PDB-3bio: Crystal structure of oxidoreductase (Gfo/Idh/MocA family member) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bio

タイトル

Crystal structure of oxidoreductase (Gfo/Idh/MocA family member) from Porphyromonas gingivalis W83

要素

Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / MCSG / PSI-2 / Gfo/Idh/MocA family / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nocek, B. / Mulligan, R. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of oxidoreductase (Gfo/Idh/MocA family member) from Porphyromonas gingivalis W83.
著者: Nocek, B. / Mulligan, R. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bio.cif.gz	133.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bio.ent.gz	113.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bio.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3bio_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bio_full_validation.pdf.gz	467.5 KB	表示
XML形式データ	3bio_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	3bio_validation.cif.gz	40.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/3bio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/3bio	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5gz3-d 3wyc-d 1dap-d 4k87-d 2dap-1 3wyb-d 6q28-4 6q26-1 2zzn-2 3wgy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC80872

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

B: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

ヘテロ分子

67.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

B: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

ヘテロ分子

A: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

B: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

ヘテロ分子

A: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

B: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
202 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.268, 99.268, 356.025
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-5069- HOH
2	1	B-1002- HOH
3	1	B-1167- HOH
4	1	B-1202- HOH

#1: タンパク質	Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family 分子量: 33328.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 株: W83 / 遺伝子: PG_0806 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7MW40
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 45% MPD, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月19日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 68398 / Num. obs: 68398 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 15.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELX		位相決定
Coot		モデル構築
MLPHARE		位相決定
PHENIX		位相決定
REFMAC		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 3.667 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.187	3143	5 %	RANDOM
R_work	0.156	-	-	-
all	0.16	65976	-	-
obs	0.158	62633	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.566 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.34 Å²	-0.67 Å²	0 Å²
2-	-	-1.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4387	0	40	433	4860

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4534
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.459	1.976	6142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.968	3	7545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.065	5	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.284	23.548	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.076	15	783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.536	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	706
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	872
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	805
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	3202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	287
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.058	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.258	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.141	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.039	1.5	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.229	1.5	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.217	2	4666
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.437	3	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.457	4.5	1470

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	229	-
R_work	0.181	4329	-
all	-	4558	-
obs	-	-	99.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0715	1.7197	-0.9485	3.3134	-0.9166	3.5183	-0.023	-0.0284	-0.2321	0.2706	0.0501	-0.3678	0.0734	0.041	-0.0271	0.0519	0.0587	-0.0217	0.0196	0.0367	0.1161	4.7973	17.1088	145.6933
2	1.5379	0.5908	-2.3544	3.3805	-3.1927	7.1478	-0.0594	-0.0682	-0.089	-0.0771	-0.1006	-0.3126	0.1345	0.1555	0.1599	0.0389	0.0238	0.006	0.0301	0.0051	0.1419	8.9012	24.3667	146.8441
3	7.052	-3.2063	-8.7908	4.5896	4.5996	14.0767	0.0957	-0.1233	0.0073	0.1183	0.1188	-0.359	-0.1127	0.2208	-0.2146	0.0163	0.0322	-0.0181	0.0122	0.0234	0.0813	6.6577	15.7324	145.1542
4	8.5691	7.1821	11.9499	44.7738	9.4848	23.3655	-1.4153	1.0077	0.0276	-2.7078	1.0349	-1.2243	-1.759	1.6	0.3804	0.1753	-0.0565	-0.0051	0.161	0.0318	0.1695	15.6282	14.7912	144.4184
5	2.1186	-0.3484	-0.4436	1.7503	1.1875	0.9913	-0.0224	-0.0016	-0.1456	0.071	0.0411	-0.0901	0.0614	0.0195	-0.0187	0.0668	0.0265	0.003	0.026	0.0066	0.0947	4.5079	11.436	140.186
6	5.3923	2.5847	-0.2386	10.0575	-2.2279	3.3303	0.0147	0.3174	-0.1113	-0.6671	-0.1181	-0.2885	0.1593	0.066	0.1035	0.1041	0.0192	0.0303	0.0614	0.0034	0.031	-1.0499	19.3249	129.4614
7	0.4332	-0.1364	0.0568	2.2575	-0.8207	0.7729	-0.0174	0.0489	-0.0679	-0.0582	0.0484	-0.0711	-0.0256	-0.0348	-0.031	0.0816	0.0013	0.0164	0.038	-0.0049	0.0898	-4.2962	19.8706	135.6842
8	1.0524	1.0209	-0.5677	4.6771	-1.1322	1.694	0.0401	0.1422	-0.1123	-0.2594	-0.0361	-0.0191	0.0377	-0.0893	-0.004	0.0927	0.0001	-0.0098	0.0517	-0.0108	0.0535	-12.1446	22.8896	131.0065
9	0.1181	-0.0798	0.0136	0.3989	0.1033	0.0383	0.0013	0.0193	-0.0271	-0.0046	-0.0187	0.0271	0.0144	-0.0112	0.0175	0.0878	-0.008	0.0114	0.0632	0.0037	0.0758	-10.1247	35.2742	139.8168
10	3.9699	-0.8938	-2.7796	1.859	0.0578	4.3436	-0.0873	0.1066	-0.3042	-0.0988	0.0947	0.0463	0.4441	-0.1459	-0.0074	0.1181	0.0128	0.0162	0.0425	-0.0238	0.0478	8.5111	37.0333	126.333
11	2.0875	-0.9045	-1.3079	1.0344	0.3332	1.1248	-0.0453	0.0546	0.0401	-0.0886	0.033	0.0322	0.005	0.0637	0.0123	0.0821	-0.0064	0.009	0.0816	-0.0043	0.0375	6.8364	44.827	127.7422
12	3.2828	-1.7197	-0.2608	0.9154	-0.0103	1.5095	0.0716	0.2578	0.1485	-0.2356	-0.0731	-0.0315	0.0219	0.1532	0.0015	0.1175	0.0148	0.0602	0.1303	0.0078	0.0232	16.5879	43.7118	121.2808
13	14.1696	5.3414	-3.0695	6.0068	-1.3657	2.6125	0.1384	0.7837	-0.0155	-0.4327	-0.2062	0.1374	0.0573	0.0258	0.0678	0.1447	0.0375	0.0267	0.1234	0.009	-0.0686	8.741	44.7919	116.7423
14	4.9064	-1.6645	0.7628	1.9126	0.3449	1.2631	0.1459	0.0987	0.1905	-0.313	-0.1873	-0.1209	0.0771	0.0047	0.0414	0.0795	0.0077	0.0386	0.0808	0.0186	0.002	10.2459	47.2747	124.1136
15	1.7873	0.9062	0.1619	0.5631	-0.0397	0.1579	-0.1418	0.0021	0.0887	-0.0172	0.1148	-0.0774	0.177	-0.0155	0.027	0.0801	0.006	0.0107	0.0711	0.0047	0.0563	10.3071	41.6037	137.5091
16	2.5805	-0.1464	-0.4368	0.5529	0.2017	0.2544	0.0323	-0.0021	0.0279	-0.0333	-0.0401	0.0242	0.0206	-0.0447	0.0078	0.0703	0.0001	0.0007	0.0697	0.0046	0.0647	-17.7673	50.2605	144.029
17	15.1483	-4.8734	1.8789	1.5679	-0.6045	0.233	-0.0561	-0.1336	0.5904	0.0511	-0.0012	-0.2535	0.0511	-0.0601	0.0574	0.0931	0.0138	0.004	0.0529	-0.0072	0.0777	-2.3188	44.2889	146.1302
18	0.3009	0.0986	-0.3321	0.089	-0.2204	0.586	0.0274	-0.0156	-0.0281	-0.0139	-0.0271	-0.0195	0.0234	0.0345	-0.0003	0.0922	0.0081	0.0083	0.051	0.01	0.0769	1.6712	29.1612	145.3717
19	0.8009	-0.2759	0.0006	0.2196	0.1914	1.5042	-0.0533	-0.0368	-0.1485	0.0283	0.0096	0.0554	-0.0793	-0.0658	0.0437	0.0716	-0.0069	0.0167	0.0396	0.0108	0.0969	-11.3351	23.2327	147.1517
20	3.8865	0.6431	0.2219	4.0224	0.6788	1.0228	-0.0282	-0.1418	-0.2023	0.219	-0.049	-0.0731	0.0796	0.1096	0.0771	0.1073	-0.0061	0.0314	0.0724	0.0365	0.0187	-10.545	28.2096	161.4369
21	3.0856	0.5141	-0.8349	2.5461	-0.4237	0.2588	-0.0773	0.0733	0.3323	0.0407	0.2247	0.3023	-0.114	-0.1515	-0.1474	0.0034	0.0347	0.0268	0.1049	0.0397	0.0918	-34.2716	43.4084	151.9934
22	2.3924	1.3458	-1.666	1.5839	-2.4958	4.0982	0.0991	0.1728	0.0707	0.0179	0.2131	0.1148	-0.4093	-0.3701	-0.3122	0	0.0592	0.0254	0.1101	0.0605	0.0979	-36.7306	41.3176	148.2724
23	23.963	-4.0715	-2.0188	5.8338	6.4518	7.4275	1.573	-1.039	0.1955	0.375	0.3671	0.1158	2.6609	0.5584	-1.9401	0.2416	-0.0128	-0.2078	0.3135	0.1472	0.2576	-43.9409	45.8136	157.9741
24	12.4974	1.5903	2.1691	9.6997	4.6965	2.434	-0.3533	-0.7269	-0.5414	0.41	0.1	0.8146	0.3695	-0.424	0.2533	-0.058	0.0632	0.1082	0.1449	0.1266	0.1199	-45.3894	36.4285	158.7509
25	1.5593	0.7838	1.6575	2.0837	0.1461	4.294	-0.0752	-0.2241	-0.0361	0.2533	0.0959	0.2593	-0.275	-0.3114	-0.0207	0.0368	0.0492	0.0848	0.1249	0.0407	0.0461	-33.5329	35.3841	161.4415
26	3.4066	1.9846	1.9711	1.9	0.5382	2.2363	-0.0084	-0.1143	0.021	0.153	0.1285	0.1406	-0.0434	-0.1806	-0.1201	0.0523	0.0254	0.0694	0.0933	0.0311	0.062	-31.9061	31.6301	160.4003
27	0.7284	0.1693	0.3589	2.504	-0.307	1.8444	0.0072	-0.2222	-0.0548	0.353	0.0304	-0.017	0.0431	-0.0065	-0.0376	0.1023	-0.0177	0.0274	0.1094	0.023	0.0138	-19.8092	31.2008	166.3827
28	0.0699	0.0377	0.0374	0.2478	-0.0582	0.0469	-0.0328	-0.0929	-0.0212	0.0959	0.0408	0.0135	0.0187	-0.0176	-0.008	0.1015	-0.007	0.0291	0.0769	0.0167	0.0686	-14.0349	35.7821	157.5398
29	0.5763	-1.3457	0.7374	5.7838	1.0944	3.9466	0.1586	0.079	-0.1941	0.2451	-0.0367	0.2984	0.3167	-0.513	-0.122	0.0584	-0.0096	0.065	0.1254	0.0073	0.0311	-21.4506	53.317	170.177
30	1.6096	-0.6971	-0.528	1.071	0.6824	0.8451	-0.0306	-0.1049	-0.0591	0.1368	-0.0022	-0.0313	-0.0814	-0.0884	0.0328	0.1179	0.0164	0.0182	0.1143	-0.0049	-0.0014	-14.5325	56.164	169.5984
31	2.9518	-1.1602	0.7394	0.5187	-0.6772	2.5693	-0.2207	-0.0886	-0.0733	0.4631	0.1101	-0.0927	-0.3426	-0.2957	0.1106	0.2301	0.073	0.0673	0.1147	-0.0446	-0.0209	-20.3786	63.8881	175.6998
32	5.0787	-3.5126	-1.0147	10.0725	2.6682	2.4605	-0.2898	-0.4719	-0.0156	0.5291	0.1417	0.006	-0.004	0.0376	0.1481	0.167	0.0382	0.0153	0.1334	-0.031	-0.0947	-15.114	58.046	180.1377
33	3.636	-2.1856	0.8241	3.6551	-0.9882	1.145	-0.1138	-0.3248	0.073	0.2104	0.0545	-0.0569	-0.1495	-0.0637	0.0593	0.1395	0.0408	0.0295	0.1034	-0.0338	-0.0554	-13.9643	60.4602	172.8777
34	1.6917	-0.7936	-0.1762	1.9536	0.0734	0.0184	-0.0254	-0.0442	-0.0693	0.1197	0.0194	0.0606	0.0648	-0.0334	0.006	0.0896	0.0216	0.0159	0.1007	-0.0005	0.005	-16.3428	54.8008	158.8087
35	1.5578	-0.552	0.0023	0.1976	-0.046	0.998	-0.0428	0.0225	-0.0144	0.1244	0.0462	-0.0446	0.0878	0.0067	-0.0034	0.1049	0.0055	0.0102	0.0507	0.0138	0.0663	6.361	35.2444	153.3379
36	10.071	-0.7132	0.8253	4.3915	-0.6111	1.7908	0.1036	-0.0131	-0.0133	-0.0543	-0.0033	-0.1226	0.1261	-0.017	-0.1002	0.0824	0	-0.0079	0.0424	0.014	0.0259	3.797	41.0616	150.6537
37	9.4381	-5.792	2.2262	4.0931	-0.6016	1.6105	0.0177	-0.053	0.1982	-0.0696	-0.1266	-0.1298	0.0309	0.0168	0.1089	0.0584	-0.0015	0.0137	0.0878	-0.0053	0.0471	-12.0533	49.2432	151.2209
38	0.9366	0.6233	0.1602	1.8181	0.5151	0.1463	-0.0595	-0.0567	0.0008	0.0486	0.0309	0.1575	0.0115	-0.0046	0.0285	0.0819	-0.0011	0.0226	0.073	0.0049	0.0683	-25.2172	41.5608	151.3778
39	0.8663	0.2398	0.1883	0.7403	-0.456	1.2084	-0.0578	0.0331	-0.1227	0.0179	0.03	0.0561	0.0035	0.0534	0.0278	0.0732	-0.0071	0.0283	0.0458	0.0087	0.0854	-21.8198	28.7406	150.2577
40	2.4719	-0.5635	-1.5649	1.4841	-0.2886	1.7729	-0.0323	0.2026	-0.1045	-0.1227	-0.0003	0.0392	-0.0873	-0.182	0.0326	0.0828	0.0057	-0.0089	0.0732	-0.0021	0.0559	-19.3713	33.0309	135.8148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 16	8 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	17 - 28	20 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	29 - 39	32 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	47 - 52	50 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	53 - 70	56 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	71 - 81	74 - 84
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	82 - 96	85 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	97 - 109	100 - 112
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	110 - 151	113 - 154
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	152 - 162	155 - 165
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	163 - 182	166 - 185
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	183 - 194	186 - 197
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	195 - 207	198 - 210
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	208 - 220	211 - 223
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	221 - 232	224 - 235
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	233 - 247	236 - 250
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	248 - 252	251 - 255
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	253 - 268	256 - 271
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	269 - 291	272 - 294
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	292 - 301	295 - 304
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	5 - 24	8 - 27
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	25 - 38	28 - 41
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	39 - 52	42 - 55
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	53 - 60	56 - 63
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	B	61 - 80	64 - 83
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	81 - 94	84 - 97
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	B	95 - 105	98 - 108
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	B	106 - 151	109 - 154
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	B	152 - 161	155 - 164
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	B	162 - 182	165 - 185
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	B	183 - 194	186 - 197
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	B	195 - 207	198 - 210
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	B	208 - 220	211 - 223
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	B	221 - 234	224 - 237
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	B	235 - 243	238 - 246
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	B	244 - 248	247 - 251
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	B	249 - 253	252 - 256
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	B	254 - 270	257 - 273
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	B	271 - 289	274 - 292
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	B	290 - 301	293 - 304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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