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万見
- PDB-3be6: Crystal structure of FitE (crystal form 2), a group III periplasm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3be6
タイトルCrystal structure of FitE (crystal form 2), a group III periplasmic siderophore binding protein
要素Putative iron compound-binding protein of ABC transporter family
キーワードMETAL TRANSPORT / Open form / closed form / group III periplasmic binding protein / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferrichrome-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 EDL933 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Shi, R. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Trapping open and closed forms of FitE-A group III periplasmic binding protein.
著者: Shi, R. / Proteau, A. / Wagner, J. / Cui, Q. / Purisima, E.O. / Matte, A. / Cygler, M.
履歴
登録2007年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999AUTHORS STATE THAT THIS IS A MUTATION (A259T) BASED ON THE ELECTRON DENSITY MAPS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative iron compound-binding protein of ABC transporter family
B: Putative iron compound-binding protein of ABC transporter family
C: Putative iron compound-binding protein of ABC transporter family
D: Putative iron compound-binding protein of ABC transporter family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,19915
ポリマ－130,6504
非ポリマー54911
水14,538807
1
A: Putative iron compound-binding protein of ABC transporter family
B: Putative iron compound-binding protein of ABC transporter family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4775
ポリマ－65,3252
非ポリマー1523
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
手法PISA
2
C: Putative iron compound-binding protein of ABC transporter family
D: Putative iron compound-binding protein of ABC transporter family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,72210
ポリマ－65,3252
非ポリマー3978
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.815, 109.120, 221.992
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative iron compound-binding protein of ABC transporter family / Putative ferrichrome-binding protein


分子量: 32662.539 Da / 分子数: 4
断片: FitE without N-terminal signal sequence: Residues 19-315
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 EDL933 (大腸菌)
株: O157:H7 EDL933, EHEC / 遺伝子: fite, ECs3913, Z4382 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41(DE3) / 参照: UniProt: Q8XBR1
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 0.2M MgCl2, 22% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月12日
詳細: Cryogenically cooled double crystal monochromator with horizontal focusing sagitally bent second mono crystal
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 102274 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 6957 / Rsym value: 0.182 / % possible all: 63.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3BE5

3be5


解像度: 1.82→49.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.93 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21851 5120 5 %RANDOM
Rwork0.18823 ---
obs0.18975 97076 91.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2--1.96 Å20 Å2
3----1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8992 0 26 807 9825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0229327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0461.97612693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.64951210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.50123.384396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.394151605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6881585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027041
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.24509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.26537
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.140.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6091.56113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94429628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47633553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4464.53046
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 220 -
Rwork0.214 4311 -
obs--56.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2414-0.10330.45760.27480.17290.55720.0260.03730.0146-0.0095-0.00780.0003-0.0050.0017-0.0182-0.0195-0.00650.0022-0.02950.0086-0.0130.922-18.0664-74.7061
20.14880.0374-0.05630.287-0.09660.34790.01590.0046-0.0139-0.0155-0.016-0.0101-0.07540.010600.0118-0.00240.0134-0.0128-0.0017-0.029511.47137.9224-66.6342
30.37-0.0901-0.0941.0467-0.36480.319-0.0169-0.01950.00970.0528-0.016-0.03560.0039-0.02810.0329-0.0042-0.00750.0019-0.0203-0.013-0.0272-1.3827-16.6776-38.3387
40.0213-0.03790.08970.40570.04660.5044-0.02820.0108-0.00060.02560.0230.0104-0.0360.11030.0051-0.0181-0.0070.0030.0206-0.0122-0.033520.42550.7432-45.6563
50.42420.12870.24380.435-0.45440.8450.0157-0.01380.0131-0.0252-0.0122-0.00920.036-0.0255-0.00350.00180.0164-0.0076-0.0225-0.006-0.03360.48585.6051-19.6509
60.3326-0.1241-0.18180.34120.07780.4592-0.03160.0011-0.028-0.01580.00890.00780.00480.0750.0227-0.01590.00730.00070.0146-0.0093-0.034623.4048-4.0668-11.8562
70.44340.045-0.57780.81390.28510.8988-0.0183-0.03150.0144-0.01930.00590.03490.00340.03990.0124-0.03820.0193-0.01440.0116-0.0055-0.03073.13898.941918.4441
80.3907-0.0094-0.11720.0082-0.06420.6005-0.0354-0.03340.0158-0.0019-0.0068-0.00970.12150.060.04220.01610.0271-0.0074-0.00430.0059-0.038618.1561-10.811310.7257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA19 - 1521 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2AA153 - 312135 - 294
3X-RAY DIFFRACTION3BB21 - 1523 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4BB153 - 312135 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5CC19 - 1521 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6CC153 - 312135 - 294
7X-RAY DIFFRACTION7DD21 - 1523 - 134
8X-RAY DIFFRACTION8DD153 - 312135 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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