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- PDB-3b9y: Crystal structure of the Nitrosomonas europaea Rh protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b9y
タイトルCrystal structure of the Nitrosomonas europaea Rh protein
要素Ammonium transporter family Rh-like protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / carbon dioxide / channel / Rh protein / CO2
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium homeostasis / ammonium channel activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Blood group Rhesus C/E/D polypeptide / Ammonium transporter fold / Ammonium transporter AmtB like domains / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Ammonium transporter family
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Li, X. / Jayachandran, S. / Nguyen, H.-H.T. / Chan, M.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structure of the Nitrosomonas europaea Rh protein.
著者: Li, X. / Jayachandran, S. / Nguyen, H.H. / Chan, M.K.
履歴
登録2007年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ammonium transporter family Rh-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3684
ポリマ－40,7831
非ポリマー5853
水6,233346
1
A: Ammonium transporter family Rh-like protein
ヘテロ分子

A: Ammonium transporter family Rh-like protein
ヘテロ分子

A: Ammonium transporter family Rh-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,10512
ポリマ－122,3503
非ポリマー1,7549
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area14120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.438, 100.438, 143.875
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-447-

HOH

21A-667-

HOH

31A-703-

HOH

41A-705-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ammonium transporter family Rh-like protein


分子量: 40783.473 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 31-418 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア)
生物種: Nitrosomonas europaea / 株: IFO 14298 / 遺伝子: Rh50, NE0448 / 発現宿主: Methylococcus capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q82X47
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 14.5% PEG 2000 MME, 1 mM EDTA, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→41.631 Å / Num. all: 46212 / Num. obs: 46149 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3404 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
Blu-Iceデータ収集
SCALAデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→41.631 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.914 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 2339 5.1 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.161 46149 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.357 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.09 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→41.631 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2942 0 44 346 3332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9821.9814182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2325412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.03423.714105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.57315477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.2681510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.21648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.22198
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0740.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1250.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.070.242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.351.52021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.62623128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.64631188
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9934.51041
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 175 -
Rwork0.226 3229 -
all-3404 -
obs--99.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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