PDB-3b9c: Crystal Structure of Human GRP CRD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b9c

タイトル

Crystal Structure of Human GRP CRD

要素

HSPC159

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / BETA SANDWICH

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhou, D. / Ge, H.H. / Niu, L.W. / Teng, M.K.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the C-terminal conserved domain of human GRP, a galectin-related protein, reveals a function mode different from those of galectins.
著者: Zhou, D. / Ge, H. / Sun, J. / Gao, Y. / Teng, M. / Niu, L.

履歴

登録	2007年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b9c.cif.gz	127.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b9c.ent.gz	100 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3b9c_validation.pdf.gz	480.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b9c_full_validation.pdf.gz	486.1 KB	表示
XML形式データ	3b9c_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	3b9c_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/3b9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/3b9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x50S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2rdm-1 5ys2-2 4dj3-d 2yj0-1 2v19-d 5b6z-1 1cwq-1 3ulf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HSPC159

D: HSPC159

C: HSPC159

B: HSPC159

ヘテロ分子

66.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: HSPC159

B: HSPC159

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: HSPC159

C: HSPC159

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.140, 96.670, 61.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.79, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	HSPC159 分子量: 16292.719 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 38-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: P28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9P005, UniProt: Q3ZCW2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL 分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM Tris-HCl pH7.5, 2% PEG 400, 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→20 Å / Num. all: 54223 / Num. obs: 49473 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.065 / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 4.3
反射シェル	解像度: 1.81→1.87 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 54223 / R_sym value: 0.275 / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345dtb		データ収集
AUTOMAR		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1x50

1x50

解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 4.421 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26631	2452	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22121	-	-	-
obs	0.22357	45293	95.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.702 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.97 Å²	0 Å²	3.93 Å²
2-	-	-0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4250	0	59	452	4761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4422
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.533	1.982	5993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	13.98	5	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.784	23.876	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.037	15	726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.446	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	651
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	2926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.198	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.994	1.5	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.165	2	4414
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.923	3	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.95	4.5	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	156	-
R_work	0.282	2845	-
obs	-	-	82.67 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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