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- PDB-3b5p: Crystal structure of a cadd-like protein of unknown function (npu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b5p
タイトルCrystal structure of a cadd-like protein of unknown function (npun_f6505) from nostoc punctiforme pcc 73102 at 2.00 A resolution
要素CADD-like protein of unknown function
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性Protein of unknown function DUF3865, CADD-like / Domain of Unknown Function with PDB structure (DUF3865) / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha / CADD-like protein of unknown function
機能・相同性情報
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of CADD-like protein of unknown function (ZP_00108531.1) from Nostoc punctiforme PCC 73102 at 2.00 A resolution (monoclinic form)
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE 1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE 1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. 2. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. THE SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE AT GENBANK WITH ACCESSION CODE ZP_00108531.1 AND FROM THE UNIPROT ARCHIVE (UNIPARC) UNDER ACCESSION ID UPI000038D4FF.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CADD-like protein of unknown function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6924
ポリマ－27,5061
非ポリマー1863
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.670, 78.510, 45.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 CADD-like protein of unknown function


分子量: 27505.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: PCC 73102 / 遺伝子: ZP_00108531.1 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: D0VWS1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細REMARK 999 REMARK 999 SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION REMARK 999 TAG ...REMARK 999 REMARK 999 SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION REMARK 999 TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE REMARK 999 LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: NANODROP, 0.2M Mg(OAc)2, 20.0% PEG 8000, 0.1M Cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0000, 0.9797, 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月14日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97971
30.97961
反射解像度: 2→28.736 Å / Num. obs: 16846 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 6.85
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2-2.060.4311.523612237166
2.06-2.140.358237853137193.7
2.14-2.240.2612.640343318194.6
2.24-2.360.2063.339273274194.3
2.36-2.510.1714.139933327194.7
2.51-2.70.1335.138503163194.8
2.7-2.970.0916.939003269195
2.97-3.40.0659.738773247194.9
3.4-4.270.04214.337763267195.3
4.27-28.7360.02917.138473318194.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→28.736 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 8.38 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.163
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. RAMACHANDRAN OUTLIER OF RESIDUE ASP 180 IN SUBUNIT A IS LOCATED IN POOR DENSITY. 5. RESIDUE GLU 183 IN SUBUNIT A IS DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE MODEL. 6. ETHYLENE GLYCOL (EDO) MOLECULES FROM CRYO SOLUTION ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 851 5.1 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.169 16827 98.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.038 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.58 Å20 Å21.95 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1783 0 12 143 1938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221901
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.9492584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03133043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1435244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60825.05985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66615317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.276157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1690.21161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.2930
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2888
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1050.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2150.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3431233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5843485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.37451907
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9728785
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.62811677
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 58 -
Rwork0.232 1076 -
all-1134 -
obs--89.43 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.5189 Å / Origin y: 6.7533 Å / Origin z: 22.7767 Å
111213212223313233
T-0.0506 Å20.0053 Å2-0.0056 Å2--0.0248 Å2-0.0074 Å2---0.027 Å2
L0.3414 °2-0.2833 °20.0476 °2-1.2615 °2-0.5117 °2--0.6546 °2
S-0.0098 Å °-0.0128 Å °0.0151 Å °-0.0017 Å °-0.0466 Å °-0.1042 Å °0.0049 Å °0.0859 Å °0.0564 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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