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万見
- PDB-3b4c: T. tengcongensis glmS ribozyme bound to glucosamine-6-phosphate a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b4c
タイトルT. tengcongensis glmS ribozyme bound to glucosamine-6-phosphate and a substrate RNA with a 2'5'-phosphodiester linkage
要素(glmS ribozyme ...) x 2
キーワードRNA / ribozyme / riboswitch / glucosamine-6-phosphate
機能・相同性3'-DEOXYADENOSINE / Chem-GLP / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3 Å
データ登録者Klein, D.J. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Essential Role of an Active-Site Guanine in glmS Ribozyme Catalysis.
著者: Klein, D.J. / Been, M.D. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2007年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glmS ribozyme substrate with a 2'5'-phosphodiester linkage
B: glmS ribozyme RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4248
ポリマ－48,8162
非ポリマー6086
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.3, 40.4, 77.5
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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GlmS ribozyme ... , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 glmS ribozyme substrate with a 2'5'-phosphodiester linkage


分子量: 8279.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
#2: RNA鎖 glmS ribozyme RNA


分子量: 40536.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)

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糖 , 1種, 1分子

#3: 糖 ChemComp-GLP / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-glucose / α-D-グルコサミン6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 259.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14NO8P
識別子タイププログラム
a-D-GlcpN6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 8分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-3AD / 3'-DEOXYADENOSINE / コルジセピン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: GROWN FROM: 12% PEG 4000, 1M LICL, 100MM MES-NAOH PH 5.4, 5MM MGCL2, 4MM glucosamine-6-p, STABILIZED IN: 24% PEG 4000, 1.5M LICL, 30MM MGCL2, 100MM TRIS-CL PH 8.5, 20MM GLUCOSAMINE-6- ...詳細: GROWN FROM: 12% PEG 4000, 1M LICL, 100MM MES-NAOH PH 5.4, 5MM MGCL2, 4MM glucosamine-6-p, STABILIZED IN: 24% PEG 4000, 1.5M LICL, 30MM MGCL2, 100MM TRIS-CL PH 8.5, 20MM GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400012
2LICL12
3MES-NAOH PH 5.412
4MGCL212
5PEG 400013
6LICL13
7MGCL213
8MES-NAOH PH 8.513
9GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE13
10PEG 400011
11LICL11
12MES-NAOH PH 5.411
13MGCL211

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 11929 / Num. obs: 11929 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1135 / Rsym value: 0.666 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 1112 -
Rwork0.228 --
all-11314 -
obs-11314 95.4 %
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3031 20 3 3054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0055

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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