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- PDB-3b7y: Crystal structure of the C2 Domain of the E3 Ubiquitin-Protein Li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b7y
タイトルCrystal structure of the C2 Domain of the E3 Ubiquitin-Protein Ligase NEDD4
要素E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
キーワードLIGASE / C2 DOMAIN / UBL-CONJUGATION PATHWAY / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Cytoplasm / Host-virus interaction / Phosphorylation / Polymorphism / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of structure involved in a symbiotic process / positive regulation of nucleocytoplasmic transport / negative regulation of sodium ion transport / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / viral budding / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / phosphothreonine residue binding / receptor catabolic process / protein targeting to lysosome ...formation of structure involved in a symbiotic process / positive regulation of nucleocytoplasmic transport / negative regulation of sodium ion transport / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / viral budding / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / phosphothreonine residue binding / receptor catabolic process / protein targeting to lysosome / apicolateral plasma membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / HECT-type E3 ubiquitin transferase / sodium channel inhibitor activity / proline-rich region binding / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / RNA polymerase binding / lysosomal transport / neuromuscular junction development / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of synapse organization / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / protein K63-linked ubiquitination / phosphoserine residue binding / regulation of macroautophagy / beta-2 adrenergic receptor binding / ubiquitin ligase complex / Downregulation of ERBB4 signaling / Regulation of PTEN localization / ubiquitin binding / regulation of membrane potential / receptor internalization / ISG15 antiviral mechanism / Regulation of PTEN stability and activity / response to calcium ion / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / neuron projection development / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cell cortex / ubiquitin-dependent protein catabolic process / dendritic spine / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / protein domain specific binding / innate immune response / DNA damage response / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / C2 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. ...HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / C2 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Walker, J.R. / Ruzanov, M. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: C2 Domain of the Human E3 Ubiquitin-Protein Ligase NEDD4.
著者: Walker, J.R. / Ruzanov, M. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2007年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
B: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5814
ポリマ－35,5012
非ポリマー802
水3,945219
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8313
ポリマ－17,7511
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7511
ポリマ－17,7511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.778, 47.997, 50.786
Angle α, β, γ (deg.)108.89, 111.11, 100.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4


分子量: 17750.564 Da / 分子数: 2 / 断片: C2 Domain: Residues 101-252 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD4, KIAA0093 / プラスミド: p28a-LIC-TEV / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P46934, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 4000, 0.1 M Succinic acid pH 7.0, 0.01M Spermine tetra-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月11日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 26613 / Num. obs: 26613 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 28.51
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2230 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 79.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2NSQ

2nsq


解像度: 1.8→27.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.436 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2086 1357 5.1 %RANDOM
Rwork0.16852 ---
obs0.17056 25255 94.78 %-
all-26612 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.718 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å2-0.4 Å20.41 Å2
2---1.26 Å2-0.49 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2330 0 2 221 2553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222387
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.9783251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8185290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15523.019106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66115395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3971519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21591
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1150.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.76731512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.38342395
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4185990
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8527856
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 90 -
Rwork0.212 1446 -
obs--72.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.86639.96842.771720.42873.29060.8019-0.24920.6049-0.5439-0.31180.4639-1.6196-0.14630.398-0.21470.0801-0.03660.08950.1308-0.01740.244-2.254227.7556-2.8359
25.4025-0.43760.24128.55011.369543.35860.39880.35630.1665-0.89650.21140.1182-0.4775-0.7543-0.61010.13570.0156-0.00360.06140.0170.0962-13.353128.0867-3.1284
30.93511.06090.03965.83872.28913.1960.0377-0.2672-0.1070.8860.0471-0.1340.36760.1112-0.08480.20210.0374-0.03140.16660.00860.0772-10.756720.265114.5247
43.4996-0.13851.05976.57944.02077.43930.01540.1397-0.2561-0.02010.1986-0.24470.07370.0671-0.2140.0458-0.00260.01330.06490.01090.0697-9.005315.76242.9736
52.22450.33050.32454.25391.61073.43820.0451-0.1891-0.01190.35410.0614-0.15420.16420.0185-0.10640.0720.0109-0.00440.0807-0.00320.0854-10.605921.85799.5613
612.90420.08162.98637.5482-0.9676.28130.202-0.8965-0.84921.1314-0.1728-1.1230.45180.3149-0.02920.34710.0136-0.16350.12230.09690.2507-7.16112.131117.8991
73.6411-2.1778-1.44734.58223.88564.54360.19930.17590.6615-0.5897-0.22130.2212-0.9802-0.40260.0220.25840.1019-0.05190.19030.0480.2512-19.272333.05042.0793
83.6268-2.87332.347624.95770.79131.82950.4072-0.1308-0.47831.2664-0.38570.88290.3-0.2219-0.02150.1911-0.06610.0980.15490.01660.0861-19.17915.210315.8131
92.3319-1.80653.168215.98951.66645.46840.0868-0.3629-0.10891.6880.07090.58510.8292-0.7127-0.15770.3727-0.08660.11540.18710.00250.08-18.23918.544619.2248
1010.4952-3.24255.77512.48843.226320.0660.01290.20860.0672-0.2674-0.1210.1712-1.1008-0.48550.10820.18640.0762-0.02640.04690.00050.0889-16.836330.8663-0.1951
1112.64989.49651.75687.23261.78042.30610.0060.4334-0.6624-0.09740.1704-0.36450.47770.108-0.17640.1108-0.02190.02130.0542-0.01470.245314.1823-10.42620.0983
1217.2343-9.500910.04037.1863-5.431611.4676-0.163-0.1369-0.31490.4160.16050.12060.13680.12270.00240.1125-0.01080.03810.05360.05320.132312.9593-2.85268.0085
133.08120.23530.56272.6383-1.15543.699-0.13070.32840.0402-0.1920.08330.1774-0.1767-0.23220.04740.08530.0015-0.00760.1455-0.04530.10570.973910.6863-14.2809
1412.013.00656.97744.86024.32057.41430.14240.2284-0.4210.16320.056-0.30.16220.315-0.19850.0704-0.00030.02820.09370.0060.133520.40544.2644-1.8591
155.2245-2.52461.88695.076-2.76125.1495-0.06090.0661-0.5334-0.00010.12210.20590.0835-0.315-0.06120.0344-0.03390.02340.0958-0.05780.13961.33522.6906-9.7907
163.09570.59990.7298.1927-1.86612.7442-0.0381-0.241-0.19040.3437-0.0669-0.303-0.02050.10810.1050.06520.00170.01650.09410.03420.155116.8582.20445.1546
171.4384-1.01310.49981.98241.78877.3546-0.07910.19020.0108-0.2544-0.12390.0399-0.258-0.01310.2030.1119-0.02960.00480.1344-0.02780.10229.693510.2641-16.4629
182.7788-1.4807-0.72164.3551-4.24768.0116-0.2955-0.3956-0.15460.41730.39430.40310.0225-0.6839-0.09870.1430.00880.06620.2370.01780.12198.60945.1919.4763
1917.72137.9317-10.82365.3803-4.576810.3105-0.0705-1.1229-0.20260.2563-0.2288-0.1127-0.23780.6490.29930.06130.05530.01310.1336-0.01360.08644.805412.66260.2816
203.6703-0.80590.70591.5564-0.10222.50.1227-0.0082-0.04330.0491-0.09160.134-0.2180.1023-0.03110.06190.01080.03350.1041-0.0220.08576.402410.5435-1.781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA102 - 1143 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2AA115 - 12416 - 25
3X-RAY DIFFRACTION3AA125 - 14926 - 50
4X-RAY DIFFRACTION4AA150 - 16451 - 65
5X-RAY DIFFRACTION5AA165 - 19566 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6AA196 - 20797 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7AA208 - 225109 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8AA226 - 237127 - 138
9X-RAY DIFFRACTION9AA238 - 246139 - 147
10X-RAY DIFFRACTION10AA247 - 252148 - 153
11X-RAY DIFFRACTION11BB102 - 1143 - 15
12X-RAY DIFFRACTION12BB115 - 12416 - 25
13X-RAY DIFFRACTION13BB125 - 14426 - 45
14X-RAY DIFFRACTION14BB145 - 15846 - 59
15X-RAY DIFFRACTION15BB159 - 17660 - 77
16X-RAY DIFFRACTION16BB177 - 18878 - 89
17X-RAY DIFFRACTION17BB189 - 20590 - 106
18X-RAY DIFFRACTION18BB206 - 223107 - 124
19X-RAY DIFFRACTION19BB224 - 234125 - 135
20X-RAY DIFFRACTION20BB235 - 252136 - 153

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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