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- PDB-3bdl: Crystal structure of a truncated human Tudor-SN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bdl
タイトルCrystal structure of a truncated human Tudor-SN
要素Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
キーワードHYDROLASE / Staphylococcal nuclease OB fold / Tudor domain / Cytoplasm / Host-virus interaction / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell cycle process / miRNA catabolic process / RISC complex binding / nuclease activity / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RISC complex / endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / mRNA catabolic process ...regulation of cell cycle process / miRNA catabolic process / RISC complex binding / nuclease activity / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RISC complex / endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / transcription coregulator activity / osteoblast differentiation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / melanosome / endonuclease activity / cadherin binding / RNA binding / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / RNA-induced silencing complex, nuclease component Tudor-SN / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / SH3 type barrels. - #140 / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. ...: / RNA-induced silencing complex, nuclease component Tudor-SN / Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / SH3 type barrels. - #140 / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, C.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Structural and functional insights into human Tudor-SN, a key component linking RNA interference and editing.
著者: Li, C.L. / Yang, W.Z. / Chen, Y.P. / Yuan, H.S.
履歴
登録2007年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7815
ポリマ－64,0131
非ポリマー7684
水12,430690
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
ヘテロ分子

A: Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,56210
ポリマ－128,0252
非ポリマー1,5378
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area12430 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area46450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.405, 91.929, 88.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2622-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1 / Tudor-SN / p100 co-activator / 100 kDa coactivator / EBNA2 coactivator p100 / Tudor domain- ...Tudor-SN / p100 co-activator / 100 kDa coactivator / EBNA2 coactivator p100 / Tudor domain-containing protein 11


分子量: 64012.641 Da / 分子数: 1 / 断片: TSN-64 (SN3, SN4, Tudor, SN5 domains) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SND1, TDRD11 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q7KZF4, micrococcal nuclease
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50mM HEPES, pH 7.0, 150mM NaCl, 10mM mercaptoethanol, 1.44M tri-ammonium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 0.979389, 0.979545, 0.964305
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月7日
放射モノクロメーター: Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9793891
20.9795451
30.9643051
反射解像度: 1.82→23.33 Å / Num. all: 68052 / Num. obs: 68052 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 6713 / Rsym value: 0.522 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→23.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 405757.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 5780 10.1 %RANDOM
Rwork0.175 ---
all-61089 --
obs-57324 93.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.6383 Å2 / ksol: 0.375852 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å2-3.07 Å2
2---2.41 Å20 Å2
3---2.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4242 0 52 690 4984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.832.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 910 10.3 %
Rwork0.216 7954 -
obs-8864 87.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3CIT_mod.paramCIT_mod.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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