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Yorodumi- PDB-3bje: Crystal structure of Trypanosoma brucei nucleoside phosphorylase ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bje | |||||||||
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Title | Crystal structure of Trypanosoma brucei nucleoside phosphorylase shows uridine phosphorylase activity | |||||||||
Components | Nucleoside phosphorylase, putativePurine nucleoside phosphorylase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / nucleoside phosphorylase / uridine phosphorylase / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / MSGPP / Trypanosoma / brucei / sleeping sickness / Glycosyltransferase / PSI-2 / Protein Structure Initiative | |||||||||
Function / homology | Function and homology information uridine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / ciliary plasm / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Trypanosoma brucei (eukaryote) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.44 Å | |||||||||
Authors | Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP) | |||||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2010 Title: The Crystal Structure and Activity of a Putative Trypanosomal Nucleoside Phosphorylase Reveal It to be a Homodimeric Uridine Phosphorylase Authors: Larson, E.T. / Mudeppa, D.G. / Gillespie, J.R. / Mueller, N. / Napuli, A.J. / Arif, J.A. / Ross, J. / Arakaki, T.L. / Lauricella, A. / Detitta, G. / Luft, J. / Zucker, F. / Verlinde, C.L. / ...Authors: Larson, E.T. / Mudeppa, D.G. / Gillespie, J.R. / Mueller, N. / Napuli, A.J. / Arif, J.A. / Ross, J. / Arakaki, T.L. / Lauricella, A. / Detitta, G. / Luft, J. / Zucker, F. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Rathod, P.K. / Hol, W.G. / Merritt, E.A. | |||||||||
History |
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Remark 600 | HETEROGEN THE FORMATION OF A COMPLEX WITH URACIL AND RIBOSE-1-PHOSPHATE RESULTS FROM ... HETEROGEN THE FORMATION OF A COMPLEX WITH URACIL AND RIBOSE-1-PHOSPHATE RESULTS FROM COCRYSTALLIZATION WITH URIDINE. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3bje.cif.gz | 154.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3bje.ent.gz | 119.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3bje.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bje | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38004.230 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei (eukaryote) / Strain: GUTat10.1 / Gene: Tb927.8.4430 / Plasmid: BG1861 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q57VZ2, Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases #2: Sugar | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49.05 % Description: The Blu-ice software package was used for data collection. The reference is: McPhillips T.M., McPhillips S.E., Chiu H.J., Cohen A.E., Deacon A.M., Ellis P.J., Garman E., Gonzalez A., ...Description: The Blu-ice software package was used for data collection. The reference is: McPhillips T.M., McPhillips S.E., Chiu H.J., Cohen A.E., Deacon A.M., Ellis P.J., Garman E., Gonzalez A., Sauter N.K., Phizackerley R.P., Soltis S.M., Kuhn P., Blu-Ice and the Distributed Control System: software for data acquisition and instrument control at macromolecular crystallography beamlines. J Synchrotron Radiat. 2002 Nov 1, 9(Pt 6):401-6. Epub 2002 Nov 1. PMID: 12409628. |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 39% PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.1 M Sodium phosphate monobasic, 10 mM Uridine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.91724, 0.97910, 0.91160 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 28, 2007 / Details: Mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 3.3 % / Av σ(I) over netI: 8.1 / Number: 104235 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 1.2 / D res high: 2.27 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31735 / % possible obs: 95.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.44→40 Å / Num. all: 123263 / Num. obs: 123263 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 8.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.44→1.5 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 9430 / Χ2: 1.03 / % possible all: 73.4 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD | D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.23 / Reflection: 27846 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.66 / FOM acentric: 0.66 / FOM centric: 0.7 / Reflection: 28486 / Reflection acentric: 27669 / Reflection centric: 817 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.44→35.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.283 / SU ML: 0.044 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.06 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.915 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.44→35.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.44→1.478 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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