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- PDB-3b8m: Structure of FepE- Bacterial Polysaccharide Co-polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b8m
タイトルStructure of FepE- Bacterial Polysaccharide Co-polymerase
要素Ferric enterobactin (Enterochelin) transport
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / WZZ / FepE / Bacterial Polysaccharide Co-polymerase / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine kinase activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial polysaccharide co-polymerase-like / FepE-like / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / Helix Hairpins - #210 / : / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of length of O-antigen component of lipopolysaccharide chains
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tocilj, A. / Matte, A. / Cygler, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Bacterial polysaccharide co-polymerases share a common framework for control of polymer length
著者: Tocilj, A. / Munger, C. / Proteau, A. / Morona, R. / Purins, L. / Ajamian, E. / Wagner, J. / Papadopoulos, M. / Van Den Bosch, L. / Rubinstein, J.L. / Fethiere, J. / Matte, A. / Cygler, M.
履歴
登録2007年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport
B: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport
C: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5953
ポリマ－95,5953
非ポリマー00
水50428
1
A: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport
B: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport
C: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

A: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport
B: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport
C: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

A: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport
B: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport
C: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,7869
ポリマ－286,7869
非ポリマー00
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area33060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.726, 139.726, 276.654
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 64 - 330 / Label seq-ID: 13 - 279

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11BB
21AA
12CC
22AA

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Ferric enterobactin (Enterochelin) transport


分子量: 31865.092 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 65-331 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157 / 遺伝子: fepE / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XBV8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.7 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: Sodium Citrate Na3C6H5O7, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 44193 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / % possible all: 92.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.29 Å49.15 Å
Translation3.29 Å49.15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→46.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 10.213 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.414 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26947 2072 5 %RANDOM
Rwork0.22577 ---
obs0.22803 39284 92.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.932 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.03 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6133 0 0 28 6161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226250
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.9818459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.755759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.26825.655290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.034151171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6941530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.32683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3290.54360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.5317
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.512
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.16733914
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.73666251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.35142577
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.55682208
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B1020medium positional0.240.5
2C1020medium positional0.270.5
1B1021loose positional0.515
2C1020loose positional0.485
1B1020medium thermal0.712
2C1020medium thermal0.852
1B1021loose thermal2.3810
2C1020loose thermal2.1610
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.772 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 115 -
Rwork0.314 2245 -
obs--73.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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