PDB-3b7d: Crystal structure of the GLUR2 ligand binding core (HS1S2J) in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b7d

タイトル

Crystal structure of the GLUR2 ligand binding core (HS1S2J) in complex with CNQX at 2.5 A resolution

要素

Glutamate receptor 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / S1S2 / CNQX / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / Cell junction / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Lipoprotein / Palmitate / Phosphorylation / Postsynaptic cell membrane / Receptor / RNA editing / Synapse / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / glutamate receptor binding / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hays, F.A. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)

引用

ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: TARP auxiliary subunits switch AMPA receptor antagonists into partial agonists.
著者: Menuz, K. / Stroud, R.M. / Nicoll, R.A. / Hays, F.A.

履歴

登録	2007年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b7d.cif.gz	400.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b7d.ent.gz	329.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/3b7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/3b7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ftjS 1ftl 1ftm 1fto S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4yma-d 4f1y-d 1n0t-1 3tza-d 1lb9-d 3t9v-d 4isu-1 4gxs-d 5cbs-1 1n0t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 1200S

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (13) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor 2

B: Glutamate receptor 2

C: Glutamate receptor 2

D: Glutamate receptor 2

E: Glutamate receptor 2

F: Glutamate receptor 2

G: Glutamate receptor 2

H: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

234 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Glutamate receptor 2

B: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

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58.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glutamate receptor 2

D: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

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58.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Glutamate receptor 2

F: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

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58.6 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Glutamate receptor 2

H: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

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58.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.582, 97.631, 100.970
Angle α, β, γ (deg.)	81.85, 89.08, 77.89
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	CYS	CYS	1	B	B	5 - 261	5 - 261
2	1	1	THR	THR	CYS	CYS	1	D	D	5 - 261	5 - 261
1	1	2	THR	THR	CYS	CYS	1	F	F	5 - 261	5 - 261
2	1	2	THR	THR	CYS	CYS	1	D	D	5 - 261	5 - 261
1	1	3	THR	THR	CYS	CYS	1	H	H	5 - 261	5 - 261
2	1	3	THR	THR	CYS	CYS	1	D	D	5 - 261	5 - 261
1	1	4	THR	THR	CYS	CYS	1	C	C	5 - 261	5 - 261
2	1	4	THR	THR	CYS	CYS	1	A	A	5 - 261	5 - 261
1	1	5	THR	THR	ALA	ALA	1	E	E	5 - 63	5 - 63
2	1	5	THR	THR	ALA	ALA	1	A	A	5 - 63	5 - 63
3	2	5	ASP	ASP	CYS	CYS	1	E	E	65 - 261	65 - 261
4	2	5	ASP	ASP	CYS	CYS	1	A	A	65 - 261	65 - 261
5	3	5	ARG	ARG	ARG	ARG	3	E	E	64	64
6	3	5	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	64	64
1	1	6	THR	THR	CYS	CYS	1	G	G	5 - 261	5 - 261
2	1	6	THR	THR	CYS	CYS	1	A	A	5 - 261	5 - 261

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

詳細

Authors state that the biological unit of this protein is unknown.

#1: タンパク質	Glutamate receptor 2 / GluR-2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 分子量: 29077.553 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / プラスミド: modified pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: P19491
#2: 化合物	ChemComp-CNI / 7-nitro-2,3-dioxo-2,3-dihydroquinoxaline-6-carbonitrile 分子量: 230.137 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₂N₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化	pH: 6.5 詳細: 40 mM Sodium citrate, 10 mM Ammonium sulfate, 1% PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月8日 / 詳細: KOHZU: DOUBLE CRYSTAL SI(111)
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→39.9 Å / Num. obs: 92349 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 1.87

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FTJ

1ftj

解像度: 2.5→39.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.904 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 21.958 / SU ML: 0.257 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.79 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28313	4133	5 %	RANDOM
R_work	0.25455	-	-	-
obs	0.25598	82433	96.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.383 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.15 Å²	-0.15 Å²	3.41 Å²
2-	-	-1.93 Å²	0.03 Å²
3-	-	-	-1.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15989	0	136	567	16692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	16446
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.879	1.982	22175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.773	3.001	27519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.094	5	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.619	24.326	638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.743	15	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.129	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	18058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.173	0.2	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	10871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	7942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	8401
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.158	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.283	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.173	1.5	10544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.026	1.5	4257
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.306	2	16365
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.396	3	7036
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.672	4.5	5809
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	B	3385	tight positional	0.01	0.05
2	F	3398	tight positional	0.01	0.05
3	H	3392	tight positional	0.01	0.05
4	C	3374	tight positional	0.01	0.05
5	E	3325	tight positional	0.01	0.05
6	G	3364	tight positional	0.01	0.05
5	E	18	loose positional	1.34	5
1	B	3385	tight thermal	0.02	0.5
2	F	3398	tight thermal	0.02	0.5
3	H	3392	tight thermal	0.02	0.5
4	C	3374	tight thermal	0.07	0.5
5	E	3325	tight thermal	0.07	0.5
6	G	3364	tight thermal	0.07	0.5
5	E	18	loose thermal	1.45	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	297	-
R_work	0.341	5710	-
obs	-	-	95.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6698	-0.2516	-1.2313	2.9151	1.2789	3.0621	-0.1351	0.4236	-0.3583	0.1145	-0.0364	0.4969	0.1001	-0.3486	0.1715	-0.1315	0.0276	-0.0332	0.0764	-0.0616	0.156	-34.0228	8.0569	-45.8162
2	4.8365	-1.6719	-1.5368	4.1219	0.5537	8.191	-0.2057	-0.5261	0.226	0.4653	0.5502	-0.1238	0.8601	0.5885	-0.3446	0.1952	0.0743	0.059	0.0884	-0.0986	0.0232	-25.2954	23.4426	-26.4138
3	1.1724	-1.3051	-1.2638	3.3688	1.6128	2.9001	0.1691	0.2628	0.1427	-0.1614	-0.0529	-0.0243	-0.2904	-0.144	-0.1162	-0.0033	-0.0013	0.014	0.116	0.012	0.1417	-26.2586	18.9994	-46.2587
4	1.2671	0.2405	-1.0222	3.1566	-0.3478	1.6806	-0.1231	-0.1049	-0.129	0.183	0.0509	-0.1378	0.1717	0.1768	0.0722	-0.0637	0.0341	-0.072	0.1067	-0.022	0.0906	-1.7048	4.0299	-46.3568
5	1.2257	0.3322	-1.0042	2.0347	-1.0147	2.4357	-0.0462	-0.0535	0.0818	0.093	0.104	-0.0735	0.017	0.0173	-0.0579	-0.0016	0.0281	-0.0405	0.059	-0.0508	0.1172	-3.3949	14.8142	-50.4097
6	3.219	0.2097	-0.8567	3.2871	-0.7644	2.2378	-0.2694	-0.4134	-0.5121	0.0277	0.1489	-0.4515	0.3028	0.2929	0.1205	-0.0722	0.0407	0.0367	0.134	0.0313	0.1774	-10.63	-47.4613	-46.9183
7	4.3323	-0.232	-0.9976	2.9638	0.7511	6.8232	0.3357	0.2468	0.4364	-0.3347	0.1293	-0.1664	-0.2416	-0.4585	-0.465	-0.0127	-0.006	0.0513	0.0437	0.0553	0.0393	-11.2786	-28.4168	-65.734
8	2.9588	1.7445	-1.9317	1.8757	-0.9786	2.948	0.0881	-0.4187	0.1542	0.1041	0.0218	-0.1945	-0.1309	0.2462	-0.1099	-0.0039	0.0325	0.0109	0.1057	-0.0391	0.1778	-13.7987	-34.0939	-46.2484
9	1.2707	0.0069	-0.6257	3.1427	0.8278	1.6529	-0.0123	0.1874	-0.0279	-0.0282	-0.0263	0.1926	0.0798	-0.2003	0.0386	-0.0861	-0.0165	-0.0557	0.1091	0.029	0.0711	-41.6785	-37.0341	-46.5366
10	1.0262	-0.0683	-0.6585	2.2665	1.388	2.7248	0.0114	0.1344	0.1169	0.0712	0.1174	0.1354	-0.0289	0.0619	-0.1288	-0.0217	-0.0388	-0.0083	0.0723	0.0377	0.1199	-35.7002	-28.1119	-42.6629
11	1.5134	-0.0194	-0.1518	3.5362	0.8912	3.7516	-0.0835	0.1056	0.2257	-0.6991	0.1363	0.1347	-0.7746	-0.4043	-0.0528	0.3988	0.0481	0.0458	0.099	0.0038	0.0371	5.7527	-10.2723	-12.8949
12	6.3518	-0.4702	-1.6483	3.1842	0.2993	6.9787	-0.1483	-0.3485	0.399	0.0978	0.2845	-0.1507	0.5481	0.4386	-0.1362	0.0821	0.0402	0.0339	0.033	-0.0601	-0.0068	20.7103	-31.8972	-15.5799
13	1.2911	-0.156	-0.8085	2.0823	2.2597	3.4274	-0.0123	-0.0098	-0.0359	-0.0849	-0.0842	0.2107	0.0327	-0.3961	0.0966	0.2709	-0.0045	0.0525	0.1256	0.049	0.0752	4.6123	-22.6969	-7.1277
14	1.1393	1.2788	-0.4572	3.1148	-0.3208	2.0494	0.0708	-0.0484	-0.0131	0.3076	0.0076	-0.1742	-0.1954	0.2076	-0.0784	0.221	0.0004	0.0336	0.1196	-0.0526	0.0961	16.6557	-16.0308	17.117
15	1.988	1.3672	-0.8767	1.8146	-0.7397	2.1848	0.0035	0.1184	-0.049	0.0915	0.0536	-0.1398	0.0931	0.0231	-0.0572	0.173	-0.0157	0.0281	0.0779	-0.0725	0.1146	9.6242	-24.8296	15.0932
16	1.5471	0.7401	-0.1263	3.4465	-1.2891	3.5053	0.0097	0.0495	0.0569	0.7769	-0.0989	-0.1833	-0.5053	0.7758	0.0892	0.2969	-0.1176	-0.0335	0.1845	0.0062	-0.0124	28.3437	34.8601	19.3326
17	4.4743	0.0319	-1.6586	3.1905	-0.4597	5.642	-0.1157	0.3375	0.2243	-0.0696	0.1701	0.152	0.4623	-0.4562	-0.0544	0.063	-0.0624	0.0039	0.0957	0.0325	-0.0414	5.4616	20.9884	22.2682
18	1.7496	0.4808	-1.5231	1.9036	-1.5462	3.3891	-0.2149	0.0704	-0.2122	-0.0358	-0.0123	-0.1977	0.3896	0.3518	0.2271	0.2394	-0.0188	-0.0026	0.1337	-0.0214	0.0456	23.8354	23.1514	13.5468
19	1.1329	-0.3425	-0.698	3.2347	0.3005	2.2092	0.0035	0.1447	0.055	-0.1925	0.0267	0.2318	-0.1568	-0.1896	-0.0302	0.1022	-0.0436	-0.0064	0.1381	0.0351	0.0795	15.4673	34.0152	-10.8759
20	0.9615	-0.592	-0.8237	2.6335	0.6271	2.2402	-0.0827	0.0078	-0.0622	0.0261	0.0851	0.1493	0.0991	-0.1346	-0.0024	0.1646	-0.0336	0.0398	0.0842	0.0451	0.1072	18.2791	23.1322	-8.7437

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 118	5 - 118
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	119 - 178	119 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	179 - 261	179 - 261
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	5 - 134	5 - 134
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	135 - 261	135 - 261
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	5 - 115	5 - 115
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	116 - 182	116 - 182
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	183 - 261	183 - 261
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	D	5 - 134	5 - 134
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	135 - 261	135 - 261
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	E	5 - 115	5 - 115
12	X-RAY DIFFRACTION	12	E	E	116 - 182	116 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	E	183 - 261	183 - 261
14	X-RAY DIFFRACTION	14	F	F	5 - 134	5 - 134
15	X-RAY DIFFRACTION	15	F	F	135 - 261	135 - 261
16	X-RAY DIFFRACTION	16	G	G	5 - 115	5 - 115
17	X-RAY DIFFRACTION	17	G	G	116 - 182	116 - 182
18	X-RAY DIFFRACTION	18	G	G	183 - 261	183 - 261
19	X-RAY DIFFRACTION	19	H	H	5 - 134	5 - 134
20	X-RAY DIFFRACTION	20	H	H	135 - 261	135 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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