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Yorodumi- PDB-3bio: Crystal structure of oxidoreductase (Gfo/Idh/MocA family member) ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bio | ||||||
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Title | Crystal structure of oxidoreductase (Gfo/Idh/MocA family member) from Porphyromonas gingivalis W83 | ||||||
Components | Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / structural genomics / MCSG / PSI-2 / Gfo/Idh/MocA family / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Porphyromonas gingivalis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Mulligan, R. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of oxidoreductase (Gfo/Idh/MocA family member) from Porphyromonas gingivalis W83. Authors: Nocek, B. / Mulligan, R. / Moy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3bio.cif.gz | 133.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3bio.ent.gz | 113.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3bio.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3bio_validation.pdf.gz | 465.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3bio_full_validation.pdf.gz | 467.5 KB | Display | |
Data in XML | 3bio_validation.xml.gz | 27.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3bio_validation.cif.gz | 40.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/3bio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/3bio | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33328.402 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Porphyromonas gingivalis (bacteria) / Strain: W83 / Gene: PG_0806 / Plasmid: pMCSG7 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q7MW40 #2: Chemical | ChemComp-ACT / | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M Ammonium acetate, 45% MPD, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 19, 2007 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→30 Å / Num. all: 68398 / Num. obs: 68398 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 24 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.667 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.099 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.566 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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