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万見
- PDB-3be7: Crystal structure of Zn-dependent arginine carboxypeptidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3be7
タイトルCrystal structure of Zn-dependent arginine carboxypeptidase
要素Zn-dependent arginine carboxypeptidase
キーワードHYDROLASE / UNKNOWN SOURCE / AMIDOHYDROLASE / SARGASSO SEA / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Metal-dependent hydrolases / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta / ARGININE
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Freeman, J. / Iizuka, M. / Bain, K. / Rodgers, L. / Raushel, F. / Sauder, J.M. ...Patskovsky, Y. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Freeman, J. / Iizuka, M. / Bain, K. / Rodgers, L. / Raushel, F. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Functional identification of incorrectly annotated prolidases from the amidohydrolase superfamily of enzymes.
著者: Xiang, D.F. / Patskovsky, Y. / Xu, C. / Meyer, A.J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Raushel, F.M.
履歴
登録2007年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zn-dependent arginine carboxypeptidase
B: Zn-dependent arginine carboxypeptidase
C: Zn-dependent arginine carboxypeptidase
D: Zn-dependent arginine carboxypeptidase
E: Zn-dependent arginine carboxypeptidase
F: Zn-dependent arginine carboxypeptidase
G: Zn-dependent arginine carboxypeptidase
H: Zn-dependent arginine carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)358,47234
ポリマ－355,5488
非ポリマー2,92426
水10,305572
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.420, 146.583, 255.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: A B C D E F G H)

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要素

#1: タンパク質
Zn-dependent arginine carboxypeptidase


分子量: 44443.520 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 解説: Environmental sample from Sargasso Sea / 遺伝子: IBEA_CTG=2118574 / プラスミド: pSGX3(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化温度: 294 K / pH: 7
詳細: 100mM Succinic acid pH 7.0, 15% PEG 3350, 10% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月8日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 230541 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0034精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R8C

2r8c
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 10.401 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27981 5451 3 %RANDOM
Rwork0.22602 ---
obs0.22767 175832 95.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.44 Å20 Å20 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24048 0 194 572 24814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02224771
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.051.95333400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.96853198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.4624.8521082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.232154456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.08115134
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.23784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0218392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1270.311599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.290.516570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.51845
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0890.326
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1060.54
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1891.516092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.128225160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.0239587
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.4854.58218
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2866 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.40.1
Btight positional0.380
Ctight positional0.360
Dtight positional0.360
Etight positional0.390
Ftight positional0.410
Gtight positional0.480
Htight positional0.440
Atight thermal5.311.5
Btight thermal5.240
Ctight thermal5.290
Dtight thermal4.780
Etight thermal5.580
Ftight thermal5.680
Gtight thermal4.810
Htight thermal7.120
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 385 -
Rwork0.337 12093 -
obs--90.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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