PDB-3b93: crystal structure of human GITRL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b93

タイトル

crystal structure of human GITRL

要素

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18

キーワード

CYTOKINE / open trimer / asymmetric / C2 spacegroup / Glycoprotein / Membrane / Signal-anchor / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of dendritic cell chemotaxis / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of leukocyte migration / T cell proliferation involved in immune response / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of T cell proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Song, X.M. / Zhou, Z.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: crystal structure of human GITRL
著者: Song, X.M. / Zhou, Z.C. / Greene, M.I.

履歴

登録	2007年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / refine / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_starting_model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b93.cif.gz	78.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b93.ent.gz	58.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b93.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3b93_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b93_full_validation.pdf.gz	465 KB	表示
XML形式データ	3b93_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	3b93_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/3b93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/3b93	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3b94
類似構造データ	3kp3-d 5dw7-d 2d8l-d 3w6l-3 3w6l-1 5pah-d 3jrk-8 3bv4-d 4qt9-1 2hv7-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18

B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18

C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18

44.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.413, 46.384, 76.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.56, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / Glucocorticoid-induced TNF-related ligand / hGITRL / Activation-inducible TNF-related ligand / AITRL 分子量: 14933.038 Da / 分子数: 3 / 断片: TNF domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF18, AITRL, GITRL, TL6 / プラスミド: PET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9UNG2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.46 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris, 30% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→75 Å / Num. all: 16716 / Num. obs: 16198 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 127.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 1627 / R_sym value: 0.547 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 13.771 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27992	1012	5.9 %	RANDOM
R_work	0.20394	-	-	-
obs	0.20872	16198	90.76 %	-
all	-	16716	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.022 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.68 Å²	0 Å²	-0.38 Å²
2-	-	2.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2515	0	0	95	2610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.521	1.958	3500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.364	5	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.06	25.888	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.583	15	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.064	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.18	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.266	0.2	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.326	0.2	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.182	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.347	1.5	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.091	2	2560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.067	3	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.256	4.5	940

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.252 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	43	-
R_work	0.243	935	-
obs	-	-	71.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.785	-0.3945	-0.0785	0.7406	0.3061	0.6128	0.0535	-0.0245	0.035	-0.0095	-0.0054	-0.0227	0.0857	0.0105	-0.0481	-0.0267	0.0107	-0.004	-0.0135	-0.0037	-0.0012	17.4825	-16.7596	-4.0232
2	1.8518	-0.3352	-0.4168	0.7628	0.1605	1.5348	0.0527	0.4603	-0.0748	0.0778	-0.0697	-0.0321	-0.0899	-0.2857	0.017	-0.0565	0.0013	0.0021	0.1079	-0.029	-0.0601	0.2759	-19.6045	-20.18
3	1.4441	0.084	0.4025	2.6802	0.489	3.6721	-0.1818	0.1933	0.0605	-0.0534	0.1218	-0.0447	-0.1999	-0.01	0.06	-0.0762	0.0212	0.0053	0.084	0.0098	-0.0837	21.2822	-15.5461	-28.2755

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	55 - 177	11 - 133
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	57 - 177	13 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	57 - 176	13 - 132

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)