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- PDB-3bgm: Crystal Structure of PKD2 Phosphopeptide Bound to Human Class I M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bgm
タイトルCrystal Structure of PKD2 Phosphopeptide Bound to Human Class I MHC HLA-A2
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • nonameric peptide from Serine/threonine-protein kinase D2
キーワードIMMUNE SYSTEM / PHOSPHOSERINE / PHOSPHOPEPTIDE / MHC / HLA-A2 / ANCHOR RESIDUE / TUMOR ANTIGEN / GLYCOPROTEIN / HOST-VIRUS INTERACTION / IMMUNE RESPONSE / MHC I / POLYMORPHISM / TRANSMEMBRANE / UBL CONJUGATION / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / KINASE / PHOSPHOPROTEIN / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase C / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / endothelial tube morphogenesis / sphingolipid biosynthetic process / regulation of T cell apoptotic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of memory T cell activation ...protein kinase C / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / endothelial tube morphogenesis / sphingolipid biosynthetic process / regulation of T cell apoptotic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / beta-2-microglobulin binding / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / positive regulation of interleukin-8 production / cellular response to iron ion / peptidyl-threonine phosphorylation / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein kinase C binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / positive regulation of angiogenesis / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C mu-related / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / PH domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Protein kinase C mu-related / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / PH domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / PH-like domain superfamily / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Serine/threonine-protein kinase D2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mohammed, F. / Cobbold, M. / Zarling, A.L. / Salim, M. / Barrett-Wilt, G.A. / Shabanowitz, J. / Hunt, D.F. / Engelhard, V.H. / Willcox, B.E.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2008
タイトル: Phosphorylation-dependent interaction between antigenic peptides and MHC class I: a molecular basis for the presentation of transformed self
著者: Mohammed, F. / Cobbold, M. / Zarling, A.L. / Salim, M. / Barrett-Wilt, G.A. / Shabanowitz, J. / Hunt, D.F. / Engelhard, V.H. / Willcox, B.E.
履歴
登録2007年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: nonameric peptide from Serine/threonine-protein kinase D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8947
ポリマ－44,6463
非ポリマー2484
水7,206400
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.800, 54.800, 75.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31725.088 Da / 分子数: 1 / 断片: Alpha-1, Alpha-2, Alpha-3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド nonameric peptide from Serine/threonine-protein kinase D2 / nPKC-D2


分子量: 1041.074 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 526-534 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Commercial Synthesis / 参照: UniProt: Q9BZL6
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: SATURN / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 59358 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 26.066 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 29.95
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.6-1.70.4413.132714835581.7
1.7-1.80.2885.636527767695
1.8-1.90.1839.132496637398.4
1.9-20.11814.227856517999.7
2-2.10.08219.924479432399.8
2.1-2.40.05827.6527909003100
2.4-2.70.04239.235752545299.9
2.7-30.03454.428567348599.9
3-40.02481.3611225469100
4-50.0298.323917197699.7
5-60.02197.11035086399.8
6-100.02196.911264957100
100.02297.7260124785.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→19.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.745 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 3001 5.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.203 59357 96.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.446 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3157 0 16 400 3573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3081.9244383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7555380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.84823.023172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.89815.029514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8911529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.21301
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.22158
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1210.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9161.51975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38623075
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22431483
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2864.51308
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 175 -
Rwork0.282 3206 -
all-3381 -
obs--74.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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