[日本語] English
万見
- PDB-3b9m: Human serum albumin complexed with myristate, 3'-azido-3'-deoxyth... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b9m
タイトルHuman serum albumin complexed with myristate, 3'-azido-3'-deoxythymidine (AZT) and salicylic acid
要素Serum albumin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / protein-ligands complex / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Glycation / Glycoprotein / Lipid-binding / Metal-binding / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-azido-3'-deoxythymidine / MYRISTIC ACID / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhu, L. / Yang, F. / Chen, L. / Meehan, E.J. / Huang, M.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: A new drug binding subsite on human serum albumin and drug-drug interaction studied by X-ray crystallography
著者: Zhu, L. / Yang, F. / Chen, L. / Meehan, E.J. / Huang, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural basis of the drug-binding specificity of human serum albumin
著者: Ghuman, J. / Zunszain, P.A. / Petitpas, I. / Bhattacharya, A.A. / Otagiri, M. / Curry, S.
#2: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Effect of human serum albumin on drug metabolism: structural evidence of esterase activity of human serum albumin
著者: Yang, F. / Bian, C. / Zhu, L. / Zhao, G. / Huang, Z. / Huang, M.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Atomic structure and chemistry of human serum albumin
著者: He, X.M. / Carter, D.C.
履歴
登録2007年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年7月18日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,48510
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,9149
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.536, 38.458, 95.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-AZZ / 3'-azido-3'-deoxythymidine / Azidothymidine / Zidovudine / ジドブジン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4 / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 32%(w/v) polyethylene glycol 3350, 50mM potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID
検出器検出器: CCD / 日付: 2006年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→55 Å / Num. all: 15958 / Num. obs: 15958 / % possible obs: 54 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 8 Å2
反射 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / 冗長度: 6 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E7G

1e7g


解像度: 2.7→46.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2355803 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 1426 9 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs-15854 87.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.618 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 66.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.11 Å20 Å27.8 Å2
2--25.8 Å20 Å2
3----27.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.7 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4630 0 135 0 4765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it8.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it12.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it16.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.47 148 9.3 %
Rwork0.41 1445 -
all-1593 -
obs--54.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2my.param
X-RAY DIFFRACTION3carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION5ion.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る