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万見
- PDB-3bel: X-ray structure of EGFR in complex with oxime inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bel
タイトルX-ray structure of EGFR in complex with oxime inhibitor
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / kinase domain / Alternative splicing / Anti-oncogene / ATP-binding / Cell cycle / Disease mutation / Glycoprotein / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Receptor / Secreted / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C activity / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / tongue development / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR ...response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C activity / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / tongue development / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / epidermal growth factor binding / response to UV-A / PLCG1 events in ERBB2 signaling / midgut development / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / ERBB2-EGFR signaling pathway / hydrogen peroxide metabolic process / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / morphogenesis of an epithelial fold / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / intracellular vesicle / Signaling by EGFR / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to cobalamin / Signaling by ERBB4 / eyelid development in camera-type eye / protein insertion into membrane / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / regulation of JNK cascade / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of mitotic cell cycle / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / GAB1 signalosome / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / cellular response to cadmium ion / EGFR Transactivation by Gastrin / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in ERBB2 signaling / positive regulation of DNA repair / SHC1 events in ERBB2 signaling / cellular response to dexamethasone stimulus / ossification / neurogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / basal plasma membrane / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of DNA replication / Signal transduction by L1 / cellular response to estradiol stimulus / liver regeneration / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / astrocyte activation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / EGFR downregulation / lung development / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / positive regulation of MAP kinase activity / Constitutive Signaling by EGFRvIII / negative regulation of protein catabolic process / Signaling by ERBB2 ECD mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor protein-tyrosine kinase / kinase binding / Downregulation of ERBB2 signaling / cell-cell adhesion / positive regulation of miRNA transcription / ruffle membrane / HCMV Early Events
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-POX / Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Abad, M.C. / Xu, G. / Neeper, M.P. / Struble, G.T. / Gaul, M.D. / Connolly, P.J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Discovery of novel 4-amino-6-arylaminopyrimidine-5-carbaldehyde oximes as dual inhibitors of EGFR and ErbB-2 protein tyrosine kinases.
著者: Xu, G. / Searle, L.L. / Hughes, T.V. / Beck, A.K. / Connolly, P.J. / Abad, M.C. / Neeper, M.P. / Struble, G.T. / Springer, B.A. / Emanuel, S.L. / Gruninger, R.H. / Pandey, N. / Adams, M. / ...著者: Xu, G. / Searle, L.L. / Hughes, T.V. / Beck, A.K. / Connolly, P.J. / Abad, M.C. / Neeper, M.P. / Struble, G.T. / Springer, B.A. / Emanuel, S.L. / Gruninger, R.H. / Pandey, N. / Adams, M. / Moreno-Mazza, S. / Fuentes-Pesquera, A.R. / Middleton, S.A. / Greenberger, L.M.
履歴
登録2007年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6964
ポリマ－36,0711
非ポリマー6253
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.499, 67.686, 103.252
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Receptor tyrosine-protein kinase ErbB-1


分子量: 36070.809 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 702-1016 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expressed open reading frame of construct is MHHHHHHVDLVPRGSHMA-(EGFR1 S671-G998
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: human strains undefined / 遺伝子: EGFR, ERBB1 / プラスミド: modified pDEST8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-POX / 4-amino-6-{[1-(3-fluorobenzyl)-1H-indazol-5-yl]amino}pyrimidine-5-carbaldehyde O-(2-methoxyethyl)oxime


分子量: 435.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22FN7O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2M Na/K3PO4, 0.1M Caps pH 9.0 and 0.2M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 14413 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.413 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.384.80.18714451.353100
2.38-2.484.80.17814591.466100
2.48-2.594.80.15314521.399100
2.59-2.734.80.13214551.505100
2.73-2.94.80.12314591.31199.9
2.9-3.124.80.1114641.42999.7
3.12-3.444.70.09914591.4998.6
3.44-3.934.30.114241.42995.2
3.93-4.9540.09613661.33989.9
4.95-504.10.10714301.39388.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb id 2RGP

2rgp


解像度: 2.3→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1455 9.9 %random
Rwork0.241 ---
obs-14321 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.543 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.488 Å20 Å20 Å2
2--5.989 Å20 Å2
3---5.499 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 42 27 2319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5861.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2752
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3822.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1MSI_CNX_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2inh.par
X-RAY DIFFRACTION3MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4MSI_CNX_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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