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- PDB-3be8: Crystal structure of the synaptic protein neuroligin 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3be8
タイトルCrystal structure of the synaptic protein neuroligin 4
要素Neuroligin-4, X-linked
キーワードCELL ADHESION / Neuroligin / cell adhesion protein / synaptic protein / a/b-hydrolase fold / four-helix bundle / Glycoprotein / Membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric, glutamatergic, excitatory synapse / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / presynaptic membrane assembly / brainstem development / neuron cell-cell adhesion / neurexin family protein binding / presynapse assembly / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / vocalization behavior / cell-cell junction organization ...asymmetric, glutamatergic, excitatory synapse / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / presynaptic membrane assembly / brainstem development / neuron cell-cell adhesion / neurexin family protein binding / presynapse assembly / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / vocalization behavior / cell-cell junction organization / Neurexins and neuroligins / chloride ion binding / organ growth / postsynaptic specialization membrane / regulation of synapse assembly / social behavior / adult behavior / excitatory synapse / cell adhesion molecule binding / cerebellum development / learning / GABA-ergic synapse / modulation of chemical synaptic transmission / synapse organization / postsynaptic density membrane / neuron differentiation / scaffold protein binding / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neuroligin / : / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / PHOSPHATE ION / Neuroligin-4, X-linked
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fabrichny, I.P. / Leone, P. / Sulzenbacher, G. / Comoletti, D. / Miller, M.T. / Taylor, P. / Bourne, Y. / Marchot, P.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2007
タイトル: Structural Analysis of the Synaptic Protein Neuroligin and Its beta-Neurexin Complex: Determinants for Folding and Cell Adhesion
著者: Fabrichny, I.P. / Leone, P. / Sulzenbacher, G. / Comoletti, D. / Miller, M.T. / Taylor, P. / Bourne, Y. / Marchot, P.
履歴
登録2007年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroligin-4, X-linked
B: Neuroligin-4, X-linked
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,33319
ポリマ－132,4602
非ポリマー1,87317
水10,665592
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.730, 154.050, 81.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 Neuroligin-4, X-linked / Neuroligin X / HNLX


分子量: 66230.203 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular cholinesterase-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLGN4X / Cell (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS (HEK) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N0W4
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 605分子

#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THIS IS SPONTANEOUS MUTAGENESIS OF CDNA CLONES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 10% PEG-3000, 0.1M sodium phosphate-citrate, 0.3M sodium chloride, 0.01M calcium chloride, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 89603 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1J06

1j06


解像度: 2.2→29.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.116 / SU ML: 0.095 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20075 4474 5 %RANDOM
Rwork0.1669 ---
obs0.16858 85129 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.923 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3---0.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.149 Å0.165 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8504 0 111 592 9207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228966
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.96212250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.865318291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16951104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.65224.61423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.795151392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7841538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210011
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021787
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.27683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.24296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.24552
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2940.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7581.55555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1491.52192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26828812
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.90633931
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8374.53421
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 350 -
Rwork0.19 6218 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1190.6349-0.06941.193-0.0321.1698-0.031-0.1157-0.1473-0.0338-0.0146-0.1763-0.02980.29630.0456-0.1122-0.02190.0092-0.07390.0234-0.1488116.590134.687555.3565
28.78695.0372-2.38889.8741-1.997411.11360.3396-0.6729-0.62040.8152-0.18780.94790.7276-0.2378-0.15180.24550.0513-0.08360.28270.03320.1055114.213833.971975.6563
33.13451.2458-0.37811.9380.31052.6985-0.04-0.62050.58090.17550.1017-0.0217-0.48390.2532-0.06170.123-0.0506-0.02770.1556-0.1984-0.0031113.114855.31872.61
44.61641.0598-0.01672.5205-0.64632.62830.0839-0.62750.25650.2933-0.06310.3001-0.1531-0.2305-0.0208-0.0767-0.00940.02920.0354-0.0428-0.085986.890733.091469.6751
53.22950.0838-0.04662.3815-0.55891.62380.051-0.4279-0.4090.30760.0161-0.22140.09420.1789-0.0671-0.0396-0.0016-0.0057-0.12150.050.0121110.066218.199161.1115
61.3923-0.05650.07681.5118-0.13650.76050.035-0.0291-0.11260.1089-0.06430.03910.0092-0.02470.0293-0.10370.03820.0115-0.1594-0.0309-0.167342.573818.661864.4688
75.543-1.4862-3.26012.2792-0.38532.76070.00891.07080.0359-0.48960.0165-0.29510.05680.1808-0.02530.21520.0604-0.0410.2898-0.05250.068843.697123.711145.4671
84.7532-1.59761.04872.5007-0.44531.941-0.03770.24020.29480.0269-0.089-0.0476-0.27940.01340.1267-0.01290.05480.0194-0.09680.0406-0.145837.810242.689752.1192
95.59070.1939-0.89852.25570.01122.18340.00470.48020.4089-0.3437-0.00840.018-0.30270.03840.0037-0.04750.0114-0.0495-0.02730.05010.001970.267232.141652.272
103.35360.5018-0.1272.4527-0.03982.8264-0.02540.5832-0.3-0.42750.0476-0.21960.10570.199-0.0222-0.02360.06510.0357-0.0704-0.08410.014754.81967.660855.357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-2 - 11011 - 79
2X-RAY DIFFRACTION1AA142 - 291111 - 260
3X-RAY DIFFRACTION1AA340 - 373309 - 342
4X-RAY DIFFRACTION1AA449 - 472418 - 441
5X-RAY DIFFRACTION1AA561 - 582530 - 551
6X-RAY DIFFRACTION2AA111 - 14180 - 110
7X-RAY DIFFRACTION3AA292 - 339261 - 308
8X-RAY DIFFRACTION4AA374 - 448343 - 417
9X-RAY DIFFRACTION4AA583 - 597552 - 566
10X-RAY DIFFRACTION5AA473 - 560442 - 529
11X-RAY DIFFRACTION6BB-2 - 11011 - 79
12X-RAY DIFFRACTION6BB142 - 291111 - 260
13X-RAY DIFFRACTION6BB340 - 373309 - 342
14X-RAY DIFFRACTION6BB449 - 472418 - 441
15X-RAY DIFFRACTION6BB561 - 582530 - 551
16X-RAY DIFFRACTION7BB111 - 14180 - 110
17X-RAY DIFFRACTION8BB292 - 339261 - 308
18X-RAY DIFFRACTION9BB374 - 448343 - 417
19X-RAY DIFFRACTION9BB583 - 597552 - 566
20X-RAY DIFFRACTION10BB473 - 560442 - 529

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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