[日本語] English
万見
- PDB-3b4u: Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Agrobacter... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b4u
タイトルCrystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Agrobacterium tumefaciens str. C58
要素Dihydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / Dihydrodipicolinate synthase / Structural genomics / PSI-2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrodipicolinate synthase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Zhang, R. / Xu, L. / Gu, J. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the dihydrodipicolinate synthase from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Zhang, R. / Xu, L. / Gu, J. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6023
ポリマ－62,5772
非ポリマー241
水24,3921354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.116, 49.442, 69.084
Angle α, β, γ (deg.)79.35, 89.06, 83.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Dihydrodipicolinate synthase


分子量: 31288.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: dapA, AGR_C_4548, Atu2503 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8UCI4, UniProt: A9CHR2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Mg formate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月8日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→67.88 Å / Num. all: 169533 / Num. obs: 157988 / % possible obs: 93.19 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 9.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 17.89
反射 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 13239 / % possible all: 72.49

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→67.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 0.951 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.037
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15559 8360 5 %RANDOM
Rwork0.12703 ---
all0.12846 157988 --
obs0.12846 157988 93.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å2-0.22 Å20.04 Å2
2--0.05 Å2-0.12 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→67.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4297 0 1 1354 5652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224416
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.9646005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94137241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2685589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.50923.408179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.68515732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8011537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02899
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.21063
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.23436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.22297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22231
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.21130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3230.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.561.53690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6211.51186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89124616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.65931739
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5084.51381
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.30738945
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.96931359
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.19737305
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 489 -
Rwork0.194 9108 -
obs-9597 72.49 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る