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- PDB-3be4: Crystal structure of Cryptosporidium parvum adenylate kinase cgd5_3360 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3be4
タイトルCrystal structure of Cryptosporidium parvum adenylate kinase cgd5_3360
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE / adenylate kinase / malaria / Cryptosporidium parvum nonprotein kinase inhibitors / Nucleotide-binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Lin, Y.H. / Sun, X. / Khuu, C. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Lin, Y.H. / Sun, X. / Khuu, C. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Artz, J.D. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Cryptosporidium parvum adenylate kinase cgd5_3360.
著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Lin, Y.H. / Sun, X. / Khuu, C. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Artz, J.D. / Amani, M.
履歴
登録2007年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9825
ポリマ－23,8571
非ポリマー1,1254
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.175, 101.175, 72.433
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Adenylate kinase


分子量: 23857.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
生物種: Cryptosporidium parvum / 株: Iowa type II / 遺伝子: cdg5_3360 / プラスミド: pET15-tev-lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5a / 参照: UniProt: Q5CRC5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A


分子量: 916.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M BTP pH 7.0, 10 mM Adenosine-5-pentaphosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 36167 / Num. obs: 36167 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 19.543 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.057 / Χ2: 1.272 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / Num. unique all: 3686 / Rsym value: 0.438 / Χ2: 0.963 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.37 Å
Translation2.5 Å19.37 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AK2

1ak2


解像度: 1.6→19.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.57 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 1814 5 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.164 36130 98.98 %-
all-36130 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.453 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1655 0 70 259 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0350.0221805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9392.0342462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.955229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83625.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.52915319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.141158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.370.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.021318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2926
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.21254
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2680.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4120.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.981.51127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.74821766
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9653783
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4294.5688
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 140 -
Rwork0.229 2582 -
all-2722 -
obs-2582 99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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