PDB-3bg7: Pyranose 2-oxidase from Trametes multicolor, L537G mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bg7

タイトル

Pyranose 2-oxidase from Trametes multicolor, L537G mutant

要素

Pyranose oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / L537G MUTANT / ROSSMANFOLD / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / 8-ALPHA-(N3) HISTIDYL FLAVINYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes multicolor (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Norberg, P. / Tan, T.C. / Divne, C.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Improving thermostability and catalytic activity of pyranose 2-oxidase from Trametes multicolor by rational and semi-rational design
著者: Spadiut, O. / Leitner, C. / Salaheddin, C. / Varga, B. / Vertessy, B.G. / Tan, T.C. / Divne, C. / Haltrich, D.

履歴

登録	2007年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3bg7.ent.gz	779 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3bg7_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/3bg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/3bg7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3bg6C 3blyC 2igoS 1tt0 2igk 2igm 2ign S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2igk-2 2f6c-1 3k4c-d 3k4m-2 2igo-2 3bg6-2 2ign-2 3lsk-d 4mop-d 4mog-1 3k4b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose oxidase

B: Pyranose oxidase

C: Pyranose oxidase

D: Pyranose oxidase

E: Pyranose oxidase

F: Pyranose oxidase

G: Pyranose oxidase

H: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

561 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose oxidase

B: Pyranose oxidase

C: Pyranose oxidase

D: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
281 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Pyranose oxidase

F: Pyranose oxidase

G: Pyranose oxidase

H: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
281 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	168.540, 103.180, 169.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pyranose oxidase / Pyranose 2-oxidase 分子量: 69357.688 Da / 分子数: 8 / 変異: L537G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes multicolor (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(d+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1857 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 12-14(w/v)% monomethylether PEG 2000, 0.1M Mes, 50mM MgCl2, 25% glycerol, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.042 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月26日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: BENT GERMANIUM CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING MIRRORS プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.042 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 321136 / Num. obs: 321136 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 39548 / R_sym value: 0.262 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2IGO

2igo

解像度: 2.1→29.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 8.44 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20395	3262	1 %	RANDOM
R_work	0.15597	-	-	-
all	0.15645	317871	-	-
obs	0.15645	317871	99.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.659 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	36360	0	424	1857	38641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	37757
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	25365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.863	1.96	51361
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.006	3	61783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.09	5	4606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.718	24.489	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.768	15	6062
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.923	15	216
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.14	0.2	5583
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	41993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	7437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	26846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	18565
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	19300
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.263	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.146	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.19	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.146	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.267	1.5	23648
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.313	1.5	9239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.965	2	37481
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.013	3	16057
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.507	4.5	13880

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.213 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	433	-
R_work	0.205	44021	-
obs	-	-	94.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6484	-0.9325	-0.2721	1.862	0.4671	2.6461	-0.1616	-0.1395	-0.135	0.1193	0.0598	0.1999	0.0885	-0.1718	0.1018	-0.0727	0.0324	0.0092	-0.073	-0.0232	-0.0466	-17.766	17.734	105.409
2	1.06	-0.6999	-0.0219	1.7004	-0.3496	1.0822	0.0606	-0.0199	-0.0079	-0.0559	-0.032	0.2408	-0.0106	-0.0957	-0.0286	-0.0982	0.0208	-0.03	-0.1038	-0.0425	-0.0531	-17.226	21.459	96.123
3	1.9026	-0.2077	-0.3837	0.7072	0.1547	0.6159	-0.088	-0.0571	0.1441	0.0874	0.0681	-0.0281	-0.0898	-0.0239	0.0199	-0.0449	0.0536	-0.0176	-0.0962	-0.0577	-0.0378	-9.082	30.78	103.794
4	1.5761	-0.3595	0.2665	0.5439	-0.0751	0.6525	-0.0432	-0.1369	0.0649	0.1366	0.0975	-0.0563	0.0092	0.0286	-0.0543	-0.03	0.0433	-0.0275	-0.0683	-0.0638	-0.1107	8.234	17.766	112.032
5	0.6074	-0.1782	0.2182	1.0107	0.0246	0.4238	-0.0178	-0.0222	0.0601	0.1593	0.0518	-0.1917	0.0386	0.0487	-0.034	-0.0533	0.0396	-0.0245	-0.085	-0.0701	-0.0831	17.614	10.355	102.52
6	0.1692	0.2885	-0.4464	1.7359	-0.1626	1.4663	-0.0374	0.1397	-0.0671	0.1008	0.0367	-0.0674	0.0122	0.1108	0.0007	-0.0232	0.0412	-0.0252	-0.057	-0.0295	-0.0295	-0.076	0.244	102.616
7	0.5113	-0.2416	-0.303	0.9219	0.8717	0.8366	-0.0174	-0.0164	0.04	-0.0835	0.0581	-0.0253	0.0412	0.0393	-0.0407	-0.0039	-0.008	0.0065	-0.0775	-0.0056	-0.0433	2.463	11.46	73.874
8	2.8122	0.6488	0.888	1.2847	-0.1798	1.6848	0.0121	-0.1434	0.1834	0.2023	0.1083	0.212	0.1697	-0.1077	-0.1204	-0.0121	-0.0055	0.0388	-0.0727	0.0306	-0.0992	-14.167	-20.601	108.069
9	0.8381	-0.3242	0.1956	1.7402	-0.7069	0.56	-0.0269	-0.1076	-0.0193	0.2537	0.0137	-0.0275	-0.0006	-0.0667	0.0133	0.0315	-0.0132	-0.0037	-0.0903	0.0174	-0.1502	-4.808	-23.863	109.824
10	0.7471	-0.124	-0.2429	1.1411	0.1157	1.2105	0.0051	-0.024	-0.1201	0.0131	0.0559	0.0638	0.2359	-0.0666	-0.061	0.0227	-0.0478	-0.0151	-0.1096	0.0375	-0.088	-9.664	-33.105	99.61
11	0.9534	-0.1339	0.0398	0.4466	-0.1568	1.2994	-0.0431	0.0422	-0.0778	-0.0272	0.0922	0.1229	0.0522	-0.1635	-0.0491	-0.0363	-0.0598	-0.0362	-0.1061	0.0158	-0.0753	-13.729	-19.676	81.24
12	0.5673	-0.1068	0.0405	0.6377	-0.6008	0.9737	-0.0085	0.0826	0.0779	-0.0131	0.074	0.0465	0.0419	-0.0668	-0.0655	-0.0485	-0.028	-0.0162	-0.1073	0.0046	-0.0719	-2.54	-11.457	74.945
13	3.1035	-0.5386	0.2986	2.1683	0.1302	0.0447	0.0529	0.0278	0.1641	-0.0955	-0.0599	0.1136	-0.0823	0.1636	0.007	0.0012	-0.0029	-0.0228	-0.0949	-0.0027	-0.0596	-7.83	-2.157	92.395
14	1.4206	1.3438	0.0956	1.3768	-0.0487	0.1895	-0.0456	-0.0796	0.0398	-0.0284	0.0934	-0.1744	0.1039	0.01	-0.0478	-0.0278	0.0383	-0.0188	-0.07	-0.046	-0.0374	21.02	-12.177	96.986
15	1.7542	0.0633	0.2594	1.9046	-0.6684	1.1095	-0.0452	0.3396	0.1304	-0.2977	-0.0927	-0.1457	0.1666	0.3992	0.1378	-0.1712	0.1085	0.0562	0.1118	-0.0217	-0.0552	64.08	-1.404	69.38
16	1.5446	-0.0264	0.6533	0.9516	-0.5034	1.0899	0.0904	0.1583	-0.1587	-0.1289	-0.0392	-0.2	0.2568	0.347	-0.0512	-0.1476	0.1236	0.016	0.0161	-0.073	-0.04	61.316	-8.88	75.551
17	2.541	-0.6018	-0.3711	1.205	0.1704	1.5136	0.0007	-0.0279	0.15	0.1001	-0.0392	-0.252	0.0962	0.2861	0.0385	-0.1947	0.0571	-0.0387	0.0275	-0.037	-0.0082	65.27	1.751	84.797
18	1.4246	-0.4738	-0.1579	1.4843	-0.1488	1.0089	0.0079	-0.0057	0.2995	-0.0359	-0.069	-0.2293	-0.1015	0.2268	0.0611	-0.17	-0.0495	-0.0145	-0.0481	-0.0238	-0.0023	50.527	19.047	80.318
19	0.6846	-0.2247	0.2111	0.7933	-0.2176	0.5998	-0.0697	0.0275	0.1708	-0.0031	0.0591	-0.0405	-0.0581	0.0976	0.0106	-0.1278	-0.0184	-0.0266	-0.064	-0.0335	-0.0276	35.476	17.053	81.867
20	1.8112	0.4111	1.137	0.4489	-0.5714	2.6485	-0.0555	0.1008	0.0689	-0.0143	-0.051	0.0231	0.0121	-0.0443	0.1066	-0.0709	0.0252	0.0079	0.0049	-0.0319	-0.0254	41.136	7.298	64.754
21	1.946	0.8225	0.5132	0.4862	-0.0304	0.7223	-0.0025	-0.0582	-0.0045	0.041	0.0442	-0.01	0.1489	0.0247	-0.0417	-0.0505	0.0506	-0.0067	-0.0495	-0.0333	-0.0636	32.007	-14.998	84.126
22	0.8552	-0.6049	-0.3851	1.6485	-0.2913	3.1549	-0.0557	0.1233	0.0824	-0.1493	0.0577	-0.1939	0.1427	0.4469	-0.002	-0.0686	-0.0206	0.0826	0.0408	0.0182	-0.1325	40.8	4.15	39.147
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精密化 TLSグループ

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2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	254 - 353	254 - 353
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	552 - 618	552 - 618
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	159 - 253	159 - 253
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	354 - 551	354 - 551
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	80 - 110	80 - 110
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	111 - 158	111 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	44 - 79	44 - 79
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	254 - 353	254 - 353
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	552 - 618	552 - 618
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	159 - 253	159 - 253
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	354 - 551	354 - 551
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	80 - 110	80 - 110
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	111 - 158	111 - 158
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	C	44 - 79	44 - 79
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	C	254 - 353	254 - 353
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	C	552 - 618	552 - 618
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	C	159 - 253	159 - 253
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	C	354 - 551	354 - 551
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	C	80 - 110	80 - 110
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	C	111 - 158	111 - 158
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	D	44 - 79	44 - 79
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	D	254 - 353	254 - 353
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	D	552 - 618	552 - 618
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	D	159 - 253	159 - 253
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	D	354 - 551	354 - 551
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	D	80 - 110	80 - 110
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	D	111 - 158	111 - 158
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	E	44 - 79	44 - 79
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	E	254 - 353	254 - 353
31	X-RAY DIFFRACTION	31	E	E	552 - 618	552 - 618
32	X-RAY DIFFRACTION	32	E	E	159 - 253	159 - 253
33	X-RAY DIFFRACTION	33	E	E	354 - 551	354 - 551
34	X-RAY DIFFRACTION	34	E	E	80 - 110	80 - 110
35	X-RAY DIFFRACTION	35	E	E	111 - 158	111 - 158
36	X-RAY DIFFRACTION	36	F	F	44 - 79	44 - 79
37	X-RAY DIFFRACTION	37	F	F	254 - 353	254 - 353
38	X-RAY DIFFRACTION	38	F	F	552 - 618	552 - 618
39	X-RAY DIFFRACTION	39	F	F	159 - 253	159 - 253
40	X-RAY DIFFRACTION	40	F	F	354 - 551	354 - 551
41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	F	80 - 110	80 - 110
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	F	111 - 158	111 - 158
43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	G	44 - 79	44 - 79
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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