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- PDB-3bfj: Crystal structure analysis of 1,3-propanediol oxidoreductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bfj
タイトルCrystal structure analysis of 1,3-propanediol oxidoreductase
要素1,3-propanediol oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / OPPORTUNISTIC PATHOGENS / DECAMER / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL PROTEOMICS IN EUROPE / SPINE
機能・相同性
機能・相同性情報


1,3-propanediol dehydrogenase / 1,3-propanediol dehydrogenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle ...Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1,3-propanediol oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Marcal, D. / Enguita, F.J. / Carrondo, M.A. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / : 2009
タイトル: 1,3-propanediol dehydrogenase from Klebsiella pneumoniae: decameric quaternary structure and possible subunit cooperativity
著者: Marcal, D. / Rego, A.T. / Carrondo, M.A. / Enguita, F.J.
履歴
登録2007年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 1,3-propanediol oxidoreductase
B: 1,3-propanediol oxidoreductase
C: 1,3-propanediol oxidoreductase
D: 1,3-propanediol oxidoreductase
E: 1,3-propanediol oxidoreductase
F: 1,3-propanediol oxidoreductase
G: 1,3-propanediol oxidoreductase
H: 1,3-propanediol oxidoreductase
I: 1,3-propanediol oxidoreductase
J: 1,3-propanediol oxidoreductase
K: 1,3-propanediol oxidoreductase
L: 1,3-propanediol oxidoreductase
M: 1,3-propanediol oxidoreductase
N: 1,3-propanediol oxidoreductase
O: 1,3-propanediol oxidoreductase
P: 1,3-propanediol oxidoreductase
Q: 1,3-propanediol oxidoreductase
R: 1,3-propanediol oxidoreductase
S: 1,3-propanediol oxidoreductase
T: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)832,88840
ポリマ-831,77220
非ポリマー1,11720
16,358908
1
A: 1,3-propanediol oxidoreductase
B: 1,3-propanediol oxidoreductase
C: 1,3-propanediol oxidoreductase
D: 1,3-propanediol oxidoreductase
F: 1,3-propanediol oxidoreductase
J: 1,3-propanediol oxidoreductase
N: 1,3-propanediol oxidoreductase
O: 1,3-propanediol oxidoreductase
P: 1,3-propanediol oxidoreductase
Q: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)416,44420
ポリマ-415,88610
非ポリマー55810
18010
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 1,3-propanediol oxidoreductase
G: 1,3-propanediol oxidoreductase
H: 1,3-propanediol oxidoreductase
I: 1,3-propanediol oxidoreductase
K: 1,3-propanediol oxidoreductase
L: 1,3-propanediol oxidoreductase
M: 1,3-propanediol oxidoreductase
R: 1,3-propanediol oxidoreductase
S: 1,3-propanediol oxidoreductase
T: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)416,44420
ポリマ-415,88610
非ポリマー55810
18010
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
H: 1,3-propanediol oxidoreductase
K: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2894
ポリマ-83,1772
非ポリマー1122
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
手法PISA
4
J: 1,3-propanediol oxidoreductase
N: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2894
ポリマ-83,1772
非ポリマー1122
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
手法PISA
5
P: 1,3-propanediol oxidoreductase
Q: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2894
ポリマ-83,1772
非ポリマー1122
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
手法PISA
6
B: 1,3-propanediol oxidoreductase
O: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2894
ポリマ-83,1772
非ポリマー1122
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
手法PISA
7
L: 1,3-propanediol oxidoreductase
M: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2894
ポリマ-83,1772
非ポリマー1122
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
手法PISA
8
G: 1,3-propanediol oxidoreductase
R: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2894
ポリマ-83,1772
非ポリマー1122
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
手法PISA
9
E: 1,3-propanediol oxidoreductase
I: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2894
ポリマ-83,1772
非ポリマー1122
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
手法PISA
10
A: 1,3-propanediol oxidoreductase
D: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2894
ポリマ-83,1772
非ポリマー1122
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
手法PISA
11
C: 1,3-propanediol oxidoreductase
F: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2894
ポリマ-83,1772
非ポリマー1122
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
手法PISA
12
S: 1,3-propanediol oxidoreductase
T: 1,3-propanediol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2894
ポリマ-83,1772
非ポリマー1122
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.937, 226.611, 232.627
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O
161P
171Q
181R
191S
201T

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 20 - 380 / Label seq-ID: 20 - 380

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ
11KK
12LL
13MM
14NN
15OO
16PP
17QQ
18RR
19SS
20TT

-
要素

#1: タンパク質
1,3-propanediol oxidoreductase


分子量: 41588.578 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / : CLINICAL ISOLATE / 遺伝子: dhaT / プラスミド: PET-YSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7WRJ3, 1,3-propanediol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / : Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 908 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 20K, 0.1 M MES, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→20 Å / Num. all: 265874 / Num. obs: 253221 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.341 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 26.767 / SU ML: 0.271 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.623 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25094 12840 5.1 %RANDOM
Rwork0.2029 ---
obs0.20534 240381 97.74 %-
all-253221 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.835 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.342 Å1.623 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数57420 0 20 908 58348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02258440
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.96379380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.29257600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.59924.42500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.369159460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.35315360
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.29200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0244320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.229465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.240161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.21800
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1420.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.241.538926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.407260540
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.692321654
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1644.518840
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / : 2675 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.325
2Bloose positional0.275
3Cloose positional0.385
4Dloose positional0.355
5Eloose positional0.345
6Floose positional0.375
7Gloose positional0.385
8Hloose positional0.45
9Iloose positional0.325
10Jloose positional0.335
11Kloose positional0.315
12Lloose positional0.375
13Mloose positional0.335
14Nloose positional0.375
15Oloose positional0.395
16Ploose positional0.355
17Qloose positional0.335
18Rloose positional0.375
19Sloose positional0.645
20Tloose positional0.475
1Aloose thermal0.710
2Bloose thermal0.8510
3Cloose thermal0.7910
4Dloose thermal0.8310
5Eloose thermal1.0710
6Floose thermal0.910
7Gloose thermal0.7110
8Hloose thermal0.9910
9Iloose thermal0.9310
10Jloose thermal0.8110
11Kloose thermal1.0510
12Lloose thermal0.8810
13Mloose thermal0.9810
14Nloose thermal0.7610
15Oloose thermal0.9210
16Ploose thermal1.0510
17Qloose thermal0.8210
18Rloose thermal0.9110
19Sloose thermal1.0310
20Tloose thermal0.9910
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 880 -
Rwork0.294 16740 -
obs--93.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93260.27240.4272.286-0.4233.01290.2661-0.4867-0.05570.464-0.1507-0.56440.10770.5071-0.11540.0141-0.1698-0.13250.1819-0.0332-0.082761.0214-14.873387.6555
21.22220.82410.02472.84150.68992.72350.1667-0.0153-0.0980.1681-0.088-0.54330.16060.5039-0.0787-0.2493-0.0343-0.08850.01990.0122-0.116262.1837-15.363561.5815
32.7246-0.6673-0.24133.90190.1083.0468-0.0225-0.2461-0.5041-0.13780.0646-0.24150.77710.5158-0.04210.13290.0999-0.0424-0.11210.1248-0.042445.8569-56.431441.2375
41.17150.3822-0.01142.161-0.6343.32180.05470.0061-0.052-0.1931-0.062-0.33370.39060.56310.0073-0.14580.1045-0.0206-0.0790.0349-0.183654.3826-33.319532.3455
52.11530.289-0.57753.25250.19183.2495-0.0701-0.45160.56680.59750.05950.3656-1.1224-0.20330.01070.4779-0.09180.04150.1418-0.19770.140842.585440.07375.5177
61.10410.35350.47762.2662-0.81053.7520.0476-0.15470.21070.1890.02020.3473-0.4675-0.2457-0.0677-0.0831-0.03590.1116-0.1748-0.0697-0.02831.98327.309555.3474
72.63990.3503-0.37772.3667-0.27374.23370.2513-0.5025-0.02960.551-0.08770.51320.1-0.6452-0.16360.0139-0.22330.0420.10660.0219-0.077931.751-21.693887.5732
810.48710.70453.37560.17692.06990.1171-0.22380.1980.2707-0.11110.4559-0.0934-0.2563-0.006-0.1932-0.10150.1053-0.0859-0.0496-0.136827.0367-5.285667.6718
92.0160.30690.41822.27020.71763.2423-0.0703-0.34850.17420.5379-0.06480.0530.0467-0.21820.1351-0.08070.01490.0965-0.1598-0.0178-0.225466.052725.826202.0658
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272.37320.6629-1.40572.33-0.36062.95190.10720.30360.2681-0.4749-0.0728-0.3858-0.48090.5275-0.03440.178-0.1320.11140.16750.15780.05258.514337.3462-2.3074
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320.95210.2218-0.35783.0729-0.95412.91220.064-0.07430.1329-0.03830.04630.46780.0425-0.3156-0.1102-0.22550.0013-0.0848-0.16140.0631-0.153618.616-6.402511.3526
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340.81570.52240.4323.6774-0.04082.08020.01510.0803-0.069-0.3309-0.0751-0.53740.0850.48810.06-0.18380.06720.0704-0.00490.0771-0.156654.9057-10.84365.1239
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372.1718-0.37381.69995.8082-1.93138.11930.50180.4315-0.4754-0.5348-0.02140.69321.18340.3801-0.48050.54180.1611-0.09130.0794-0.33670.095495.3994-34.1328114.1079
381.0405-0.2874-0.83421.7995-1.44483.63350.01620.2385-0.1668-0.3940.09010.27080.9952-0.5576-0.10630.4327-0.3290.075-0.0515-0.256-0.011979.0743-22.5527130.1518
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 187
2X-RAY DIFFRACTION2A188 - 387
3X-RAY DIFFRACTION3B4 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4B188 - 387
5X-RAY DIFFRACTION5C4 - 187
6X-RAY DIFFRACTION6C188 - 387
7X-RAY DIFFRACTION7D4 - 187
8X-RAY DIFFRACTION8D188 - 387
9X-RAY DIFFRACTION9E4 - 187
10X-RAY DIFFRACTION10E188 - 387
11X-RAY DIFFRACTION11F4 - 187
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14X-RAY DIFFRACTION14G188 - 387
15X-RAY DIFFRACTION15H4 - 187
16X-RAY DIFFRACTION16H188 - 387
17X-RAY DIFFRACTION17I4 - 187
18X-RAY DIFFRACTION18I188 - 387
19X-RAY DIFFRACTION19J4 - 187
20X-RAY DIFFRACTION20J188 - 387
21X-RAY DIFFRACTION21K4 - 187
22X-RAY DIFFRACTION22K188 - 387
23X-RAY DIFFRACTION23L4 - 187
24X-RAY DIFFRACTION24L188 - 387
25X-RAY DIFFRACTION25M4 - 187
26X-RAY DIFFRACTION26M188 - 387
27X-RAY DIFFRACTION27N4 - 187
28X-RAY DIFFRACTION28N188 - 387
29X-RAY DIFFRACTION29O4 - 187
30X-RAY DIFFRACTION30O188 - 387
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33X-RAY DIFFRACTION33Q4 - 187
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39X-RAY DIFFRACTION39T4 - 187
40X-RAY DIFFRACTION40T188 - 387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る