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- PDB-3b6e: Crystal structure of human DECH-box RNA Helicase MDA5 (Melanoma d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b6e
タイトルCrystal structure of human DECH-box RNA Helicase MDA5 (Melanoma differentiation-associated protein 5), DECH-domain
要素Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
キーワードHYDROLASE / DECH / DExD/H RNA-binding helicase / innate immunity / IFIH1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Antiviral defense / ATP-binding / Diabetes mellitus / Host-virus interaction / Immune response / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation / type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway ...MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation / type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / protein complex oligomerization / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of interferon-alpha production / protein sumoylation / ribonucleoprotein complex binding / antiviral innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Evasion by RSV of host interferon responses / response to virus / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Ovarian tumor domain proteases / double-stranded RNA binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / Ub-specific processing proteases / RNA helicase / innate immune response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Helicase/UvrB, N-terminal ...RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Death-like domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Karlberg, T. / Welin, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. ...Karlberg, T. / Welin, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Kallas, A. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Holmberg-Schiavone, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Human DECH-box RNA Helicase MDA5 (Melanoma differentiation-associated protein 5), DECH-domain.
著者: Karlberg, T. / Welin, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, ...著者: Karlberg, T. / Welin, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Kallas, A. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Holmberg-Schiavone, L.
履歴
登録2007年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1282
ポリマ－24,1051
非ポリマー231
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.830, 72.830, 182.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1 / Interferon-induced with helicase C domain protein 1 / Helicase with 2 CARD domains / Helicard / ...Interferon-induced with helicase C domain protein 1 / Helicase with 2 CARD domains / Helicard / Melanoma differentiation-associated protein 5 / MDA-5 / RNA helicase-DEAD box protein 116 / Murabutide down-regulated protein


分子量: 24104.863 Da / 分子数: 1 / 断片: DECH domain: Residues 277-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIH1, MDA5, RH116 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold pRARE2
参照: UniProt: Q9BYX4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.2M Sodium citrate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月12日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 38652 / Num. obs: 38652 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 37.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Num. unique all: 6278 / Rsym value: 0.196 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0040精密化
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.203 / SU ML: 0.04 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20371 1933 5 %RANDOM
Rwork0.17936 ---
all0.18057 36717 --
obs0.18057 36717 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.086 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20.09 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1441 0 1 174 1616
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221519
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5362.0072060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90832680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7365195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5725.08559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76615309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.808158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.21084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2727
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2802
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9881.5940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2631.5370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84721541
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7813588
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6724.5511
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 139 -
Rwork0.179 2641 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9012-0.41351.15025.42414.97797.25910.04150.0418-0.0173-0.3343-0.48730.37770.3413-0.99630.4459-0.027-0.13480.06230.2916-0.16780.0417.05932.83823.131
20.40180.3130.26053.351-0.67691.52260.0623-0.09860.01910.1945-0.1687-0.0997-0.16630.06950.1064-0.0123-0.0528-0.0197-0.04350.0141-0.056624.98811.9217.677
31.20561.46380.76322.9971.25721.2067-0.09780.1123-0.1341-0.1290.1242-0.38580.03710.1139-0.02640.0271-0.02860.0275-0.03140.0123-0.009823.98-2.0337.675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA292 - 30918 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2AA310 - 41936 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3AA420 - 490146 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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