PDB-3beh: Structure of a Bacterial Cyclic Nucleotide Regulated Ion Channel

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3beh

タイトル

Structure of a Bacterial Cyclic Nucleotide Regulated Ion Channel

要素

Mll3241 protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / transmembrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / potassium channel activity / cGMP binding / cAMP binding / protein-containing complex binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mesorhizobium loti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Clayton, G.M. / Morais-Cabral, J.H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Structure of the transmembrane regions of a bacterial cyclic nucleotide-regulated channel.
著者: Clayton, G.M. / Altieri, S. / Heginbotham, L. / Unger, V.M. / Morais-Cabral, J.H.

履歴

登録	2007年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3beh.cif.gz	179 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3beh.ent.gz	141.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3beh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3beh_validation.pdf.gz	478.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3beh_full_validation.pdf.gz	489.8 KB	表示
XML形式データ	3beh_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	3beh_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3beh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3beh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2zd9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bri-1 5iun-2 2zd9-d 6kzo-d 2j4k-d 6mwg-1 2j4l-1 2bnd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (8) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (7) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (8)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (8)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (7)
#38 - 2003年2月
カリウムチャネル (Potassium Channels)
類似性 (1)
#223 - 2018年7月
ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Mll3241 protein

B: Mll3241 protein

C: Mll3241 protein

D: Mll3241 protein

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	282.730, 282.730, 105.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Mll3241 protein 分子量: 37766.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / プラスミド: PASK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (RP) / 参照: UniProt: Q98GN8
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG2000, pH 6.0, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器	検出器: CCD / 日付: 2006年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→48.45 Å / Num. obs: 56604
反射シェル	解像度: 3.1→3.18 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
REFMAC	refmac_5.2.0019 24/04/2001	精密化
XSCALE		データスケーリング

精密化

解像度: 3.1→48.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / WR_factor R_free: 0.241 / WR_factor R_work: 0.234 / SU B: 50.192 / SU ML: 0.389 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.286	1970	3.5 %	RANDOM
R_work	0.276	-	-	-
obs	0.276	56604	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.192 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6581	0	69	23	6673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	6787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.898	1.98	9282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.881	5	891
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.985	21.564	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.606	15	983
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.55	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.2	4886
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.126	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.131	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.069	1.5	4440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.13	2	7047
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.176	3	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.327	4.5	2235

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.1-3.18	0.569	143	0.585	3743	4176	93.056
3.18-3.267	0.525	159	0.525	3913	4105	99.196
3.267-3.361	0.47	118	0.46	3857	3983	99.799
3.361-3.464	0.471	145	0.411	3744	3892	99.923
3.464-3.577	0.356	132	0.382	3600	3738	99.839
3.577-3.702	0.345	126	0.319	3502	3631	99.917
3.702-3.841	0.299	129	0.282	3346	3476	99.971
3.841-3.997	0.255	111	0.25	3285	3399	99.912
3.997-4.173	0.265	96	0.248	3122	3224	99.814
4.173-4.375	0.246	109	0.233	2989	3099	99.968
4.375-4.61	0.253	113	0.246	2827	2942	99.932
4.61-4.887	0.293	104	0.251	2672	2776	100
4.887-5.22	0.278	93	0.254	2551	2646	99.924
5.22-5.633	0.283	76	0.276	2327	2404	99.958
5.633-6.163	0.333	73	0.29	2204	2277	100
6.163-6.876	0.319	61	0.242	1952	2018	99.752
6.876-7.913	0.193	58	0.187	1726	1788	99.776
7.913-9.628	0.165	61	0.171	1459	1524	99.738
9.628-13.355	0.131	41	0.155	1157	1198	100
13.355-48.45	0.322	22	0.344	658	699	97.282

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9123	5.3922	-4.2768	3.2625	-2.5876	2.0524	0.4415	-4.3338	0.4005	-0.592	-0.4552	-1.4207	1.2459	-0.4939	0.0138	1.4554	-0.112	-0.0266	1.2572	-0.0552	1.5226	65.2984	-21.1094	28.5029
2	3.3167	-0.0292	-4.2074	1.5478	0.1087	5.3405	-0.1364	0.0472	-0.6717	0.0622	0.0835	0.1222	-0.3014	-0.5654	0.0529	0.6847	0.0092	0.0221	-0.2157	-0.233	1.2754	61.2375	-10.1048	15.3835
3	2.0893	-1.1522	-1.1945	0.6354	0.6588	0.683	-0.1072	-1.7832	-0.6507	1.3296	0.1448	-0.4161	0.3616	0.9824	-0.0376	1.3562	0.0539	-0.1524	1.0618	-0.0399	1.465	81.271	-13.3998	34.4096
4	8.3501	1.7609	-2.3585	0.9927	-1.3567	1.8548	-0.0646	-0.0739	-0.3852	0.8583	0.314	0.3598	-0.9997	0.0268	-0.2494	0.7918	-0.1121	0.0048	-0.0946	-0.2924	0.9315	72.4568	-5.4305	14.2579
5	0.4306	-1.2493	-1.3875	3.6248	4.0259	4.4713	-0.9675	-1.1613	-0.1559	0.7015	0.511	-1.1372	-1.3784	-0.9867	0.4565	0.7242	-0.1727	0.0067	0.2001	-0.2313	1.1963	69.8808	-13.0187	13.9428
6	1.2876	0.9923	1.8938	1.5365	-0.6478	8.5393	-0.4666	-2.0414	-0.5652	0.645	0.9289	0.233	0.0352	1.3188	-0.4622	0.657	-0.3201	0.0455	0.4118	-0.1565	1.192	82.2278	-30.04	21.042
7	4.457	-0.6563	-2.3643	5.3428	-2.9233	3.2941	0.2942	0.4026	-0.1827	-0.4718	0.08	-0.2209	-0.7382	-0.321	-0.3742	0.0613	-0.1925	0.1948	0.0957	-0.1488	1.0795	84.4927	-35.2862	-10.9382
8	15.9956	8.075	-3.5977	11.8492	-1.3099	0.8422	-0.8036	0.4598	0.8246	0.4448	1.158	-0.458	-0.0025	-0.1286	-0.3544	0.3009	-0.1138	0.1851	0.2513	-0.1111	0.7203	77.5118	-33.5582	-9.0331
9	4.5488	-0.5433	2.6714	2.427	-2.2769	6.2716	-0.1479	0.0083	-0.4132	0.0035	0.1292	-0.1498	-0.1158	-0.117	0.0187	0.1644	-0.25	0.2162	0.054	-0.1606	0.9726	79.3641	-42.3589	-3.7972
10	7.7127	0.4765	9.9346	0.0294	0.6138	12.7966	0.2492	-2.3145	-0.1309	1.4183	0.7778	0.0248	1.4895	1.0802	-1.0269	1.1851	-0.0555	0.0378	1.1545	-0.053	1.3078	85.4962	-40.3755	29.6957
11	2.6611	-11.898	-5.8315	53.197	26.0729	12.7789	-3.1754	-0.0447	4.3576	6.9755	5.0206	0.7349	3.1169	-5.4861	-1.8452	0.8469	0.0485	-0.6645	1.6246	0.2568	1.3196	57.4146	-64.1187	16.3181
12	9.4909	0.7041	-6.264	0.6502	0.1004	4.6685	0.0209	-0.653	-0.7024	0.6177	1.3161	0.1834	-0.3494	-1.3575	-1.337	0.2322	-0.4189	0.1715	0.3422	-0.0434	1.2473	45.4626	-53.002	7.0464
13	6.8271	-2.6307	-0.8955	6.9737	-1.1878	0.5117	-0.3859	0.5225	-0.1298	-0.7139	-0.2718	1.4708	-0.687	-0.8726	0.6577	0.2414	-0.4356	0.1767	0.6952	0.0667	1.2596	37.141	-54.4669	5.6393
14	0.2609	-0.7246	0.5109	2.012	-1.4187	1.0003	0.3409	-1.2211	-0.3203	1.7596	0.5239	-0.5378	0.2754	0.613	-0.8647	1.0584	-0.1619	0.14	1.3663	0.123	1.515	46.23	-57.5824	32.866
15	0.975	0.5365	-1.3894	6.568	3.2095	4.4976	-0.1144	0.0329	-0.9658	0.5754	0.55	0.5514	-0.9176	-0.344	-0.4356	0.2154	-0.2882	0.348	0.7491	0.1759	1.1979	38.4472	-46.8084	18.0463
16	2.3745	0.2113	-2.2537	3.8652	-0.4374	2.1537	0.2874	-0.6236	-0.8561	1.176	0.1422	0.1449	0.4354	-0.3429	-0.4296	0.3157	-0.2023	0.3199	0.3579	0.1563	0.9753	55.1457	-48.0221	19.6912
17	7.3034	0.3719	-1.3081	2.8044	1.2867	0.8918	0.0484	0.0696	0.2704	-0.1888	-0.0991	0.2636	-0.4417	-0.1076	0.0507	0.4495	-0.2099	0.2371	-0.1512	-0.3123	0.8779	67.9314	-22.1329	4.717
18	2.848	4.1075	-2.5513	8.005	-0.0867	8.489	-0.5555	0.7633	1.2299	-0.1391	0.6008	-0.097	-0.4171	-0.1011	-0.0453	0.132	-0.089	0.1798	0.0294	-0.0756	0.7933	66.7731	-28.7274	-2.0623
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30	11.7781	-10.7172	6.5106	9.7519	-5.9242	3.5989	0.346	-0.0511	-1.3227	1.0865	-0.1395	1.1905	1.029	2.3881	-0.2065	1.3073	0.0411	-0.2004	1.3406	0.1714	1.3779	87.8304	-61.9505	23.7658
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39	11.1156	5.6562	6.4805	2.8937	3.0686	7.1661	-0.1668	-0.9211	0.2407	0.2755	0.0711	-0.0428	0.2379	-0.1631	0.0956	0.4573	-0.088	0.2016	-0.032	-0.1961	1.0285	70.552	-50.1415	2.7038
40	23.1083	-1.773	3.0345	0.136	-0.2328	0.3985	-0.031	-1.0146	0.4538	0.9184	-0.0179	0.3982	-0.1324	1.1738	0.0489	1.1083	0.036	-0.1293	1.275	0.0816	1.4182	97.4683	-48.608	22.7367

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	7 - 15	7 - 15
2	2	A	A	16 - 59	16 - 59
3	3	A	A	60 - 74	60 - 74
4	4	A	A	75 - 96	75 - 96
5	5	A	A	97 - 109	97 - 109
6	6	A	A	110 - 127	110 - 127
7	7	A	A	128 - 160	128 - 160
8	8	A	A	161 - 179	161 - 179
9	9	A	A	180 - 213	180 - 213
10	10	A	A	214 - 228	214 - 228
11	11	B	B	9 - 14	9 - 14
12	12	B	B	15 - 30	15 - 30
13	13	B	B	31 - 52	31 - 52
14	14	B	B	53 - 73	53 - 73
15	15	B	B	74 - 96	74 - 96
16	16	B	B	97 - 126	97 - 126
17	17	B	B	127 - 164	127 - 164
18	18	B	B	165 - 185	165 - 185
19	19	B	B	186 - 215	186 - 215
20	20	B	B	216 - 230	216 - 230
21	21	C	C	5 - 14	5 - 14
22	22	C	C	15 - 29	15 - 29
23	23	C	C	30 - 52	30 - 52
24	24	C	C	53 - 73	53 - 73
25	25	C	C	74 - 96	74 - 96
26	26	C	C	97 - 139	97 - 139
27	27	C	C	140 - 163	140 - 163
28	28	C	C	164 - 179	164 - 179
29	29	C	C	180 - 215	180 - 215
30	30	C	C	216 - 230	216 - 230
31	31	D	D	5 - 13	5 - 13
32	32	D	D	14 - 36	14 - 36
33	33	D	D	37 - 59	37 - 59
34	34	D	D	60 - 72	60 - 72
35	35	D	D	73 - 96	73 - 96
36	36	D	D	97 - 126	97 - 126
37	37	D	D	127 - 163	127 - 163
38	38	D	D	164 - 182	164 - 182
39	39	D	D	183 - 215	183 - 215
40	40	D	D	216 - 229	216 - 229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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