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- PDB-3b64: Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) From /Leishmania Major -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b64
タイトルMacrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) From /Leishmania Major
要素Macrophage migration inhibitory factor-like protein
キーワードCYTOKINE / LEISHMANIA / MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR / MIF / Lm1740MIF / LmMIF / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / L-dopachrome isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.03 Å
データ登録者Zierow, S. / Cho, Y. / Lolis, E.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2008
タイトル: A leishmania ortholog of macrophage migration inhibitory factor modulates host macrophage responses.
著者: Kamir, D. / Zierow, S. / Leng, L. / Cho, Y. / Diaz, Y. / Griffith, J. / McDonald, C. / Merk, M. / Mitchell, R.A. / Trent, J. / Chen, Y. / Kwong, Y.K. / Xiong, H. / Vermeire, J. / Cappello, M. ...著者: Kamir, D. / Zierow, S. / Leng, L. / Cho, Y. / Diaz, Y. / Griffith, J. / McDonald, C. / Merk, M. / Mitchell, R.A. / Trent, J. / Chen, Y. / Kwong, Y.K. / Xiong, H. / Vermeire, J. / Cappello, M. / McMahon-Pratt, D. / Walker, J. / Bernhagen, J. / Lolis, E. / Bucala, R.
履歴
登録2007年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4552
ポリマ－12,3951
非ポリマー601
水2,162120
1
A: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
ヘテロ分子

A: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
ヘテロ分子

A: Macrophage migration inhibitory factor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3666
ポリマ－37,1853
非ポリマー1803
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.321, 52.321, 96.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor-like protein


分子量: 12395.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
プラスミド: pCRT7/CT-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q4Q413
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-Na, 20% (v/v) iso-Propano polyethylene glycol 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.95 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.03→50 Å / Num. all: 46731 / Num. obs: 46731 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.03→1.07 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 71.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.03→10 Å / Num. parameters: 9061 / Num. restraintsaints: 11105 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1568 2334 5.3 %RANDOM
Rwork0.1386 ---
obs0.1386 44388 100 %-
all-44388 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 13 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 985
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.03→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数880 0 0 124 1004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0266
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.097
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.092
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.093

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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