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- PDB-3b6o: Structure of TREX1 in complex with a nucleotide and an inhibitor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b6o
タイトルStructure of TREX1 in complex with a nucleotide and an inhibitor ion (lithium)
要素Three prime repair exonuclease 1
キーワードHYDROLASE / TREX1 / DEDD / exonuclease / DnaQ / lithium / catalysis / inhibition / deoxy-thimidine monophosphate (dTMP) / DNA damage / DNA repair / Magnesium / Nucleus / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation ...immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / DNA modification / WW domain binding / heart process / MutLalpha complex binding / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of cellular respiration / inflammatory response to antigenic stimulus / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / regulation of glycolytic process / DNA duplex unwinding / DNA binding, bending / 3'-5'-DNA exonuclease activity / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / DNA metabolic process / : / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / response to UV / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of innate immune response / 3'-5' exonuclease activity / DNA damage checkpoint signaling / generation of precursor metabolites and energy / kidney development / determination of adult lifespan / protein-DNA complex / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Brucet, M. / Querol-Audi, J. / Fita, I. / Celada, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
著者: Brucet, M. / Querol-Audi, J. / Bertlik, K. / Lloberas, J. / Fita, I. / Celada, A.
履歴
登録2007年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three prime repair exonuclease 1
B: Three prime repair exonuclease 1
C: Three prime repair exonuclease 1
D: Three prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,00912
ポリマ－108,6924
非ポリマー1,3178
水7,566420
1
A: Three prime repair exonuclease 1
C: Three prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0046
ポリマ－54,3462
非ポリマー6584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
手法PISA
2
B: Three prime repair exonuclease 1
D: Three prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0046
ポリマ－54,3462
非ポリマー6584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.619, 81.337, 92.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 9 - 234 / Label seq-ID: 11 - 236

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
Three prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1


分子量: 27173.010 Da / 分子数: 4 / 断片: TREX1 exonuclease, UNP residues 9-245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / プラスミド: pETM-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#2: 化合物
ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#3: 化合物
ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 22% PEG3350, 100 mM MES pH 6.0, 200 mM Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 65149 / Num. obs: 65149 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.514 / % possible all: 75.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 2o4g

2o4g


解像度: 2.1→24.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 11.689 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2473 2729 5.1 %RANDOM
Rwork0.21336 ---
obs0.21508 51263 95.77 %-
all-57688 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.667 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20.1 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6736 0 88 420 7244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.05629544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1175868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.81623.521284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.854151128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5731552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1730.23379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.290.24822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.320.28
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1240.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0660.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2641.54539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.46527100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.56132808
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9464.52444
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1276medium positional0.240.5
2B1276medium positional0.240.5
3C1276medium positional0.260.5
4D1276medium positional0.230.5
1A1592loose positional0.535
2B1592loose positional0.545
3C1592loose positional0.685
4D1592loose positional0.495
1A1276medium thermal0.832
2B1276medium thermal0.932
3C1276medium thermal1.022
4D1276medium thermal0.822
1A1592loose thermal1.4210
2B1592loose thermal1.5210
3C1592loose thermal1.7710
4D1592loose thermal1.5510
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 179 -
Rwork0.248 3416 -
obs--86.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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