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- PDB-3bcm: Crystal Structure of The Unswapped Form of P19A/L28Q/N67D BS-RNase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bcm
タイトルCrystal Structure of The Unswapped Form of P19A/L28Q/N67D BS-RNase
要素Seminal ribonuclease
キーワードHYDROLASE / domain swapping / bovine seminal ribonuclease / non covalent dimer / antitumor activity / Allosteric enzyme / Endonuclease / Nuclease / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Seminal ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Merlino, A. / Ercole, C. / Picone, D. / Pizzo, E. / Mazzarella, L. / Sica, F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The buried diversity of bovine seminal ribonuclease: shape and cytotoxicity of the swapped non-covalent form of the enzyme
著者: Merlino, A. / Ercole, C. / Picone, D. / Pizzo, E. / Mazzarella, L. / Sica, F.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure and stability of the non-covalent swapped dimer of bovine seminal ribonuclease: an enzyme tailored to evade ribonuclease protein inhibitor
著者: Sica, F. / Di Fiore, A. / Merlino, A. / Mazzarella, L.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Bovine seminal ribonuclease: structure at 1.9 A resolution
著者: Mazzarella, L. / Capasso, S. / Demasi, D. / Di Lorenzo, G. / Mattia, C.A. / Zagari, A.
#3: ジャーナル: Biopolymers / 年: 2004
タイトル: Population shift vs induced fit: the case of bovine seminal ribonuclease swapping dimer
著者: Merlino, A. / Vitagliano, L. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#4: ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: The unswapped chain of bovine seminal ribonuclease: Crystal structure of the free and liganded monomeric derivative
著者: Sica, F. / Di Fiore, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: A potential allosteric subsite generated by domain swapping in bovine seminal ribonuclease
著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Sica, F. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#6: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Binding of a substrate analog to a domain swapping protein: X-ray structure of the complex of bovine seminal ribonuclease with uridylyl(2',5')adenosine
著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
履歴
登録2007年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Seminal ribonuclease
B: Seminal ribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6256
ポリマ－27,2452
非ポリマー3804
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
手法PISA
2
A: Seminal ribonuclease
ヘテロ分子

B: Seminal ribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6256
ポリマ－27,2452
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area2010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.513, 59.508, 49.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Seminal ribonuclease / Seminal RNase / S-RNase / Ribonuclease BS-1


分子量: 13622.559 Da / 分子数: 2 / 変異: P19A, L28Q, N67D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: SRN / プラスミド: PET-22B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00669, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 30% methyl pentanediol, 50mM TRIS-HCl pH 8.4, 0.1M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→25 Å / Num. all: 11915 / Num. obs: 11915 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.129 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R5D

1r5d


解像度: 2.25→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1127 -RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.224 10933 --
obs0.183 9806 99.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1818 0 20 138 1976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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