-0.0426	-0.0395	0.0746	0.0361	-0.0288	0.0254	-0.0296	0.0131	-0.0084	0.0077	-0.0184	-0.0069	-1.2138	-2.394	10.7313
3	4.4763	-1.925	1.2468	7.571	-0.355	6.1868	0.0174	0.4191	0.1542	-0.5543	-0.0844	0.2672	-0.0507	-0.3662	0.0671	0.038	0.0208	-0.0711	0.064	0.0292	-0.0593	-4.7784	5.6912	-6.6783
4	1.6482	0.1607	0.2913	0.7446	0.0673	1.5315	0.0052	0.166	0.1683	-0.1384	-0.0343	0.2108	-0.1307	-0.1689	0.0291	0.0079	0.0337	-0.0327	0.0386	0.0015	0.0259	-5.0947	8.894	8.2537
5	1.3354	0.2332	-0.1296	0.9184	0.1538	0.6569	0.0408	-0.1526	0.1792	0.0223	-0.0754	0.0923	-0.1427	-0.0903	0.0346	0.0011	0.0185	0.005	0.0216	-0.0405	-0.0041	5.7504	13.2721	20.9439
6	2.8445	-0.693	0.7549	1.949	0.6697	1.6294	-0.05	0.074	0.275	-0.1373	-0.0441	0.0824	-0.2917	-0.0285	0.0941	0.034	0.0164	-0.0131	-0.0424	-0.0227	0.0092	11.6708	24.2218	20.9647
7	2.8739	0.5985	-0.1474	1.4181	-0.1159	0.9516	0.0407	-0.3839	0.0717	0.1275	-0.1169	0.3937	-0.0579	-0.2523	0.0762	-0.0456	0.0349	0.0331	0.0672	-0.0767	0.0555	-8.1565	11.6067	24.8451
8	1.6993	-0.1906	0.3266	0.9651	0.1795	0.6898	-0.0228	-0.1957	0.0282	0.1411	-0.0338	0.0432	-0.0005	-0.1386	0.0566	0.0078	0.0009	0.0254	0.019	-0.0224	-0.0428	12.6214	6.9729	30.7767
9	0.708	0.2882	0.5	0.6934	0.1595	0.8849	-0.0155	-0.1453	0.178	0.0441	-0.0789	0.0999	-0.1088	-0.1926	0.0945	-0.0318	0.0369	0.0094	-0.0003	-0.0438	-0.0207	5.0424	14.2799	23.672
10	12.4436	8.0488	0.3683	5.8477	2.0857	5.3307	0.6567	-1.4337	-0.0849	0.9377	-0.5407	-0.1983	-0.2822	-0.5124	-0.1159	0.0355	0.018	-0.005	0.0695	0.0205	0.0362	6.6431	5.1595	39.5171
11	3.7454	0.0916	1.757	2.887	-1.862	5.0859	0.1524	-0.4806	-0.2186	0.1539	-0.1164	0.0604	0.2709	-0.3437	-0.036	-0.0552	-0.0417	0.0315	0.0848	-0.0273	0.0124	-9.6106	0.1791	27.8814
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13	0.6507	-0.2996	0.097	0.9948	-0.0718	0.4725	0.0119	-0.0533	-0.0949	0.0336	-0.0133	0.1298	0.0534	-0.0507	0.0014	-0.0091	-0.0092	0.0134	-0.0217	0.0169	-0.0181	18.8964	-14.5771	24.5608
14	16.686	-3.0795	8.6355	16.9123	3.3374	7.3836	0.1789	-2.3522	-0.6271	1.6447	0.1997	0.6761	0.7907	-1.0418	-0.3786	0.0472	-0.0529	0.038	0.1185	0.0863	-0.1553	26.0607	-6.921	42.7261
15	0.5091	-0.0901	0.1486	0.9082	0.3434	1.1633	0.0368	-0.0649	0.0302	0.1503	0.0293	-0.1401	0.1141	0.1676	-0.0661	-0.0082	-0.0103	0.0027	0.0072	-0.0049	-0.0095	32.2294	-6.632	27.9533
16	0.6794	-0.3241	-0.3132	1.3377	0.0545	0.9251	0.0386	0.0508	0.043	-0.1315	-0.0245	-0.1369	-0.0164	0.0948	-0.0141	0.0194	-0.0011	0.0177	0.0275	0.0105	0.0075	27.3633	1.5418	11.7307
17	2.4576	-0.3854	1.2851	1.1996	-1.2713	4.9405	-0.0883	-0.0633	0.1539	0.0058	-0.0253	-0.1794	-0.4007	0.1584	0.1135	-0.0143	-0.0274	0.0192	-0.0002	0.049	0.0119	34.4075	11.1449	8.2423
18	0.6482	-0.2965	0.0384	1.3754	0.0955	0.4066	0.0236	0.082	-0.0204	-0.1333	-0.0231	-0.1428	0.0316	0.0376	-0.0005	0.0086	0.002	0.0344	0.0026	-0.0016	-0.0096	32.047	-6.0621	9.7072
19	1.1026	-0.4791	0.0467	1.2166	-0.115	0.403	0.0625	0.1638	-0.0678	-0.1928	-0.056	0.0169	0.0754	0.0162	-0.0066	0.0361	0.0153	0.0122	0.0104	-0.0077	-0.0425	19.2983	-3.2185	2.236
20	1.4435	-0.2364	0.0484	1.1103	-0.1132	0.8422	0.0486	0.2229	0.0737	-0.1096	-0.0939	-0.1346	0.0095	0.1021	0.0453	0.0139	0.0065	0.031	0.0207	0.025	-0.0418	25.9552	5.9611	0.891
21	0.8199	-0.2006	0.2286	1.2072	-0.1085	0.8045	0.0194	0.0726	0.0101	-0.1233	-0.0272	0.0151	0.0189	-0.0344	0.0078	0.0135	0.0054	0.0144	0.0072	0.0011	-0.0071	25.132	-3.5951	12.9354
22	2.9099	-0.3794	2.5316	3.3372	-0.8077	4.9366	0.0018	0.1799	-0.0403	-0.5385	0.0241	0.3523	0.1224	-0.2202	-0.026	0.0589	-0.0013	-0.0248	0.0028	-0.0062	-0.0045	22.3793	-16.9336	4.9594

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 63	23 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	64 - 106	72 - 114
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	107 - 118	115 - 126
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	119 - 145	127 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	146 - 174	154 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	175 - 196	183 - 204
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	197 - 227	205 - 235
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	228 - 257	236 - 265
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	258 - 309	266 - 317
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	310 - 319	318 - 327
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	320 - 341	328 - 349
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	15 - 21	23 - 29
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	22 - 105	30 - 113
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	106 - 113	114 - 121
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	114 - 145	122 - 153
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	146 - 175	154 - 183
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	176 - 191	184 - 199
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	192 - 224	200 - 232
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	225 - 253	233 - 261
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	254 - 283	262 - 291
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	284 - 313	292 - 321
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	314 - 341	322 - 349

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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