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万見
- PDB-3b5i: Crystal structure of Indole-3-acetic Acid Methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b5i
タイトルCrystal structure of Indole-3-acetic Acid Methyltransferase
要素S-adenosyl-L-methionine:salicylic acid carboxyl methyltransferase-like protein
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / SABATH family / Indole-3-acetic acid / S-adenosyl-L-methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


indole-3-acetate O-methyltransferase / indole acetic acid carboxyl methyltransferase activity / indole-3-acetate carboxyl methyltransferase activity / polarity specification of adaxial/abaxial axis / auxin biosynthetic process / methylation / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #220 / SAM dependent carboxyl methyltransferase / Methyltransferase, alpha-helical capping domain / SAM dependent carboxyl methyltransferase / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #220 / SAM dependent carboxyl methyltransferase / Methyltransferase, alpha-helical capping domain / SAM dependent carboxyl methyltransferase / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Indole-3-acetate O-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Ferrer, J.-L. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2008
タイトル: Structural, Biochemical, and Phylogenetic Analyses Suggest That Indole-3-Acetic Acid Methyltransferase Is an Evolutionarily Ancient Member of the SABATH Family.
著者: Zhao, N. / Ferrer, J.L. / Ross, J. / Guan, J. / Yang, Y. / Pichersky, E. / Noel, J.P. / Chen, F.
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosyl-L-methionine:salicylic acid carboxyl methyltransferase-like protein
B: S-adenosyl-L-methionine:salicylic acid carboxyl methyltransferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6406
ポリマ－81,8222
非ポリマー8174
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.270, 129.400, 68.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SAH / End label comp-ID: SAH / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 26 - 401 / Label seq-ID: 26

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - C
2BB - E

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要素

#1: タンパク質 S-adenosyl-L-methionine:salicylic acid carboxyl methyltransferase-like protein


分子量: 40911.055 Da / 分子数: 2 / 変異: Q35L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: IAMT1 / プラスミド: pHIS8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9FLN8
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.42 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7
詳細: PEG 20,000, 1 M urea, 0.3 M KNO3, 100 mM MOPSO-Na+ and 3 mM SAH, EVAPORATION, temperature 277K, pH 7.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.009321
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月15日
詳細: DOUBLE CRYSTAL CHANNEL CUT, SI(111), 1M LONG RH COATED TOROIDAL MIRROR FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CHANNEL CUT, SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 21631 / % possible obs: 72.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.97 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12.14
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 2.93 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Rsym value: 0.469 / % possible all: 79.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CLARKIA BREWERI CBSAMT (PDB CODE: 1M6E)

1m6e


解像度: 2.75→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.878 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 27.79 / SU ML: 0.289 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.458 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1090 5.2 %RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.258 20940 74.4 %-
all-28223 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20 Å2-1.3 Å2
2---1.21 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→45.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5278 0 54 136 5468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225460
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.9527411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2295679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.34423.089259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.42615821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7481542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.22604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.23691
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3870.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2760.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.021.53450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84725461
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.40832193
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3344.51950
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2642 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.070.05
tight thermal0.090.5
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 73 -
Rwork0.302 1711 -
obs--85.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52590.0992-0.21490.6228-0.27550.92910.003-0.07260.00410.0245-0.0255-0.06770.12560.03420.02250.05750.02110.00320.0212-0.0163-0.0551-0.5284-2.231713.4778
20.93210.81910.38491.3581-0.27410.8403-0.0549-0.05370.00920.0433-0.1437-0.051-0.08810.11140.19860.00020.03810.02390.0360.0301-0.028112.324234.33296.246
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 374
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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