[日本語] English
万見
- PDB-3b39: Structure of the DnaG primase catalytic domain bound to ssDNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b39
タイトルStructure of the DnaG primase catalytic domain bound to ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DAP*DC)-3')
  • DNA primase
キーワードtransferase/DNA / Protein-DNA complex / TOPRIM fold / DNA replication / DNA-directed RNA polymerase / Metal-binding / Nucleotidyltransferase / Primosome / Transcription / Transferase / Zinc-finger / transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaB-DnaG complex / DNA primase DnaG / primosome complex / : / DNA replication, synthesis of primer / replisome / replication fork processing / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain / DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain / DNA primase DnaG, DnaB-binding domain / DNA primase DnaG DnaB-binding / DNA primase DnaG DnaB-binding / Pheromone ER-1 / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 ...DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain / DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain / DNA primase DnaG, DnaB-binding domain / DNA primase DnaG DnaB-binding / DNA primase DnaG DnaB-binding / Pheromone ER-1 / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain superfamily / : / CHC2 zinc finger / DNA primase catalytic core, N-terminal domain / zinc finger / DNA Primase, CHC2-type zinc finger / Toprim-like / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / TOPRIM / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Corn, J.E. / Pelton, J.G. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Identification of a DNA primase template tracking site redefines the geometry of primer synthesis.
著者: Corn, J.E. / Pelton, J.G. / Berger, J.M.
履歴
登録2007年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references
カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DAP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DAP*DC)-3')
A: DNA primase
B: DNA primase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7884
ポリマ－81,7884
非ポリマー00
水2,630146
1
C: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DAP*DC)-3')
A: DNA primase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8942
ポリマ－40,8942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DAP*DC)-3')
B: DNA primase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8942
ポリマ－40,8942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.829, 136.829, 71.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DCP*DCP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DAP*DC)-3')


分子量: 4605.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 DNA primase


分子量: 36288.969 Da / 分子数: 2 / Fragment: RNA Polymerase Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dnaG, dnaP, parB / プラスミド: pSV271 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon+
参照: UniProt: P0ABS5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 21% PEG 4000, 100 mM ammonium acetate, 50 mM sodium acetate (pH 5.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2ammonium acetate11
3sodium acetate11
4PEG 400012
5ammonium acetate12
6sodium acetate12

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.111 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.111 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 31918 / Num. obs: 30546 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 53.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3073 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0021精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DDE

1dde


解像度: 2.35→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 19.362 / SU ML: 0.206 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.447 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25443 1519 5.1 %RANDOM
Rwork0.21185 ---
obs0.21398 28547 94.63 %-
all-30166 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.878 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20.42 Å20 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4968 240 0 146 5354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225337
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1852.0257266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94538748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2695624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.81923.409264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44615851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9741554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2090.23782
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.22563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22821
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2580.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8071.53209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1261.51272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27424986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77132486
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7244.52280
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 120 -
Rwork0.27 2169 -
obs--97.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.98821.1339-0.67224.93710.7172.3863-0.1167-0.15240.0695-0.0810.079-0.00010.04690.22870.0377-0.0253-0.00420.0521-0.13630.0247-0.14-10.4059-29.2859-9.6126
24.63641.3427-1.94343.192-0.1862.2278-0.0257-0.1702-0.3695-0.1404-0.2122-0.1180.05490.09210.2379-0.0374-0.01730.0077-0.19680.0498-0.0567-25.7015-47.1002-1.8979
31.80341.2065-1.41793.8799-3.41229.30630.1297-0.50250.18530.1436-0.25120.2741-0.30040.00180.1216-0.0754-0.15820.0544-0.1061-0.0431-0.0477-43.141-52.910415.3496
43.57840.1254-0.5742.47050.34342.51740.16210.20540.1295-0.1635-0.0828-0.0264-0.15930.0949-0.0793-0.1163-0.0118-0.0026-0.01820.0043-0.127-25.7854-7.474212.5397
52.80060.42290.51393.66732.03382.70450.0140.1423-0.0727-0.0317-0.17770.144-0.0014-0.17710.1636-0.152-0.0095-0.0039-0.0606-0.0115-0.0991-47.1586-19.74648.1742
65.8157-0.56522.80685.5617-0.2397.68160.05920.5125-0.5743-0.5441-0.00610.64030.2002-0.4562-0.0531-0.1936-0.0749-0.06280.0716-0.16820.0742-57.263-35.2926-7.0674
724.728617.0622-3.266115.8159-8.772710.97580.6587-2.35520.11380.8612-1.3595-0.3772-0.65090.42970.70080.0169-0.03460.0187-0.11970.0292-0.1746-3.1585-22.78774.5793
82.255-1.6134-0.16941.52541.96299.1529-0.3667-1.0355-0.8275-0.7122-0.21830.5929-0.2054-0.6010.5850.0958-0.00780.008-0.18560.0470.0799-26.7824-8.7373-5.9687
90.0289-0.05870.02560.33130.13430.18630.0105-0.0426-0.0401-0.0648-0.02170.0556-0.0303-0.04420.0112-0.0575-0.02370.0082-0.04490.0043-0.0465-29.1724-26.16593.5549
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC109 - 2392 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2AC240 - 365133 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3AC366 - 427259 - 320
4X-RAY DIFFRACTION4BD109 - 2392 - 132
5X-RAY DIFFRACTION5BD240 - 365133 - 258
6X-RAY DIFFRACTION6BD366 - 418259 - 311
7X-RAY DIFFRACTION7CA2 - 72 - 7
8X-RAY DIFFRACTION8DB3 - 113 - 10
9X-RAY DIFFRACTION9AE430 - 4911 - 62
10X-RAY DIFFRACTION9BF440 - 5061 - 67
11X-RAY DIFFRACTION9CG16 - 231 - 8
12X-RAY DIFFRACTION9DH95 - 1031 - 9

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る