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万見
- PDB-3bdq: Room Tempreture Crystal Structure of Sterol Carrier Protein-2 Like-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bdq
タイトルRoom Tempreture Crystal Structure of Sterol Carrier Protein-2 Like-2
要素Sterol carrier protein 2-like 2
キーワードLIPID TRANSPORT / Alpha/beta protein / lipid carrier / sterol carrier protein
機能・相同性
機能・相同性情報


SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Sterol carrier protein 2-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dyer, D.H. / Lan, Q. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 2008
タイトル: Three-dimensional structure/function analysis of SCP-2-like2 reveals differences among SCP-2 family members.
著者: Dyer, D.H. / Wessely, V. / Forest, K.T. / Lan, Q.
履歴
登録2007年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterol carrier protein 2-like 2
B: Sterol carrier protein 2-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0165
ポリマ－23,2472
非ポリマー7693
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.25, 57.25, 49.10
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sterol carrier protein 2-like 2


分子量: 11623.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q0GY13
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 microliters AeSCP-2L2 at 10 mg/ml was combined with 2 microliters 1.6 M sodium citrate, 5% glycerol, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月4日 / 詳細: Bruker Montel mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 14850 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.93 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 21.24
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.22 % / Mean I/σ(I) obs: 4.97 / Num. unique all: 1977 / Rsym value: 0.194 / % possible all: 91.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.22 Å41.95 Å
Translation2.22 Å41.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTV7.23Aデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.585 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 752 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 14836 93.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.419 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å2-0.09 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.168 Å0.192 Å
Luzzati sigma a-0.105 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1625 0 54 68 1747
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1242.0172265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8085216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.34626.07156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.68715315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.635158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.3605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.51150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.5137
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2540.59
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.23721110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87331741
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.322635
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1733524
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 51 -
Rwork0.193 1021 -
all-1072 -
obs-1021 91.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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