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- PDB-3bi7: Crystal structure of the SRA domain of E3 ubiquitin-protein ligas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bi7
タイトルCrystal structure of the SRA domain of E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
要素E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
キーワードLIGASE / Cell cycle / DNA damage / DNA repair / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphorylation / Polymorphism / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway / Zinc / Zinc-finger / Structural Genomics Consortium / SGC / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


H3K9me3 modified histone binding / histone H3 ubiquitin ligase activity / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / DNA damage sensor activity / hemi-methylated DNA-binding / regulation of epithelial cell proliferation / homologous recombination / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / mitotic spindle assembly ...H3K9me3 modified histone binding / histone H3 ubiquitin ligase activity / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / DNA damage sensor activity / hemi-methylated DNA-binding / regulation of epithelial cell proliferation / homologous recombination / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / mitotic spindle assembly / protein autoubiquitination / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / heterochromatin / methylated histone binding / positive regulation of protein metabolic process / epigenetic regulation of gene expression / DNA methylation / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / replication fork / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / euchromatin / heterochromatin formation / nuclear matrix / spindle / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / histone binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleic acid binding / protein ubiquitination / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SRA-YDG / PUA domain-like / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. ...SRA-YDG / PUA domain-like / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Li, Y. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural basis for recognition of hemi-methylated DNA by the SRA domain of human UHRF1.
著者: Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Li, Y. / Duan, S. / Bronner, C. / Arrowsmith, C.H. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2007年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2557
ポリマ－23,9101
非ポリマー3446
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.975, 65.975, 96.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / Ubiquitin-like-containing PHD and ...Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 1 / Inverted CCAAT box-binding protein of 90 kDa / Transcription factor ICBP90 / Nuclear zinc finger protein Np95 / Nuclear protein 95 / HuNp95 / RING finger protein 106


分子量: 23910.240 Da / 分子数: 1 / 断片: SRA Domain: Residues 414-617 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UHRF1, ICBP90, NP95, RNF106 / プラスミド: pNIC-CH / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96T88, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1:1 ratio of protein (34 mg/ml) solution and well solution consisting of 1.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M NaCl, 1 mM TCEP. Crystals cryoprotected by immersion in the well ...詳細: 1:1 ratio of protein (34 mg/ml) solution and well solution consisting of 1.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M NaCl, 1 mM TCEP. Crystals cryoprotected by immersion in the well solution mixed in 1:1 ratio with a water solution containing 20% (w/v) Sucrose, 4% (w/v) Glucose, 18% (v/v) Glycerol and 18% (v/v) Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97943 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月20日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 27377 / Num. obs: 27377 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Rsym value: 0.153 / Net I/σ(I): 24.15
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2670 / Rsym value: 0.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→32.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.287 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19658 1369 5.1 %RANDOM
Rwork0.15851 ---
obs0.16043 25677 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20.38 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1547 0 28 210 1785
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.9422190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1495201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.95823.16579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.32615238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6451513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21100
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1190.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0551.51005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47121573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2073707
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2654.5617
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 93 -
Rwork0.207 1868 -
obs--98.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2406-2.16070.358410.16970.71562.8855-0.0031-0.05920.23330.3106-0.0496-0.5498-0.21410.49090.05260.001-0.0627-0.02450.08910.00560.05269.485245.761810.7113
22.06890.3008-1.48431.4434-2.03053.4175-0.04220.0097-0.05770.068-0.07180.04160.24590.04630.11390.0479-0.0151-0.00360.06610.00860.04531.783933.466914.8822
38.25070.465-1.75162.9351-0.37257.25640.0964-0.0595-0.26320.0348-0.1539-0.0861-0.28030.34640.05740.0386-0.0437-0.01730.08680.0150.0494.408641.517617.182
43.27820.5194-1.39742.9515-1.72041.3788-0.012-0.33680.03330.3188-0.1486-0.2359-0.42420.0580.16060.1367-0.0595-0.02770.0563-0.0250.0226-0.015950.969415.9232
510.04763.5930.63378.4827-1.60691.96220.085-0.40760.51540.2441-0.01810.9801-0.1111-0.4044-0.06690.0044-0.0110.04120.057-0.02890.0921-9.62642.877411.2704
64.32030.1959-0.64987.70461.71467.66690.0576-0.06710.17920.1872-0.15040.6005-0.07-0.38150.09280.0415-0.03240.02380.0472-0.00390.0975-12.348442.89162.9448
712.22282.81613.30238.1984-0.54263.1302-0.0663-0.82010.7010.6793-0.07180.6893-0.1747-0.41120.13810.1156-0.00130.12860.021-0.06190.0346-12.871456.842215.2162
80.80080.586-1.81852.7181-2.50465.67780.0731-0.0610.18230.13450.00260.0989-0.25440.036-0.07570.0864-0.04460.00170.0056-0.00930.0697-3.153657.80796.2185
97.1148-1.0117-4.48756.77315.452813.33770.21070.24340.3348-0.1681-0.33410.5929-0.7616-0.47880.12340.1304-0.0060.00430.00080.02960.1468-9.404861.81261.7452
101.04311.0795-0.46132.48-0.6721.49860.012-0.04160.0401-0.0006-0.00840.0824-0.0216-0.0837-0.00360.0813-0.02740.00510.0783-0.00510.0951-4.577342.88185.7116
113.24351.01522.64916.2048-2.10019.32390.0738-0.01160.0897-0.0485-0.06750.07680.2133-0.172-0.00630.0804-0.0419-0.00760.042-0.01470.0648-9.840531.91665.9904
120.5961-0.77360.50271.0099-0.74281.81980.0293-0.04410.09150.0031-0.0932-0.0180.01170.07470.06390.0666-0.0370.00020.04750.00570.0715-1.050941.3564.764
1311.3456-0.2768-0.29866.5559-3.39372.401-0.1380.51320.1901-0.04490.18840.4549-0.0881-0.3149-0.05030.0476-0.01490.01710.0197-0.00190.0995-12.696455.9492.8098
1418.67326.7978-16.207711.6614-11.016162.9010.0824-0.16760.33521.0866-0.16350.92891.1327-2.85350.08110.0765-0.14820.20340.1395-0.06530.2135-23.718653.172611.5054
154.4907-3.9983-4.38824.59261.50729.8643-0.17560.4196-0.05120.4164-0.06640.51440.1948-0.49410.2420.0612-0.03630.0730.0214-0.02590.1118-14.633654.31758.2943
162.1781-2.0877-0.42893.93290.49081.00240.03190.0810.021-0.1494-0.094-0.09470.07420.13480.06210.0746-0.02410.00810.0694-0.00280.05040.006538.398-2.4431
179.507-3.6229-0.696514.91981.868515.6251-0.04560.23970.1956-0.3541-0.0312-0.22110.83010.07140.07680.05450.0550.01520.0160.00120.03775.369927.1426-0.7493
1811.89152.2628-12.18125.0766-2.896229.5856-0.3244-0.1798-0.1710.0873-0.0454-0.19871.04831.07950.36980.09190.0634-0.03450.01650.01210.01417.266725.9296.9147
193.0852.9869-1.64649.8277-7.709915.84520.0424-0.0095-0.2726-0.2922-0.2522-0.10860.83640.70770.20980.070.06870.00710.05430.01650.04523.419423.31522.4749
2024.692222.4887-19.166124.5428-7.131541.1245-0.6053-0.0536-0.6604-0.4796-0.5682-0.28191.934-0.54071.17350.16050.020.0452-0.05730.01230.0525-2.727616.521328.3319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA414 - 4242 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2AA425 - 43713 - 25
3X-RAY DIFFRACTION3AA438 - 44426 - 32
4X-RAY DIFFRACTION4AA445 - 45833 - 46
5X-RAY DIFFRACTION5AA459 - 46647 - 54
6X-RAY DIFFRACTION6AA467 - 47855 - 66
7X-RAY DIFFRACTION7AA479 - 50467 - 92
8X-RAY DIFFRACTION8AA505 - 51593 - 103
9X-RAY DIFFRACTION9AA516 - 525104 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10AA526 - 543114 - 131
11X-RAY DIFFRACTION11AA544 - 551132 - 139
12X-RAY DIFFRACTION12AA552 - 562140 - 150
13X-RAY DIFFRACTION13AA563 - 566151 - 154
14X-RAY DIFFRACTION14AA567 - 573155 - 161
15X-RAY DIFFRACTION15AA574 - 578162 - 166
16X-RAY DIFFRACTION16AA579 - 593167 - 181
17X-RAY DIFFRACTION17AA594 - 599182 - 187
18X-RAY DIFFRACTION18AA600 - 605188 - 193
19X-RAY DIFFRACTION19AA606 - 613194 - 201
20X-RAY DIFFRACTION20AA614 - 619202 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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