PDB-3b2z: Crystal Structure of ADAMTS4 (apo form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b2z

タイトル

Crystal Structure of ADAMTS4 (apo form)

要素

ADAMTS-4

キーワード

HYDROLASE / metalloprotease / aggrecanase / Cleavage on pair of basic residues / Extracellular matrix / Glycoprotein / Metal-binding / Secreted / Zymogen

機能・相同性

機能・相同性情報

ADAMTS-4 endopeptidase / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix / extracellular matrix organization / skeletal system development / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Mosyak, L. / Stahl, M. / Somers, W.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the two major aggrecan degrading enzymes, ADAMTS4 and ADAMTS5.
著者: Mosyak, L. / Georgiadis, K. / Shane, T. / Svenson, K. / Hebert, T. / McDonagh, T. / Mackie, S. / Olland, S. / Lin, L. / Zhong, X. / Kriz, R. / Reifenberg, E.L. / Collins-Racie, L.A. / ...

履歴

登録	2007年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b2z.cif.gz	436.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b2z.ent.gz	356.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b2z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3b2z_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b2z_full_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示
XML形式データ	3b2z_validation.xml.gz	47.6 KB	表示
CIF形式データ	3b2z_validation.cif.gz	73.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/3b2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/3b2z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rjpSC 2rjqC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1il5-2 3cwd-1 4lyl-3 1il4-d 2vvu-d 3p2q-d 3cwd-2 5wxb-d 1il9-d 1il5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADAMTS-4

B: ADAMTS-4

C: ADAMTS-4

D: ADAMTS-4

E: ADAMTS-4

F: ADAMTS-4

G: ADAMTS-4

H: ADAMTS-4

ヘテロ分子

275 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADAMTS-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ADAMTS-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ADAMTS-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ADAMTS-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: ADAMTS-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: ADAMTS-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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7

G: ADAMTS-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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8

H: ADAMTS-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.330, 84.315, 150.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ADAMTS-4 / A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 4 / ADAM-TS 4 / ADAM-TS4 / ...A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 4 / ADAM-TS 4 / ADAM-TS4 / Aggrecanase-1 / ADMP-1 分子量: 34221.660 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAMTS4, KIAA0688 / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: O75173, ADAMTS-4 endopeptidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 72528 / Observed criterion σ(F): 0 / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 5.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2rjp

2rjp

解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 47.322 / SU ML: 0.416 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.312	3658	5 %	RANDOM
R_work	0.254	-	-	-
obs	0.257	72512	98.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.852 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.59 Å²	0 Å²	-0.86 Å²
2-	-	8.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17286	0	24	299	17609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	17829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.181	1.952	24354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.096	5	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.863	23.625	742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.361	15	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.709	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	8488
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	11899
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	719
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.122	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.259	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.329	1.5	11713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.59	2	18514
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.771	3	6739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.261	4.5	5840

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.419	254	-
R_work	0.362	5012	-
all	-	5266	-
obs	-	-	97.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3442	0.4411	-0.7382	0.6923	0.3603	4.9012	0.0031	0.2115	-0.133	0.0955	0.0225	0.06	0.1051	0.4749	-0.0257	-0.3092	0.0515	0.0063	-0.3517	0.0175	-0.2462	42.021	-13.918	98.251
2	6.9672	0.0145	-0.9511	1.432	-1.3924	3.6293	0.159	0.347	0.2305	0.0421	-0.0394	0.0576	-0.0655	0.4793	-0.1197	-0.2959	-0.0598	-0.0574	0.1023	-0.0373	-0.0842	21.944	-13.49	63.651
3	3.4684	-0.2711	-0.6665	0.8184	-0.4473	4.516	-0.0283	-0.0063	-0.0887	-0.0734	0.0039	-0.0431	0.0194	-0.3335	0.0244	-0.3364	-0.0598	-0.0137	-0.0705	-0.1119	-0.201	-21.541	-13.733	90.116
4	5.7862	0.6874	-1.2097	1.3658	0.9567	3.9744	0.1008	-0.3758	0.0125	-0.0532	-0.0569	-0.035	-0.1521	-0.5532	-0.0439	-0.2579	0.1215	-0.0362	-0.3781	0.0647	-0.0759	-1.321	-13.587	124.577
5	4.5488	-0.0511	-1.1185	0.5476	-0.7579	7.8598	0.0509	-0.3266	-0.0686	-0.0448	-0.0491	-0.0014	0.3615	-0.5434	-0.0018	-0.1192	-0.0693	0.0067	-0.6307	-0.045	-0.1418	31.689	-13.68	150.97
6	6.4226	0.3458	-1.176	1.4693	0.4135	6.3518	-0.1885	0.5655	-0.1029	-0.0977	0.1073	0.0454	-0.2896	0.121	0.0813	-0.2359	-0.0116	-0.0497	0.0929	-0.01	-0.1823	75.372	-11.103	61.549
7	7.3901	-0.3727	-1.1699	1.076	-0.042	5.9319	-0.2179	-0.6514	-0.2477	0.1287	0.0635	-0.1271	-0.1682	0.3864	0.1544	-0.2572	-0.0353	0.0012	-0.273	-0.034	-0.2046	-55.12	-11.67	126.752
8	3.3268	0.1299	-1.1576	0.5178	0.8254	13.4072	-0.0741	-0.1692	-0.0123	0.0036	-0.1475	0.0076	0.6865	1.8235	0.2216	-0.1588	0.1239	-0.0149	0.0186	0.0727	-0.1452	-11.338	-14.599	37.124
9	0.0015	0.0057	0.0083	0.0216	0.0324	0.0725	0.0088	0.1248	-0.0113	-0.0031	0.0006	0.0193	-0.0082	-0.0197	-0.0094	0.4242	0.0528	-0.0157	0.1934	0.0516	0.4871	9.365	-12.3823	93.7347

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	215 - 429
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	430 - 507
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	216 - 429
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	430 - 507
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	215 - 429
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	430 - 507
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	216 - 429
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	430 - 507
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	218 - 429
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	430 - 509
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	215 - 429
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	430 - 507
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	215 - 429
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	430 - 507
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	217 - 429
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	430 - 508
17	X-RAY DIFFRACTION	9	A	510 - 560
18	X-RAY DIFFRACTION	9	C	510 - 545
19	X-RAY DIFFRACTION	9	B	510 - 546
20	X-RAY DIFFRACTION	9	E	510 - 530
21	X-RAY DIFFRACTION	9	D	510 - 572
22	X-RAY DIFFRACTION	9	G	510 - 537
23	X-RAY DIFFRACTION	9	F	510 - 535
24	X-RAY DIFFRACTION	9	H	510 - 545

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)